Корни растений проникают в землю на различную глубину. Скажем, корни пшеницы имеют длину до 2 метров; подсолнечника - около 5 метров; а саксаула более 30 метров. Проникая в глубь земли, они увеличивают трещины, способствуют разрыхлению грунта. В Москве, на Земляном Валу, на одной из старых церквей не так давно можно было видеть стройную березку, выросшую на уровне трехэтажного дома. Корневая система этой березки пронизывает крепкую каменную кладку стены. Точно так же корневой системой разрушаются породы любой крепости.
Вокруг корней идет активная химическая работа. Через корневую систему растения берут из горных пород необходимые для питания элементы: натрий, калий, фосфор, кальций, серу, железо, магний, алюминий, кислород, водород, марганец, бор, кремний. После отмирания все эти элементы в виде различных химических соединений возвращаются в землю, видоизменяя солевой состав верхних частей земли.
Геологическая работа растений запечатлена в пластах ископаемых почв.
Типичных ископаемых почв очень много среди отложений четвертичного периода. Они сохранились и под лёссовыми толщами, и под оползнями, и в древних речных террасах, и под ледниковыми отложениями, и даже под лавами.
В бассейне реки Мезени, у поселка Сульского, в береговом обрыве реки Сулы можно видеть интересные соотношения слоев. Вверху залегает четырехметровый слой ледниковых отложений, являющихся мореной последнего оледенения; под мореной видна цвадцатиметровая толща ленточных глин и ленточных песков, накопившаяся в межледниковое время в озерном бассейне. В середине озерной толщи сохранился полуметровый слой торфа. Он свидетельствует о том, что режим озера был непостоянным: в один из этапов озеро обмелело и начало зарастать; постепенно оно подернулось торфяным покровом. В среднем в год может накопиться 1-2 миллиметра торфа; полуметровый слой, следовательно, сформировался за 50-100 лет. Затем вновь изменились условия: озерный бассейн переполнился водой, и слой торфа погребли новые толщи озерных отложений. Ну, а потом в особых условиях, при достаточной стерилизации, торфянистые массы могут переходить в бурые, а затем в каменные угли. Если же эти особые условия отсутствуют, растительная масса и почвенный гумус нацело распадаются, не оставляя в земных слоях документов о древних почвенных процессах. Следовательно, свидетельством этих процессов являются не только ископаемые почвы четвертичного периода, но и пласты ископаемого угля, накопившиеся в прошлые геологические эпохи.
Если наблюдать каменный или бурый уголь под микроскопом, то при увеличении в несколько сот раз можно видеть не черную, а оранжевую или буровато-красную массу. В этой массе различимы обрывки древесины, коры, споры, остатки торфяной массы, подтверждающие происхождение ископаемых углей из накопившейся в наземных условиях растительной массы.
К силурийской системе палеозойской эры относят первые наземные растения. С появлением их на суше начали формироваться почвы.
По реке Барзас, к северо-востоку от Кузнецкого бассейна, располагается один из самых древнейших пластов ископаемого угля, относящийся к началу или к середине девонского периода. Изучение этого угля под микроскопом показало, что он сложен остатками примитивных растений - псилофитов.
Академик П. И. Степанов, обобщивший весь материал по угольным месторождениям мира, выделял три главные эпохи угленакопления: каменноугольную и пермскую, юрскую, третичную. Наибольшее количество мировых запасов угля приурочено к третичным отложениям (54,4 процента), на втором месте по количеству ископаемых углей стоят каменноугольный и пермский этапы накопления (39,1 процента), на третьем месте находится юрский этап (4 процента).
В геологической литературе до сих пор обсуждается вопрос о климате эпох угленакопления. Большинство ученых приходит к выводу, что современные болота тропического пояса по условиям накопления растительной массы близки к болотам палеозоя, но неизвестно, был ли тропический климат равномерным по всей Земле - от тропиков до Шпицбергена? В современных условиях накопление торфяников происходит главным образом в области средних и северных широт; может быть, в таких же климатических зонах шло угленакопление и в прошлом.
Большую геологическую работу, кроме микроорганизмов и растений, ведут животные организмы. Следы этой деятельности также отражены в многочисленных каменных документах. Многие из морских животных могут просверливать крепчайшие горные породы. Мировую известность получили колонны храма Сераписа, построенного в IV веке нашей эры в Поццуоли, близ Неаполя. В результате вековых колебательных движений колоннада храма погрузилась в море, и там колонны подверглись нападению моллюсков-камнеточцев, просверливших в них многочисленные отверстия. В XVI столетии в результате тех же вековых колебательных движений колоннада вновь оказалась на суше. И в некоторых отверстиях можно видеть отмершие раковины камнеточцев.