Бэкон также направил ему свои сочинения «Opus Minus», «De Multiplicatione Specierum», «De Speculis Comburentibus», оптический объектив и, возможно, другие работы по алхимии и астрологии.
Папа Климент умер в 1268 году, и Бэкон потерял покровителя. Через некоторое время Бэкон, по-видимому, был заключен в тюрьму или помещен под домашний арест на два года. Возможно, это было подстроено теми представителями духовенства, монахов и педагогов, на кого нападал Бэкон в 1271 году в сочинении «Compendium Studii Philosophiae». Современные ученые, однако, отмечают, что первое упоминание о «тюремном заключении» Бэкона возникло через 80 лет после его смерти, так что может быть недостоверным.
После 1278 года Бэкон вернулся во францисканский дом в Оксфорде, где продолжил свои занятия и, как предполагается, провел оставшуюся часть жизни. Его последнее датируемое произведение «Compendium Studii Theologiae» было завершено в 1292 году.
Роджер Бэкон в своих трудах поддерживает призывы Аристотеля к сбору фактов, прежде чем выводить научные истины, вопреки практикам своих современников, утверждая, что «оттуда приходит спокойствие для ума».
Работа Бэкона 1267 года «Opus Majus» содержит трактовки математики, оптики, алхимии и астрономии, включая теории о положениях и размерах небесных тел. В книге семь разделов: «Четыре основные причины человеческого невежества», «Сродство философии с теологией», «О пользе грамматики», «Полезность математики в физике», «О науке о перспективе», «Об экспериментальном знании» и «Философия морали».
Бэкон задумывал это сочинение как предложение по реформированию учебной программы средневекового университета и созданию своего рода библиотеки или энциклопедии с привлечением экспертов для составления собрания окончательных текстов по этим предметам. Новыми предметами должны были быть «перспектива» (например, оптика), «астрономия» (включая собственно астрономию, астрологию и географию, необходимую для их использования), «веса» (вероятно, некоторая трактовка механики, но этот раздел «Opus Majus» был утерян), алхимия, сельское хозяйство (включая ботанику и зоологию), медицина и «экспериментальная наука», философия науки, которая будет руководить другими. Раздел по географии якобы изначально был украшен картой, основанной на древних и арабских вычислениях долготы и широты, но был утерян.
В части IV «Opus Majus» Бэкон предложил календарную реформу, аналогичную более поздней системе, введенной в 1582 году при папе Григории XIII. Опираясь на древнегреческую и средневековую исламскую астрономию, недавно появившуюся в Западной Европе через Испанию, Бэкон продолжил работу Роберта Гроссетеста и критиковал нынешний юлианский календарь как «невыносимый, ужасный и смехотворный». Бэкон утверждал, что вычисление Пасхи сдвинулось на 9 дней со времени Первого Никейского собора в 325 году. Его предложение убирать один день каждые 125 лет и прекратить соблюдение фиксированных равноденствий и солнцестояние не применялось после смерти Папы Климента IV в 1268 году.
В Части V «Opus Majus» Бэкон обсудил физиологию зрения и анатомию глаза и мозга, учитывая свет, расстояние, положение и размер, прямое и отраженное зрение, рефракцию, зеркала и линзы.
Отрывки из «Opus Majus» и «Opus Tertium» обычно считаются первыми европейскими описаниями смеси, содержащей основные ингредиенты пороха. Возможно, Бэкон был свидетелем по крайней мере одной демонстрации китайских петард, добытых францисканцами, в том числе другом Бэкона Вильгельмом Рубруком, посетившим Монгольскую империю в этот период.
В «Послании монаха Роджера Бэкона о тайных действиях искусства и природы и ничтожестве магии» он отвергает такие практики, как некромантия, но приводит много алхимических формул, включая одну для философского камня и другую, возможно, для пороха. Там также есть несколько отрывков о гипотетических летательных аппаратах и подводных лодках, впервые использованных Александром Македонским. Вообще же «Послание» — это развенчание эзотерических утверждений времен Бэкона, показывающее, что они могут быть объяснены естественными явлениями.
У Бекона есть несколько работ, посвященных лингвистике и логике. Это «Обзор грамматики» и другие, в которых он описывает традиционные представления терминологической грамматики Оксфорда. В своих сочинениях Бэкон подчеркивает необходимость ученым знать несколько языков. Причем это не только классические языки типа латыни или греческого, но и народные языки Европы, которые он считал полезными для практических целей, таких как торговля, проповеди и управление.