Затем император послал одного из своих фаворитов Константина Месопотамского в Геную, где было заключено соглашение с ее общиной. После возвращения Месопотамского в Византию с Симоном Буфферио для подтверждения соглашения Исаак заявил, что Константин превысил свои полномочия; переговоры снова провалились. Генуэзский подеста Манегольдо дель Теттуччо из Брешии теперь проявил инициативу и отправил к императору некоего Танто. Исаак ответил в октябре 1191 г., что он приветствует этот шаг, но у Танто не было полномочий вести с ним переговоры. В конце концов подеста отправил посланников с достаточными полномочиями – Гульельмо Торнелло и Гвидо Спинулу, с которыми в апреле 1192 г. Исаак достиг договоренности.
Требования генуэзцев были чрезвычайно высокими. Послы пожелали, чтобы было выполнено соглашение, ранее заключенное Константином Месопотамским, включая: компенсацию ущерба, понесенного при Андронике, в размере 228 тысяч иперперов; немедленную единовременную выплату ежегодных подарков, узаконенных Мануилом Комнином, за три прошедших года и десять будущих лет по годовой ставке 500 иперперов и два отреза шелка общине и 60 иперперов и один отрез шелка архиепископу; возмещение пошлин, взысканных с генуэзских кораблей с 1185 г.; возврат всех кораблей, захваченных с 1182 г., и сокращение пошлин до 2 процентов; существенное расширение генуэзского квартала в Константинополе; увеличение ежегодных даров.
Против самого важного требования – требования возмещения потерь во время геноцида латинян – переговорщик со стороны Византии логофет дрома Димитрий Торник выдвинул угрозу выставить ответные требования за ущерб, причиненный генуэзцами византийской собственности. Обе стороны согласились не затрагивать эти вопросы. В других пунктах Исаак уступил меньше, чем можно было ожидать: он согласился немедленно выплатить подарки за три года по старой ставке и продолжать выплаты в течение следующих полутора лет по 600 иперперов в год общине и сотне – архиепископу; генуэзский квартал был расширен, особенно за счет новой пристани и подаренного дворца Каламанос (его также называли дворцом Ботаниатов) с прилегающими к нему домами в районе Калибия, находящемся к юго-западу от генуэзской колонии на берегу Золотого Рога; пошлина была установлена в своем прежнем размере 4 процента; генуэзцы должны были пользоваться всеми правами, дарованными им Мануилом в 1170 г., но ежегодно обязаны были заново присягать на верность империи и платить все налоги на торговые сделки, заключенные в их квартале. Исаак повторил центральную часть буллы Мануила вместе с клятвой генуэзского посланника Мануилу, добавив к ней клятвы Торнелло и Спинулы в том, что община будет соблюдать их договор. Этот документ был отвезен в Геную императорским секретарем Никифором Пепагоменом и переводчиком Герардом Аламанопулосом, и 2 августа 1192 г. генуэзские консулы и народ согласились на его условия. На тот момент дружеские отношения были восстановлены; несмотря на поступки Андроника, мир был достигнут для империи за удивительно маленькую цену.
В начале правления Исаака Пиза предпочитала союз с Фридрихом Барбароссой соперничеству с Венецией и Генуей за торговлю в Константинополе. Во время Третьего крестового похода этот город был, по-видимому, рьяным сторонником плана завоевания византийской столицы Фридрихом. Только после смерти Фридриха и провала первой попытки Генриха VI захватить норманнское королевство пизанский подеста Теттуччо отправил своих послов Райнерио Гаэтани и Сигерио вести переговоры с Исааком и его логофетом Димитрием Торником. Сначала пизанцы потребовали: уплаты займов, выданных пизанскими гражданами в Святой земле Андронику Комнину, когда тот был еще простым гражданином, и брату императора – будущему Алексею III Ангелу, когда тот был пленником графа Триполи; компенсации за ущерб, причиненный Андроником, и последующую утрату дохода с квартала; выплаты ежегодных даров, полагающихся за последние восемь лет собору и епископу Пизанскому, которые были установлены в том же размере, что и задолженность общине и архиепископу Генуэзскому соответственно; восстановления всех былых привилегий пизанцев. Исаак или его логофет возразили, что пизанские пираты украли столько же византийских богатств, сколько Андроник отнял у пизанцев. Тогда пизанцы переиначили свои требования: все права и имущество пизанцев в Константинополе должны быть возвращены им; ежегодные дары должны быть увеличены до 600 иперперов и двух отрезов шелка собору и сотни иперперов и одного отреза шелка епископу; четырехпроцентная пошлина должна быть установлена на все экспортируемые и импортируемые товары; пизанцы должны получить разрешение подавать в суд иски на причинение ущерба любыми существующими или бывшими чиновниками, виновными в притеснениях пизанцев в годы правления Андроника, а казна должна ответить за действия тех чиновников, которые уже умерли.