В том же месяце Исаак отправил письмо в Геную, которое отвезли Питер-англичанин и генуэзец Пьетро Пандоло; в нем было изложено все, что случилось, и содержалось предупреждение о том, что, если город не возместит ущерб, причиненный его подданными, имущество генуэзского квартала будет конфисковано. Община города отправила Бальдовино Гверчио и Гвидо Спинулу вести переговоры с Исааком, и в октябре 1193 г. император издал новый хрисовул, в котором было объявлено, что дело улажено и генуэзцы вернули себе его благосклонность. Посланцы заявили, что пираты были изгнаны из Генуэзской республики и будут переданы византийцам, если их поймают, а также подчеркнули, что несправедливо наказывать целый город за дурные поступки нескольких его граждан. Были приняты меры к тому, чтобы Генуя удовлетворила претензии империи, а император возвратил наличность, взятую в залог. Более того, император пообещал, как того требовали генуэзцы, что он больше никогда не будет забирать их собственность в Константинополе без предварительного обращения к коммуне за правосудием. Было объявлено, что все прошлые соглашения и привилегии генуэзцев снова в силе. В оставшиеся годы правления Исаака отношения между ним и Генуей были мирными.
Ситуация с Пизой оказалась сложнее. После резни латинян корабли из этого города возглавили пиратские набеги в византийских водах. Устье реки Финеки в Ликии стало известно как «Пизанский порт» из-за пользовавшихся им пизанских корсаров. В 1191 г., возвращаясь из Третьего крестового похода, Филипп Август захватил там и уничтожил четыре пиратских корабля, хотя их команды сбежали на берег и спаслись. На следующий год, в то же самое время, когда Исаак отправил жалобу в Геную, он написал и в Пизу, очевидно, в схожих выражениях, и в 1193 г. пизанцы подготовили посольство для отправки к нему в Византию. Но еще до того, как прибыли Альбито Альбитоне и Энрико де Перласцио, в Абидосе появилась флотилия из пяти пизанских кораблей, где пизанцы под видом враждебных действий против Венеции нанесли большой ущерб византийцам. Исаак сначала прислал захватчикам приказ убираться, затем заставил представителей пизанской колонии посетить их и уговорить послушаться приказа. В конечном счете он был вынужден изгнать их с помощью византийских кораблей.
Исаак приветствовал пизанских посланников в Константинополе, и переговоры пошли гладко. Имущество, захваченное в 1192 г., было возвращено, предыдущие хрисовулы были обновлены, торговля возобновилась. Когда все дискуссии уже почти завершились, в Мраморном море появились два других пизанских корабля и начали уничтожать суда в окрестностях столицы. Когда византийские купцы снова начали возмущаться, Исаак настоял на компенсации из Пизы. Договоренность была достигнута с посланниками, которые поклялись, что коммуна согласится на это, – то есть сами они не превышали свои полномочия или каким-либо иным образом не нарушали полученные инструкции. Однако когда они вернулись в Пизу с императорской буллой, народ отказался поддержать клятву, данную этими представителями, и утвердить договор.
Исаак, преследуемый корсарами, настойчиво продолжал добиваться поддержки Пизы. В сентябре 1194 г. он отправил латинского переводчика Якоба-пизанца с письмом, в котором просил, чтобы пизанцы прислали денег в качестве компенсации за преступления, совершенные их соотечественниками. Ущерб Византии был такой огромный, писал он, что его невозможно восполнить экспроприацией собственности отдельных преступников; невозможно также предъявлять претензии к коммуне за каждый инцидент. В Пизе консулы договорились, что город предпримет решительные меры к тому, чтобы изгнать пиратов из византийских вод, а официальные лица их колонии в Константинополе будут сотрудничать в этом деле, но снова народное собрание отказалось одобрить действия консулов. Таково было положение дел на момент свержения Исаака. Из-за нежелания населения Пизы взять на себя ответственность за действия отдельных людей, серия изнуряющих переговоров ни к чему не привела.
Переворот 1195 г. в Константинополе не решил проблему пиратства. Новый правитель Алексей III, сначала недружелюбно настроенный по отношению к генуэзцам, позволил великому дуке Михаилу Стрифну произвольно наложить штраф на некоего Гаффорио (или Каффаро) – купца в Константинополе. Этот человек, достаточно высокопоставленный, чтобы командовать генуэзским флотом в сирийских водах несколькими годами ранее, собрал немало кораблей для того, чтобы обрушить свою месть на острова и побережье Эгейского моря. Самым большим его успехом было, по-видимому, разграбление Атрамиттия, расположенного на побережье Малой Азии. Когда имперские чиновники осознали эту опасность, они послали на борьбу с ним Иоанна (Джованни) Стириона – калабрийского пирата, поступившего на службу к Исааку II. Флот Стириона был застигнут врасплох флотом Гаффорио у Сестоса, и сам он был захвачен в плен. Теперь Алексей сделал вид, что хочет заключить мир, подкупив Гаффорио. При посредничестве некоего генуэзца из Константинополя он, очевидно, выкупил Стириона, послал Гаффорио 600 фунтов золота и предложил ему одну из византийских провинций. Тем временем в Золотом Роге был готов новый флот и снова под командованием Стириона. Так как Пиза была тогда в состоянии войны с Генуей за контроль над Корсикой, Алексею без труда удалось нанять пизанских корсаров в свой флот. Пока Гаффорио вел переговоры, византийцы напали на него и убили, дав возможность только четырем его кораблям уйти в Италию.