Генерал армии Крючков, как главный организатор ГКЧП, был арестован, находился в СИЗО Матросская Тишина, но в декабре 1992-го был освобожден под подписку о невыезде. В 1994 году амнистирован и стал работать председателем научно-технического совета при театральном режиссере и политологе Кургиняне. С середины 1990-х был председателем совета директоров входящего в АФК «Система» АО «Регион». В конце 90-х входил в оргкомитет Движения в поддержку армии, в 1998–1999 гг. — советник директора ФСБ Владимира Путина.
Если внимательно рассмотреть деятельность Крючкова во главе ГКЧП, становится понятным его провал. Выяснится, что два «непримиримых врага» — Горбачев и Ельцин — на самом деле работали в одной связке, и Крючков знал или догадывался об этом, что объясняет странную двойственность его поведения. Причем он, судя по его разговору с начальникам ПГУ Шебаршиным, еще в июне 1990 года решил сделать ставку на Ельцина.
При этом он, как и Язов, не мог избавиться от чувства личной обязанности перед Горбачевым, но в политике такая двойственность позиция не только наказывается, но и оборачивается предательством, которым пользуются враги государства. Известно, что в 1991 году американцы на корню скупали советскую элиту, помогая Ельцину прийти к власти.
Так, об этом свидетельствует в популярной православной газете «Вера» князь Щербатов: «…я старался узнать побольше деталей подготовки переворота. И за несколько дней кое-что для себя прояснил: американцы, ЦРУ провези деньги через своего посла в России, Роберта Штрауса, использовав его связи, чтобы подкупить военных: Таманскую и Дзержинскую десантные дивизии, которые должны были перейти на сторону Ельцина. Большие деньги получили сын маршала Шапошникова, военный министр Грачев. У Шапошникова сейчас имение на юге Франции, дам в Швейцарии…»
Кроме того, именно А. Яковлев настоял на назначении министрам обороны СССР Язова, а председателем КГБ — Крючкова. Он рассчитывал, что при всех положительных характеристиках их исполнительность будет преобладать над инициативностью и самостоятельностью, что сыграло в судьбе СССР роковую роль.
Однако поэтому Крючков стал шестым арестованным руководителем органов госбезопасности СССР после Ягоды, Ежова, Абакумова, Берии и Меркулова, но единственным из них, который не был осужден и расстрелян.
В январе 1993 года Крючков освобожден под подписку о невыезде вместе с другими членами ГКЧП — Янаевым, Павловым, Тизяковым, Баклановым и в феврале 1994 года был амнистирован Государственной Думой Федерального Собрания РФ.
После освобождения Крючков устроился на работу в «Экспериментальный творческий центр» Сергея Кургиняна. 1 мая 1993 года участвовал в демонстрации, которая закончилась столкновением с милицией. 1 октября 1993 года предупредил бывшего министра внутренних дел Дунаева о предстоящем штурме Верховного Совета.
Являлся председателем совета директоров АО «Регион», входящего в АФК «Система», созданной в 1993 году Евтушенковым при протекции мэра Москвы Лужкова. «Регион» был информационно-аналитическим мозгам АФК «Система» и одновременно занимался сбором оперативных данных, компромата и информации о делах и контактах политических конкурентов — Лужкова, Березовского, Чубайса, Кириенко и других видных деятелей политики и бизнеса.
Одновременно был советником директора ФСБ Путина. Одновременно входил в оргкомитет оппозиционного Движения в поддержку армии (ДПА), возглавляемого Рохлиным и Илюхиным, а также участвовал в работе совета ветеранов госбезопасности.
Крючков был приглашен на инаугурацию Владимира Путина 7 мая 2000 года, но сидел в стороне от всех, у самой стены, и с трудом поднялся только один раз, когда заиграли музыку гимна России.
В октябре 2007 года он вместе с другими бывшими руководителями КГБ (Черкесовым?) обнародовал письмо с призывом немедленно прекратить междоусобицу в российских спецслужбах.
Скончался 23 ноября 2007 года в Москве от обширного инфаркта на 84-м году жизни после непродолжительной болезни. Возможно, это письмо о последующем инциденте с офицерским собранием генерала Ивашова как-то связано с его уходом из жизни. Прощание прошло в Культурном центре ФСБ России с участием директора ФСБ Патрушева, директора СВР Фрадкова. Путин не присутствовал. Похоронен Крючков в Москве на Троекуровском кладбище.