Восстание болгар и валахов было оскорблением для чести монархии и угрозой для безопасности столицы. Со времени одержанной Василием Вторым победы, эти народы жили под нестеснительным владычеством византийских монархов в течение ста семидесяти с лишним лет ; но для того, чтоб ввести у этих диких племен лучшие нравы и уважение к законам, не было принято никаких действительных мер. Их стада, служившие для них единственным средством существования, были отняты у них по приказанию Исаака для увеличения пышности императорского бракосочетания, а их свирепые воины были оскорблены тем, что на военной службе им не давали одинакового с другими ранга и одинакового жалованья. Два влиятельных вождя Петр и Асен, происходившие от прежних королей, предъявили свои собственные права и вступились за национальную свободу; находившиеся в их распоряжении колдуны-проповедники объявили народу, что их великий покровитель св. Димитрий навсегда отказался от греков, и восстание распространилось от берегов Дуная до гор Македонии и Фракии. После нескольких слабых усилий Исаак Ангел и его брат признали их независимость, а императорские войска упали духом, увидев разбросанные вдоль проходов горы Гема кости своих боевых товарищей. Благодаря военным успехам и политике Иоанна или Иоанникия, новое болгарское королевство прочно утвердилось.
Этот хитрый варвар отправил к Иннокентию Третьему посольство с заявлением, что признает себя римлянином и по происхождению, и по религии, и смиренно принял от папы дозволение чеканить монету, королевский титул и латинского архиепископа или патриарха. Ватикан ликовал по случаю этого духовного завоевания Болгарии, которое сделалось главной причиной раскола, а греки охотно отказались бы от светского преобладания, если бы могли этой ценой сохранить свое верховенство над болгарской церковью.
Болгары были так озлоблены, что молились о продлении жизни Исаака Ангела, которая была самым верным залогом их свободы и благосостояния. Впрочем, их вожди одинаково презирали и семейство императора и его народ. "У всех греков, - говорил Асен своим войскам, - климатические условия, природный характер и воспитание одинаковы и приносят одни и те же плоды. Посмотрите на длинные флаги, развевающиеся на конце моего копья. Они отличаются от греческих только своим цветом, сделаны из такой же шелковой материи руками одних и тех же работников, а те, которые окрашены в пурпуровый цвет, не имеют никаких превосходств по цене или по достоинству". В царствование Исаака появлялось немало претендентов на престол, не имевших прочного успеха, один из его генералов, отразивший нападение сицилийского флота, был вовлечен в восстание и в гибель неблагодарностью монарха, а спокойствие его роскошной жизни нарушалось тайными заговорами и народными восстаниями. Император оставался невредим или благодаря случайности, или благодаря преданности своих служителей; в конце концов он сделался жертвой честолюбия своего брата, позабывшего долг родства, верноподданства и дружбы в надежде достигнуть непрочной верховной власти. В то время, как Исаак от праздности предавался на фракийских равнинах удовольствиям охоты, Алексей Ангел был облечен в порфиру по единогласному желанию армии; столичное население и духовенство одобрили этот выбор, а новый император из тщеславия отказался от имени своих предков и заменил его более блестящим именем Комнинов. Говоря о низости характера Исаака, я уже истощил все выражения, какие может внушать презрение; к ним я могу присовокупить только то, что в течение своего восьмилетнего царствования еще более достойный презрения Алексей находил опору в мужских пороках своей супруги Евфросинии. Низвергнутый император узнал о своей участи из того, что ему пришлось спасаться от неприязни его бывших телохранителей; он бежал от них до Стагиры, в Македонии, на протяжении пятидесяти с лишним миль; но так как у него не было в виду никакого пристанища и не было никаких приверженцев, то его задержали, отправили обратно в Константинополь, лишили зрения и заперли в уединенной башне, где ему ничего не давали, кроме хлеба и воды. Его сыну Алексею, воспитанному в надежде царствовать, было в момент переворота двенадцать лет. Узурпатор пощадил жизнь ребенка и заставил его фигурировать в своей свите и в мирное и в военное время; но в то время, как армия стояла лагерем вблизи от берегов моря, один итальянский корабль доставил царственному юноше средство бежать; переодевшись простым матросом, он спасся от розысков своих врагов, переправился через Геллеспонт и нашел безопасное убежище на острове Сицилия. Поклонившись раке апостолов и испросив покровительство папы Иннокентия Третьего, Алексей принял приглашение своей сестры Ирины, находившейся в замужестве за королем римлян Филиппом Швабским. Но во время своего переезда через Италию он узнал, что цвет западного рыцарства собрался в Венеции для освобождения Святой Земли, и в нем зародилась искра надежды, что непреодолимый меч этих рыцарей может возвратить его отцу императорский престол.