В управлении Египтом Амр уравновешивал требования справедливости с требованиями политики - интересы правоверных, пользовавшихся покровительством Божиим, с интересами союзников, пользовавшихся покровительством человеческим. Среди смут, вызванных, с одной стороны, завоеванием Египта, а с другой - освобождением египтян от греческого владычества, притязания коптов и меч арабов были главными нарушителями внутреннего спокойствия. Первым Амр объявил, что за крамолу и за вероломство будет наказывать вдвойне: что будет наказывать доносчиков как своих личных врагов и будет возвышать их невинных соотечественников, которых они из зависти стараются унизить и вытеснить. Арабов он убеждал, что и религия, и честь требуют от них, чтобы они не роняли своего личного достоинства, чтобы они угождали и Богу и халифу своим скромным и сдержанным поведением, чтобы они щадили и защищали народ, положившийся на их совесть, и чтобы они довольствовались теми блестящими наградами за победу, которые достались им законным путем. Что касается управления финансами, он не одобрял несложного, но вместе с тем обременительного введения подушной подати и основательно предпочел налоги, соразмерные с чистым доходом, который доставляет та или другая отрасль земледелия и торговли. Третья часть налогов была назначена на ежегодный ремонт плотин и каналов, столь необходимых для общественного благосостояния. При такой системе управления плодородие Египта стало восполнять бесплодность Аравии, и вереницы верблюдов, навьюченных зерновым хлебом и съестными припасами, стали почти без перерывов покрывать всю длинную дорогу, которая ведет из Мемфиса в Медину. Гениальный Амр скоро восстановил водные сообщения с морем, устройство которых было или только предпринято, или доведено до конца фараонами, Птолемеями и Цезарями, и от Нила до Красного моря был проведен канал длиной по меньшей мере, в восемьдесят миль. Этот внутренний водный путь, соединявший Средиземное море с Индийским океаном, был скоро закрыт, потому что его нашли и бесполезным, и опасным: трон халифов был перенесен из Медины в Дамаск, и возникло опасение, что для греческого флота откроется возможность проникать до священных городов Аравии.