Планы Малиновского и Брежнева начинать танковую войну в Европе противоречили «плану Шелепина» и деятельности КГБ по приходу к власти европейских коммунистов парламентским путем. Кроме Шелепина, против воинственных предложений Малиновского выступали Суслов, Подгорный и Косыгин.
2 сентября 1965 года, когда Шелест направил в ЦК КПСС записку, предлагая разрешить Украине самостоятельную внешнюю торговлю, а Подгорный без обсуждения на Политбюро дал ее в рассылку Госплану, ВСНХ и Минвнешторгу, против выступили Микоян, Новиков, Ломако и Патоличев, а Шелепин обвинил Шелеста и Подгорного в покровительстве украинскому национализму. Брежнева не было в Москве, поэтому провести специальный пленум ЦК УССР с осуждением Шелеста Шелепину не удалось.
В декабре 1965 года Брежнев нанес ответный удар по Шелепину и Суслов в этой ситуации пошел на компромисс с маршалами. Они перестали настаивать на реабилитации Сталина и отказались от немедленного развязывания войны. Суслов принес в жертву Шелепина с его планами коммунистической модернизации в СССР и во всей Европе.
На пленуме власть Шелепина в КПГК была прекращена. Такова была коллективная воля Политбюро и аппарата ЦК КПСС. Шелепину ясно дали понять, что в Политбюро у него опоры нет. В январе 1966 года Брежнев уехал с визитом в Монголию, а Шелепина отправил во Вьетнам. Оставлять его без присмотра в Москве он боялся.
Завершив визиты, они встретились в Иркутске, где Шелепин попытался убедить Брежнева, что уже не претендует на его власть, теперь они союзники и единомышленники, как и в 1958 году, когда отстраняли от власти Хрущева. Но Брежнев не поверил Шелепину, уверявшему, что пост Генерального секретаря за ним сохраняется.
Попытка Шелепина усилить влияние своей группы через влияние на средства массовой информации и советское общество первого секретаря ЦК ВЛКСМ Павлова не удалась. Комсомольская журналистика сохранялась благодаря «Комсомольской правде», где Шелепин сменил Аджубея, ушедшего в «Известия», на Воронова, а потом на Панкина.
Но после отставки Хрущева возможности использования «Комсомолки» Шелепиным и Семичастным ослабли, а журналы «Молодая гвардия» и «Сельская молодежь» никто не читал и выписывать не хотел. Это отчасти компенсировалось серией книг «Пламенные революционеры» и «Жизнь замечательных людей», к изданию которых Шелепин привлек Трифонова. Аксенова и Окуджаву. Их книги издавались тиражом 150 тыс. экземпляров, и гонорар авторов был фантастическим.
Однако реально в этих книгах были смешаны героизм революционеров с абсолютной безнравственностью их дел. что оказывало негативное влияние на восприятие истории страны. ЦК ВЛКСМ захотел подчинить себе журнал «Юность» с тиражом 5 млн экземпляров в месяц. Павлов поставил в ЦК КПСС вопрос о передаче журнала «Юность» от Союза писателей в ведение ЦК ВЛКСМ для исправления идеологических ошибок, но ЦК КПСС это решение не утвердил.
Тогда сторонники Шелепина решили противопоставить «Сельской молодежи» журнал «Юность», включив в его редколлегию Искандера, Окуджаву и критика Михайлова. Первый номер за 1966 год «Сельской молодежи» благодаря Шелепину содержал все, что до этого годами было запрещено цензурой — отрывки «Колымских рассказов» Шаламова, рассказы Булгакова и популярные песни Окуджавы. Этот бесцензурный журнал набрал тираж более 10 млн экземпляров.
Но в ЦК КПСС немедленно поступил донос об «идеологических ошибках» журнала «Сельская молодежь», который заставили подписать всех сотрудников. Последовало секретное разгромное постановление ЦК и Политбюро о «Сельской молодежи», и редколлегия была распущена.
В июле 1966 года было восстановлено МВД СССР, и Шелепин хотел назначить на эту должность своего друга — министра МВД РСФСР Тикунова, бывшего его заместителя в КГБ, но министром стал приятель Брежнева — Щелоков, а Тикунов был отправлен послом в Африку. Так Шелепин вслед за Комитетом партсовконтроля потерял контроль над МВД.
В апреле 1967 года был уволен директор ТАСС Горюнов, а в мае 1967 года, в отсутствие Шелепина, внезапно был уволен председатель КГБ Семичастный. В тот же день Андропов занял его кабинет. Семичастный позже написал, что Брежнев решил использовать бегство Аллилуевой, чтобы освободить его от должности председателя КГБ, а вместе с ним убрать их органов госбезопасности и других неугодных ему «комсомольцев».