Постановлением Государственного Комитета Обороны от 21 мая 1943 года, для обеспечения возможных боевых действий на Дальнем Востоке, на ГУЛАГ было возложено строительство железнодорожной линии Комсомольск – Советская Гавань и порта Ванино. Обе эти задачи были выполнены успешно.
Всего же за период 1941–1944 гг. строительными организациями НКВД было выполнено капитальных работ на 14,2 млрд рублей, что составило 14,9 % всех выполненных строительных работ по народному хозяйству СССР в целом, было построено и сдано в эксплуатацию: 612 оперативных аэродромов и 230 аэродромов с взлетно-посадочными полосами, группа авиационных заводов в районе Куйбышева, 3 доменных печи общей мощностью 980 тыс. тонн чугуна в год, 16 мартеновских и электроплавильных печей производительностью 445 тыс. тонн стали, прокатные станы общей производительностью 542 тыс. тонн проката, 4 коксовые батареи производительностью 1 млн 740 тыс. тонн кокса, угольные шахты и разрезы общей производительностью 6 млн 790 тыс. тонн угля, 46 электрических турбин общей мощностью 596 тыс. киловатт, 3 тыс. 573 километра новых железных дорог, 4 тыс. 700 километров шоссейных дорог, 1 тыс. 58 километров нефтепроводов и другие объекты.
За этот период промышленными предприятиями НКВД было выдано: 315 тонн золота, более 14 тыс. тонн олова (в концентратах), 6 тыс. 795 тонн вольфрамового концентрата, 1 тыс. 561 тонн молибденового концентрата, 6 тыс. 511 тонн никеля электролитного, 6 тыс. 81 тонн меди черновой, 968 тыс. тонн хромитовой руды, 8 млн 924 тыс. тонн угля, 10 тыс. 150 тонн сажи газовой, 407 тыс. тонн нефти, 90 млн м³ леса и дров, произведено 30,2 млн штук мин. Удельный вес продукции предприятий НКВД в общем производстве по народному хозяйству СССР составил: по золоту – 64 %; по платине и палладию – 65 %; по оловянным концентратам – 82 %; по электролитному никелю – 71 %; по молибденовым концентратам – 27 %; по вольфрамовым концентратам – 34 %; по минам – 17 %. Несмотря на трудности, помимо высоких показателей трудовой активности заключенными было перечислено в Фонд обороны страны свыше 40 млн рублей добровольных взносов, а также значительное количество золота и серебра. Из предприятий ГУЛАГа в освобожденные районы страны в 1943–1944 гг. было передано 356 единиц разного оборудования, 160 тракторов, 170 автомашин, 30 комбайнов, 235 плугов, 62 сеялки.
Уже в 1944 году началась переориентация части ресурсов ГУЛАГа на нужды послевоенного развития. Хотя многие производства и стройки продолжали выполнять прежние задания, большинство производственных мощностей исправительной системы стало перестраиваться на выпуск «мирной» продукции. Именно в это время было завершено строительство Угличской и Рыбинской электростанций, которое было приостановлено в 1941 году.
Тогда же НКВД получил ряд новых заданий Государственного Комитета Обороны по капитальному строительству и расширению производственной деятельности. В числе первостепенных задач были восстановление и строительство военно-морских баз в Таллине, Риге, на полуострове Порккала-Удд, строительство газопровода «Саратов – Москва», восстановление Беломорско-Балтийского канала, строительство Закавказского металлургического комбината и железной дороги Кировобад – Дашкесан, строительство Ивдельского и Бирюсинского гидролизных заводов мощностью на 500 тыс. декалитров спирта каждый, развитие нового месторождения коксующихся углей Хелмер-Ю, включая строительство железной дороги Воркута – Хелмер-Ю, строительство Ангренского и Волчанского угольных разрезов, расширение куйбышевского, краснодарского и дагестанского нефтепромыслов, строительство урановых рудников и заводов, а также второй очереди Тырно-Аузского вольфрамового комбината.
На 1 января 1945 года всего в исправительной системе НКВД насчитывалось 1 млн 460 тыс. человек. Из них 715,5 тыс. содержались в исправительно-трудовых лагерях и 745,2 тыс. в исправительно-трудовых колониях. Вскоре туда начали массово поступать лица из числа восточных рабочих, обвиненных в сотрудничестве с фашистами, освобожденных из лагерей бывших белогвардейцев, захваченных полицаев, власовцев и других.