Шелепин в августе 1964 года руководил заседанием Президиума, на котором речь шла о снятии Хрущева, он предоставил первое слово Микояну, и единственный из секретарей ЦК сам выступил с обвинительной речью. Хрущев, поняв, что против него объединились Шелепин и Суслов, перестал сопротивляться. Он надеялся, что руководство Министерства обороны не захочет объединяться с «комсомольцами» из КГБ, потому что точки зрения на оборону страны были несовместимы. Брежнева он тогда в расчет вообще не принимал.
Действительно, маршалы считали, что основой мощи СССР должны быть танки, самоходная артиллерия, тяжелые бомбардировщики и крупный надводный флот. Для Шелепина главным был троцкистский и коминтерновский план коммунистического наступления на Запад под руководством КГБ, в котором армия должна была играть вспомогательную роль.
Но военачальников и Шелепина объединило то, что для реализации их планов нужна была крепкая советская власть, без сталинской жестокости и хрущевского либерализма, основанная на диктатуре партии в лице ЦК КПСС. Вместе они были против продолжения расследования и осуждения преступлений советского прошлого, против публикаций Солженицына, а также антисоветчиков и диссидентов.
При этом Шелепин был против открытой реабилитации Сталина, которая мешала КГБ вести подрывную идеологическую работу в Европе. Поэтому партноменклатура пообещала Шелепину, что вскоре при поддержке Суслова власть от Брежнева перейдет к нему. И он в это поверил. По поручению Хрущева Андропов убедил сторонников Шелепина, что страна вернется к решениям XX съезда. Шелепин сделал вид, что согласен, и помогал команде Брежнева в свержении Хрущева, потому его реформы подрывали основы будущей империи, во главе которой он видел себя, и был ярым сторонником вторжения в Чехословакию.
В мае 1959 года на конференции руководящего состава КГБ он сказал:
— Главные враги СССР — США, Великобритания, Франция, Западная Германия, Япония, все страны — члены НАТО и других военных союзов, поддерживаемые Западом. Спецслужбы всех стран восточного блока должны быть мобилизованы на оказание влияния на западные страны с целью подрыва их единства. Агентура КГБ среди интеллигенции должна быть переориентирована на внешние контакты. Следует планировать совместные дезинформационные операции со спецслужбами коммунистических стран.
Кроме управления «Д», руководимого Агаянцем, было создано управление по дезинформации, руководимое лично Шелепиным, которое контактировало с МИДом, отделом ЦК во главе с Пономаревым, с ГКЭС и ГКНТ, которым руководил зять Косыгина — Гвишиани. КГБ решал, какую дезинформацию необходимо внедрить в научные и военные круги западных стран. Эту службу потом использовал Андропов, пытавшийся взаимодействовать с Римским клубом, Бильдербергским научным центром и масонскими кругами Лондона.
В 1960 году по инициативе Шелепина была создана Комиссия по межхристианским связям при Священном синоде и Всемирном совете церквей, а его протеже — Никодим стал руководителем Издательского отдела Московской патриархии, епископом Ярославским и Ростовским, а в 1961 году — архиепископом. Ему удалось установить дружественные отношения с Ватиканом, и в 1961 году делегация РПЦ присутствовала на Ватиканском соборе.
Никодим считал, что «атеизм коммунистический… включает в себя моральные принципы, не противоречащие христианским нормам», и мечтал стать коммунистическим патриархом. Однако, когда в 1971 году скончался патриарх Алексий, Шелепин и Семичастный были не у власти, а Андропов ему не помог. От переживаний у Никодима в Ватикане в момент представления папе Иоанну Павлу случился инфаркт, и папа тут же прочитал ему «отходные молитвы и молитву об отпущении грехов».
Для имитации наличия политических свобод в СССР Шелепин массово посылал в качестве иностранных корреспондентов агентов КГБ. которые публиковали в СМИ дезинформационные материалы. В результате «Известия» приобрели огромную популярность, а их тираж возрос до 8 млн экземпляров. Главным источником дезинформации за границей стали агентство печати «Новости» и дайджест — «Спутник».
Для демонстрации обновления в русской культуре и общественной жизни был выбран молодой художник Илья Глазунов, у которого ранее были проблемы с незаконной торговлей иконами. Ему была организована широкомасштабная выставка при покровительстве ВЛКСМ. КГБ и Сергея Михалкова и Андрона Кончаловского, родственников русских художников — Сурикова и Кончаловского. Выставка закончилась грандиозным скандалом, и Семичастному пришлось писать «осуждающее» Глазунова письмо в ЦК. Затем широкую известность приобрел новый протеже Шелепина — Александр Шилов, получивший заказ на портреты Суслова. Микояна и других членов Политбюро.