Суслов обратился к наркому внутренних дел Берии с просьбой направить в республику дополнительное количество сотрудников и части НКВД, чтобы депортировать из каждого уезда Литвы по «пятьдесят-шестьдесят семей главарей банд и наиболее злостных бандитов» и провести открытые процессы над пойманными «лесными братьями».
В Литву прислали 9 полков НКВД для проведения чекистско-войсковой операции. В 1945 году военный трибунал войск НКВД Литвы осудил по 58-й статье 8500 человек, из них около 500 были приговорены к расстрелу. Но Суслов считал, что трибуналы либеральничают. Непримиримость Суслова не осталась незамеченной. Весной 1946 года Сталин по совету Маленкова перевел Суслова в Москву. Его ввели в состав оргбюро ЦК и утвердили заведующим отделом внешней политики.
Потом он возглавлял в ЦК отдел пропаганды и агитации под руководством члена Политбюро Жданова, где проявил себя образцовым аппаратчиком, не позволявшим себе никакой инициативы. Его любимой фразой в это время было: «Это нам не поручено».
В 1946 году Суслову поручили курировать работу Еврейского антифашистского комитета. Он сразу почувствовал, что Комитет больше не нужен, и предложил его распустить, но предложение не было принято. Суслов сделал карьеру на послевоенных идеологических антисемитских кампаниях, утверждая о засоренности евреями учреждений культуры и науки, где «укоренились низкопоклонство и угодничество перед заграницей и иностранцами, потеряны бдительность и чувство советского патриотизма».
По его указанию все советские ведомства должны были ежегодно представлять в аппарат ЦК отчеты о кадровой работе с указанием национальности ответственных сотрудников, потому что ЦК интересовало в основном количество евреев на серьезных должностях. И к 1952 году не осталось ни одного еврея среди первых секретарей обкомов, крайкомов и секретарей ЦК национальных республик. Аналогичная работа проводилась в СМИ и учреждениях науки и культуры.
Затем под руководством Суслова началась серьезная чистка в СМИ. Главный редактор, который покровительствовал евреям, увольнялся. В ходе «чистки» творческих союзов, учреждений культуры, учебных и научных заведений выяснилось, что среди физиков-теоретиков и физиков-химиков сложилась монопольная группа — Л.Д. Ландау, М.А. Леонтович, А.Н. Фрумкин. Я.И. Френкель, В.Л. Гинзбург, Е.М. Лившиц, Г.А. Гринберг, И.М. Франк. А.С. Компанеец, Н.С. Мейман и другие.
Однако физики уцелели, потому что руководитель атомного проекта Курчатов объяснил Берии, что без этих людей ядерную бомбу не создать.
Возражать Суслову не решались. Он не отступал от своих принципов. Когда в одном из томов в сочинениях Горького нашли сомнительную статью о Ленине, шел спор о том, оставлять том с купюрами или без них. Суслов доложил Маленкову: если выпускать с купюрами — неразумно, а без купюр — невозможно, то считаю переиздание семнадцатого тома вообще нецелесообразным.
Смерть Сталина могла стать концом его политической карьеры, потому что Маленков невысоко ценил Суслова, а Молотов считал себя лучшим специалистом по марксизму и говорил о нем:
— Суслов — это провинциал и большая зануда.
В том составе ЦК он никому был не нужен, а некоторым даже мешал, но малограмотным Хрущеву и Брежневу Суслов, который с карандашом в руке читал сочинения Ленина, казался образованным и повышал интеллектуальный потенциал Политбюро. Поэтому летом 1955 года его ввели в состав Президиума ЦК, а в 1957 году он председательствовал на пленуме, где клеймили «антипартийную группу» Молотова, Маленкова, Кагановича и примкнувшего к ним Шепилова.
Суслов помнил наизусть все идеологические формулировки, а новое и опасное, немедленно вычеркивал. Он предупреждал Хрущева, что нельзя дальше идти по пути демократизации, что оттепель может превратиться в наводнение, которое все снесет.
По складу мышления он был сталинистом, но выступал против полной реабилитации. Для этого надо было отменять решения XX съезда партии, но показывать, что партия может ошибаться, было нельзя по определению. Он был озабочен тем, как вернуть контроль над обществом и подавить свободомыслие после хрущевской оттепели.
Как секретарь ЦК Суслов курировал, кроме идеологии, вопросы международной политики, хотя его представления о внешнем мире были далеки от реальности, как и у других деятелей партноменклатуры. Только Андропов в 80-е годы впервые вынужден был признать, что руководство страны не знает мир, в котором живет. Эту мысль ему инициативно вставили в доклад два доктора наук. Он согласился и сделал далеко идущие выводы. Сегодня власть, наоборот, считает, что знает мир лучше всех, и это не менее опасно.