Во всех укрепленных районах были построены долговременные огневые сооружения с артиллерийскими и пулеметными огневыми точками, бронеколпаками, противотанковыми рвами, окопами и проволочными заграждениями. Помещения для личного состава, хранения боеприпасов и продовольствия, электростанции и линии электропередачи, системы водоснабжения и вентиляции находились глубоко под землей. Развитая сеть подземных ходов соединяла все оборонительные сооружения в единый комплекс.
Линия пограничных укреплений (первый оборонительный рубеж) выполняла функции полосы прикрытия, которая состояла из трех позиций: первая, глубиной 3–10 км, включала передовые узлы сопротивления и опорные пункты, вторая (3–5 км) — основные узлы сопротивления, и третья (2–4 км) находилась в 10–20 км от второй позиции.
После линии пограничных укреплений следовали второй и третий оборонительные рубежи, состоявшие преимущественно из сооружений полевого типа. На втором рубеже находились основные силы фронта, а на третьем — фронтовые резервы.
Полоса прикрытия, на которой размещалась примерно треть войск, должна была обеспечить ведение сдерживающих боев и срыв наступления советских войск. Находившиеся в глубине основные силы Квантунской группировки предназначались для контрнаступления.
Руководство Японии полагало, что «против превосходящих по силе и подготовке советских войск» японская армия «продержится в течение года».
Первый этап должен был продлиться около трех месяцев. Считалось, что только прорыв приграничной полосы долговременных укреплений займет у советских войск не меньше месяца. К концу первого этапа, по мысли японского командования, они смогут продвинуться до рубежа Байчэн, Цицикар, Бэйань, Цзямусы, Муданьцзян. Затем советским войскам потребуется ещё три месяца, чтобы подтянуть силы и подготовиться к операциям второго этапа по захвату остальной части Маньчжурии и Внутренней Монголии, на что должно было уйти примерно шесть месяцев. В течение этого времени японское командование рассчитывало перегруппировать силы, организовать контрнаступление и, восстановив положение, добиться почетных условий мира.
Большие надежды возлагались на организацию диверсионных («партизанских») отрядов, в состав которых входили и белоэмигранты, и на отряды уже упоминавшихся смертников. Сущность действий этих отрядов состояла в проведении систематических, небольших по масштабам, но значительных по результатам «специальных операций» на территории, которую удалось бы занять противнику.
Район полевых фортификационных сооружений (редут) — основное месторасположение войск — находился по обе стороны границы Южной Маньчжурии и Северной Кореи между Аньту, Тунхуа и Ляояном. Выводя войска из районов западнее, севернее и восточнее треугольника, образованного железнодорожными путями и соединявшего Чанчунь и Дайрен, а также Чанчунь и Тумынь, Квантунская армия, в сущности, по плану уступала противнику 75 % территории Маньчжурии. Необходимо было серьезно подумать об эвакуации из Чанчуня (населенный пункт под Мукденом. — Примеч. авт.) штаба Квантунской армии, однако впоследствии даже после начала боевых действий в целях безопасности и по политическим и психологическим причинам никаких мероприятий так и не было проведено.
Получив разрешение императора на проведение переброски войск в соответствии с последним планом «на случай непредвиденных дополнительных обстоятельств», японский Генштаб издал приказ о приведении Квантунской армии в состояние боевой готовности. 1 июня 1945 года начальник Генерального штаба армии генерал Уметзу (Umezu) отправился в Сеул, а на следующий день — в Дайрен для подтверждения нового плана и издания приказа на ведение боевых действий. Командующим 17-й армии генерал-лейтенанту Ёшио Козуки (Kozuki), Квантунской армии полному генералу Отодзо Ямада (Yamada) и командиру Экспедиционной армии в Китае генералу Ясуджи Окамура (Okamura) Уметзу объяснил необходимость координации сил в Маньчжурии, Корее и Китае борьбой с вторжением советских войск, которые будут наносить удары с севера, и американским десантом, высадившимся на территории Северной Кореи, Тайваня и береговой части Китая. Для оказания поддержки в ведении обороны Окамура получил приказ о перемещении из Китая 4 дивизий, штаба армии и большого количества подразделений поддержки в состав Квантунской армии.
Изменение задач и включение в состав большого числа новых соединений вынудило Квантунскую армию внести изменения в порядок подчиненности между командирами, привести в порядок пограничные районы и по-новому развернуть войска. Цель проводимых мероприятий заключалась в изменении численности войск в южном направлении на всех участках, в центре Маньчжурии и, собственно, за районом полевых сооружений. Хотя штаб войск 1-го формируемого фронта был оставлен в Муданьцзяне на восточном участке, в начале войны были разработаны секретные планы по перемещению его в Тунхуа. Штаб 3-й армии был перемещен в южном направлении из Еххо в Енчи, штаб 1-й армии — из Дунаня в Еххо. Эти перемещения начались в конце апреля 1945 года.