Патриарх Иосиф удалился в монастырь с целью выждать заключение договора и, смотря по тому, каковы будут его последствия, или отказаться от патриаршеского престола, или снова вступить на него; документы, свидетельствовавшие о примирении и покорности, были подписаны императором, его сыном Андроником, тридцатью пятью архиепископами и митрополитами и членами местных соборов, а чтоб увеличить список епископств, в него внесли немало таких епархий, которые утратили свое существование под игом неверующих. Посольство, состоявшее из самых надежных министров и прелатов, отправилось в Италию с драгоценными украшениями и редкими благовониями для алтаря св. Петра и с тайным приказанием быть беспредельно уступчивыми. Папа Григорий Десятый принял послов на Лионском соборе во главе пятисот епископов. Он со слезами на глазах обнял своих долго заблуждавшихся и наконец раскаявшихся детей, принял присягу от послов, отрекшихся от ереси от имени обоих императоров, украсил прелатов перстнями и митрами, пропел по-гречески и по-латыни никейский символ веры с присовокуплением слова filioque и выразил свою радость по поводу того, что именно в его царствование совершилось объединение церквей восточной и западной. Для довершения этого благочестивого дела папские нунции были немедленно отправлены вслед за возвращавшимися домой византийскими депутатами, а данные им инструкции доказали, что политика Ватикана не могла довольствоваться пустым верховным титулом. Им было предписано предварительно ближе ознакомиться с характером монарха и народа и затем отпустить грехи тем членам еретического духовенства, которые подпишут клятвенное обещание отречься от своих заблуждений и впредь быть послушными; им было приказано ввести во всех церквах настоящий символ веры, подготовить прием для кардинала-легата, который будет облечен всеми полномочиями, соответствующими его званию, и объяснить императору, какие мирские выгоды он может извлечь из того, что будет пользоваться покровительством римского первосвященника.
Но они не нашли ни одного друга среди нации, произносившей с отвращением слова "Рим” и "уния". Правда, Патриарх Иосиф был устранен; его место было занято ученым и умеренным Векком, а император, руководствуясь прежними соображениями, все еще придерживался своих прежних публичных заявлений. Но в интимных беседах Палеолог делал вид, будто сожалеет о высокомерии латинов и порицает их нововведения, а между тем как он унижал себя этим двойным лицемерием, он поощрял и наказывал сопротивление своих подданных. Совокупное решение нового и древнего Рима подвергло упорных еретиков отлучению от церкви; меч Михаила приводил в исполнение наложенные церковью наказания, а когда нельзя было достигнуть цели путем убеждений, император прибегал к аргументам иного рода: к тюремному заключению и ссылке, к бичеванию и изувечению — этим пробным камням трусости и мужества, как выразился один историк. В Этолии, Эпире и Фессалии еще царствовали два греческих принца с титулом деспотов; они подчинились верховенству Константинополя, но не захотели подчиниться узам римского первосвященника и успешно поддерживали свой отказ с оружием в руках. Спасшиеся бегством монахи и епископы собрались под их покровительством на собор и отплатили своим противникам тем же, что сами от них получили, — объявили их еретиками с присовокуплением оскорбительного названия вероотступников; владетель Трапезунда согласился принять императорский титул, на который уже утратил свое право Михаил, и даже жившие в Негропонте, Фивах, Афинах и Морее латины, позабыв заслугу новообращенных, стали явно или тайно помогать врагам Палеолога. Его любимые генералы, принадлежавшие по рождению к числу его родственников, мало помалу покинули его или отказались от участия в таком деле, в котором усматривали святотатство. Его сестра Евлогия, одна из его племянниц и две двоюродные сестры стали составлять против него заговор; другая из его племянниц, королева Болгарская Мария вступила, с целью его низвергнуть, в переговоры с египетским султаном, а их измена выдавалась общественным мнением за самую высшую из добродетелей. Когда папские нунции стали настаивать на довершении начатого дела, Палеолог откровенно рассказал им все, что сделал для них, и все, что из-за них вытерпел. Он доказал им, что преступные сектанты обоего пола и всякого звания были лишены почетных отличий, состояния и свободы, и показал им список конфискаций и наказаний, которым подверглись многие из самых близких к императору и самых достойных его милостивого расположения людей. Их повели в тюрьму и показали им четырех принцев царской крови, сидевших закованными в цепи в четырех углах комнаты и потрясавших своими оковами от скорби и ярости. Двое из этих заключенных впоследствии освободились из тюрьмы; одному из них дала свободу покорность, а другому — смерть; но их двое товарищей были наказаны за свое упорство лишением зрения, и даже те греки, которые менее всех противились соединению двух церквей, оплакивали эту ужасную и не предвещавшую ничего доброго жестокость. Кто преследует людей за их религиозные верования, тот должен ожидать, что гонимые будут его ненавидеть; но он может находить некоторое утешение в свидетельстве своей совести, в одобрении со стороны своих приверженцев, а иногда и в успехе своего предприятия. Напротив того, лицемерие Михаила, руководствовавшегося одними политическими расчетами, должно было внушать ему ненависть к самому себе, презрение к его приверженцам, уважение и зависть к мятежникам, которые ненавидели и презирали его. Между тем как его насилия внушали жителям Константинополя отвращение, в Риме его укоряли в мешкотности и не доверяли его искренности; наконец папа Мартин Четвертый исключил греческого императора из лона той самой церкви, в которую этот император старался ввести своих еретических подданных. Лишь только тиран кончил жизнь, единство двух церквей было уничтожено и отвергнуто по единодушному желанию всех греков; в церквах был совершен обряд очищения; люди, подвергнутые эпитимии, снова вступили в лоно церкви, а сын Михаила Андроник, оплакав прегрешения и заблуждения своей юности, из благочестия отказал трупу своего отца в приличном для монарха и для христианина погребении.