При таком образе мыслей он, по меньшей мере, должен бы был никогда не впадать в противоречия. В первый год своего управления он высказал свое усердие в качестве приверженца и покровителя православия: благодаря примирению греков с латинами было признано, что книга св. Льва заключает в себе верования императора и империи; в несториан и в евтихиан был с обеих сторон направлен обоюдоострый меч гонения, и постановления четырех соборов Никейского, Константинопольского, Эфесского и Халкидонского были утверждены кодексом католического законодателя. Но в то время как Юстиниан старался поддержать единство верований и обрядов, его жена Феодора, пороки которой не были несовместимы с благочестием, подпала под влияние монофиситских проповедников; тогда явные и тайные враги церкви ожили и стали размножаться от одной ласковой улыбки своей милостивой покровительницы. Религиозный раздор нарушил внутреннее спокойствие столицы, дворца и императорской опочивальни; однако так сомнительна была искренность царственных супругов, что многие приписывали их кажущееся разномыслие тайному и злобному замыслу, направленному против религии и благоденствия их подданных. Знаменитый спор о трех главах, не стоивший стольких строк, сколько он наполнил томов, носил на себе глубокий отпечаток именно такого лукавства и недобросовестности. Уже прошло триста лет с тех пор, как труп Оригена был съеден червями; его душа, которую он считал одаренной предсуществованием, была в руках его Создателя, но его сочинения жадно читались палестинскими монахами. В этих сочинениях прозорливый взор Юстиниана отыскал более десяти метафизических заблуждений, и этого учителя первобытной церкви духовенство обрекло вместе с Пифагором и Платоном на горение в вечном адском огне, существование которого он осмеливался отвергать. Под прикрытием этого прецедента был нанесен изменнический удар Халкидонскому собору. Отцы церкви терпеливо выслушивали похвалы Феодору Мопсуэстийскому, а благодаря их справедливости или их снисходительности снова были приняты в лоно церкви и Феодорит Киррский, и Ива Эдесский. Но имена этих восточных епископов были запятнаны обвинениями в ереси; первый из них был наставником, а двое последних были друзьями Нестория; самые подозрительные места их сочинений были изобличены под названием трех глав, а осуждение их памяти затрагивало честь собора, название которого произносилось всем католическим миром или с искренним, или с притворным уважением. Если эти епископы, независимо от того, были ли они невинны или виновны, уже заснули вечным сном, то их, вероятно, не могли разбудить громкие обвинения, раздававшиеся над их могилой через сто лет после их смерти. Если они уже находились в когтях у демонов, то их страдания не могли быть ни увеличены, ни облегчены человеческими усилиями. Если же они наслаждались в обществе святых и ангелов наградой за свое благочестие, то им должна была казаться смешной бессильная ярость богословских насекомых, еще ползавших по земной поверхности. Главное из этих насекомых — император римлян — поражало их своим жалом и обливало своим ядом, быть может, не примечая настоящих мотивов Феодоры и преданной ей церковной партии. Жертвы его ненависти уже не подчинялись его власти, и запальчивый тон его Эдиктов мог только провозгласить их осуждение на вечное мучение и пригласить восточное духовенство к участию в хоре проклятий и анафем. Восток не без некоторых колебаний подчинился воле своего государя; в Константинополе был созван Пятый вселенский собор из трех патриархов и ста шестидесяти пяти епископов, и как авторы, так и защитники трех глав были устранены от духовного общения со святыми и торжественно преданы сатане. Но латинские церкви более дорожили честью Льва и Халкидонского собора, и если бы они по-прежнему выступили на бой под знаменем Рима, они могли бы отстоять требования здравого смысла и человеколюбия. Но их глава была пленником в руках врага, а опозоренный святокупством престол св.Петра был занят малодушным Вигилием, который после непродолжительной и непоследовательной борьбы преклонился перед деспотизмом Юстиниана и перед лжемудрствованием греков. Его вероотступничество возбудило негодование в латинах, и только два епископа согласились рукоположить его диакона и преемника Пелагия. Тем не менее настойчивость пап мало-помалу перенесла на их противников прозвище еретиков; власти светская и церковная угнетали церкви иллирийские, африканские и итальянские не без некоторого содействия со стороны военной силы; жившие вдалеке варвары придерживались верований Ватикана, и по прошествии ста лет еретические три главы окончили свое существование в глухом уголке венецианской провинции. Но религиозное неудовольствие италийцев уже оказало содействие военным успехам лангобардов, а сами римляне приучились не доверять религиозным верованиям своего византийского тирана и ненавидеть его управление.