Энергичный и умный советник, изучивший венгерский язык и постоянно занимавшийся самообразованием, вскоре был назначен на должность посла. В Венгрии просталинское руководство во главе с Ракоши осуществляло форсированную индустриализацию и коллективизацию, которые сопровождались жесткими репрессиями.
Когда в СССР началась хрущевская десталинизация, в Венгрии возникли волнения, в результате которых Ракоши был смещен с поста руководителя партии. Новым лидером в Венгрии стал партийный либерал Имре Надь, бывший в 30-х годах агентом НКВД, и по доносам которого были ликвидированы десятки политэмигрантов в СССР.
Надь возглавил оппозиционные силы и легализовал деятельность антикоммунистических партий, что привело к обострению ситуации и массовым актам террора против коммунистов. Андропов и новый руководитель венгерских коммунистов Янош Кадар настояли на подавлении восстания силами группировки советских войск в Венгрии. 4 ноября под руководством маршала Жукова с целью разоружения мятежников началась операция «Вихрь».
В ходе боев было убито 2550 мятежников и около 2000 советских солдат. В это время Андропов играл важную роль. Он был связующим звеном между советским и венгерским руководством, а также консультантом обеих сторон по самым актуальным вопросам, но его роль не следует переоценивать, так как основные решения на территории Венгрии принимались главой МВД Серовым, а в Москве — лично Хрущевым.
По рекомендации Андропова лидером венгерских коммунистов стал Янош Кадар, который быстро стабилизировал положение. В дальнейшем в Венгрии установился самый либеральный режим в социалистической системе. Однако эти события сформировали у Андропова особое опасение и неприязнь к политическим кризисам в соцстранах и в СССР. Арбатов назвал это «венгерским» психологическим комплексом, который во многом определил в будущем характер Андропова.
Активное и решительное участие в подавлении мятежа в Венгрии, бесспорно, стало одной из причин перевода Андропова в КГБ. Но, вернувшись в Москву, он сначала был назначен заведующим международным отделом ЦК КПСС, который занимался связями с компартиями соцстран, где пользовался большим доверием руководства.
С 1957 по 1967 год Андропов превратился в профессионального политического деятеля, хотя ему не всегда удавалось влиять на внешнюю политику.
После XXII съезда КПСС он становится членом и секретарем ЦК, где создал группу консультантов из молодых интеллектуалов во главе с журналистом Федором Бурлацким, члены которой отличались свободомыслием и стремлением к переменам.
Андропов любил интеллектуальную работу и вместе с консультантами лично участвовал в процессе создания политических документов. Его сильной чертой был организаторский талант, деловитость и острое видение любой политической проблемы. В это время у него отчетливо проявилось либеральное отношение к творческим личностям и коллективам.
Он помогал Театру на Таганке, осторожно поддерживал советских абстракционистов, не вступая при этом в конфликты с Хрущевым и партаппаратом. Хрущев доверял Андропову и повысил его статус в аппарате ЦК, что вызвало недоверие группы Брежнева — Шелепина, готовившей смещение Хрущева. Андропов вначале не знал о тайном сговоре партийных деятелей. Заговорщики не посвящали его в свои подлинные планы, их вполне устраивал его нейтралитет.
Он ошибочно предполагал, что Хрущева сняли за слабую критику сталинизма. 6 декабря 1964 года в «Правде» была опубликована редакционная статья, подготовленная Андроповым, с программой перехода к экономической реформе, развитием демократического самоуправления и сосредоточением партии на политическом руководстве.
Но это не встретило понимания у Брежнева и членов Политбюро, особенно у Суслова, опасавшегося конкуренции Андропова в руководстве идеологией. В стране произошел консервативный переворот, с которым Андропов не был согласен, но в Политбюро он боялся Суслова даже больше, чем Брежнева. Однако генеральный относился к Андропову с уважением, потому что он полностью оправдал его доверие. Но вместе с тем Леонид Ильич явно не желал его возвышения, пренебрегал его советами и не допускал в свое окружение.
Андропов всячески пытался проявлять лояльность к Брежневу, но делал это недостаточно искренне. Он не был обычным партийным деятелем, избегал интриг и не был склонен к излишней лести перед вождем. Он, как и Суслов, был аскетом, не участвовал в любимых Брежневым застольях и охоте, не увлекался красивыми женщинами, не стремился к подаркам и наградам.