Буллы Алексея I, Иоанна и Мануила Комнина, гарантировавшие торговые привилегии на всей территории империи и освобождение от большинства торговых налогов, были заново выпущены Исааком по просьбе венецианцев, наряду с буллой Мануила, определявшей границы их квартала в Константинополе. Им также были обещаны пристань и район в любом городе, захваченном с их помощью. Дож обязался заставить венецианцев-должников заплатить византийским кредиторам, будь они частными лицами или государственной казной, и император пообещал поступить точно так же с любым своим подданным, имеющим долги перед венецианцами. Восточная Римская империя сохранила право использовать Венецию как свой главный порт въезда в Европу. Имперские чиновники, едущие набирать войско в Ломбардии или по какому-либо иному делу, не наносящему прямой ущерб интересам Венеции, должны были иметь свободный проезд через город. Наемники на службе Византии имели такое же право, если они не приехали из мест, фактически воюющих с Венецией.
Эти вопросы, представлявшие взаимный интерес, были улажены таким образом, чтобы быть приемлемыми для обеих сторон, и удовлетворительно решались на практике. Но урегулирование вопроса о конфискованных венецианских товарах в 1171 г. было более сложным. Отложив на время меры, принятые ненавистным ему предшественником Андроником, Исаак попытался решить вопрос по-новому: путем возврата реального имущества, захваченного Мануилом. Такая вещь, найденная во дворце или монастыре, имперской сокровищнице или каком-либо ином месте, должна была быть изъята имперской комиссией, созданной для этой цели, «точно так же, как будто она была украдена из Нашей сокровищницы». Собственность, которая была куплена добросовестным образом, должна быть выкуплена; даже родственники императора не были освобождены от дознания.
Шестнадцать лет прошли со времени насилия, совершенного с разрешения Мануила: то, что не было потрачено или не износилось, можно было легко спрятать от комиссии. Таким образом, по утверждению венецианского источника, эти поиски Исаак просто оттягивал; но нет никаких свидетельств, что он был неискренен. Чтобы исправить эту неуспешную ситуацию, двое венецианских посланников – Пьетро Корнарио и Доменико Меммо – уговорили Исаака вернуться к плану Андроника и выплатить компенсацию из государственной казны. Под угрозой крестового похода Фридриха Барбароссы Исаак был вынужден принять это предложение, чтобы привязать к себе венецианцев.
В вышедшем в июне 1189 г. хрисовуле признавалось, что по предыдущему соглашению 1400 фунтов золота по-прежнему должны быть выплачены венецианцам; однако Исаак заявил, что он не станет придавать значения сотне фунтов золота, выплаченных Андроником, и будет считать себя обязанным выплатить все 1500 фунтов, из которых он немедленно заплатил 250 фунтов. Оставшееся, по его словам, будет доставлено равными взносами в течение шести последующих лет в размере 208 и одна треть фунта в год, так что к концу 1195 г. вся сумма будет выплачена полностью. Так как венецианцы также потребовали увеличения их квартала в Константинополе стоимостью 50 фунтов золота в год, Исаак передал им бывшие французский и германский районы. Эти два квартала, расположение и история которых мало известны, были учреждены императорскими хрисовулами, но Исаак заявил, что их нынешние хозяева не платили налогов, присылали всего несколько мелких купцов и не были настолько лояльны к Византии, как венецианцы. На Исаака оказало влияние враждебное отношение к приближавшимся германцам, и, вероятно, он также боялся возможного крестового похода французов. Ни то ни другое государство, по-видимому, не было оскорблено его действиями. Венецианцам было разрешено пользоваться выручкой с этих районов, доход с которых должен был стать компенсацией, если император не выполнит своих обязательств по своим ежегодным выплатам.
Исаак сделал все возможное, чтобы выполнить свои обязательства. В венецианских документах упоминается получение первых 250 фунтов иперперов, которые были переданы пострадавшим купцам по курсу один и одна десятая карата за один иперпер, утраченный в 1171 г. Больше золота прибыло к декабрю 1191 г.; оно было распределено по курсу 0,97 карата за иперпер. Дальнейший платеж был разделен в июле 1193 г. по курсу 1,06 карата за иперпер. И хотя, очевидно, были сделаны и другие платежи, не упомянутые в сохранившихся документах, Исаак счел это бремя слишком большим, и в апреле 1195 г. во время своего свержения он еще имел задолженность. Его преемник Алексей III сначала отказался платить. Дож Дандоло в 1197 г. велел своим посланникам потребовать 400 фунтов золота, которые должны были быть выплачены за два года; если невозможно получить так много, они должны были добиться по крайней мере 200 фунтов. Возможно, Алексей заплатил часть этого оставшегося долга или согласился заплатить уменьшенную сумму, так как Никита Хониат пишет, что в 1203 г. 200 фунтов золота из обещанной суммы все еще подлежали выплате.