Следуя примеру своего брата, Алексей возложил на генуэзцев в Константинополе ответственность за преступления Гаффорио и многих из них заключил в тюрьму, а также приостановил действие их торговых привилегий. У Бальдовино Гверчио были конфискованы его владения, как и дворец Каламанос, который Алексей передал своей германской гвардии. В 1198 г. Генуя отправила врача Николо Барбаро в Константинополь, чтобы отречься от действий пиратов и попросить освобождения генуэзских пленников и восстановления торговли. В марте 1199 г. Алексей через Николо дал свой ответ, заявив, что все прощено, и попросил прислать официальное посольство для заключения договора. Однако он добавил, что генуэзские корсары, которые по-прежнему часто наведывались к его берегам под предлогом войны с Пизой, не избегнут наказания. (Но такие пиратские налеты совершали не только итальянцы: византийцы, особенно критяне, тоже грабили генуэзские торговые корабли.) Тем временем генуэзцы все тянули с отправкой посольства, которое ждал император, и в течение какого-то времени все так и оставалось.
Взойдя на трон как ярый враг венецианцев, Алексей III намеревался использовать пизанцев как противовес главенству островного города в византийской торговле. Так как Венеция и Пиза уже находились в состоянии войны, он подстрекал пизанскую колонию в Константинополе напасть на венецианскую. И хотя в 1196 г. между ними в Италии был заключен мир, между этими двумя кварталами продолжались столкновения. Пизанские корабли, главным образом пиратские, служили основой имперского флота. Вскоре после вступления на престол Алексей отправил посланников в Пизу с предложением заключить еще один договор в отношении прошлой деятельности пиратов, которое, по-видимому заинтересовало пизанцев, хотя они и не спешили претворять его в жизнь. 22 июля 1197 г. подеста занял двести пизанских фунтов для финансирования посольства. 6 сентября для посланников – Угуччионе ди Ламберто Боно и Пьетро Модано – были готовы инструкции, но 18 июля 1198 г. к ним был добавлен еще один параграф. Вероятно, они отправились в путь позднее в том же году, но нет никаких доказательств их присутствия в Константинополе раньше июня 1199 г. Возможно, эту задержку отчасти объясняет опасность встречи с пиратами.
Посланники получили указания: 1) добиться по возможности сокращения существующей четырехпроцентной пошлины; 2) получить подтверждение пизанских владений и прав, особенно в Константинополе, Альмиросе и Фессалониках, а также разрешение расширить их квартал в столице и право иметь наместника в Фессалониках; 3) извиниться перед императором за то, что Пиза не сумела изгнать пиратов из византийских вод; 4) помириться с венецианской колонией и решить различные другие вопросы, связанные с внутренними вопросами пизанской концессии. Соглашение было достигнуто, и Алексей III издал хрисовул, который с той поры был утрачен. Его части можно восстановить по другим свидетельствам, главным из которых является запись денежных поступлений и расходов Пизанского квартала, датируемая 30 июня 1199 г., в которой уточняется вознаграждение за составление и опечатывание буллы. В пизанскую колонию в Фессалониках был послан наместник, а в Константинополе к пизанскому кварталу прибавили новую пристань и, возможно, какую-то еще собственность. Ежегодные дары, преподносимые собору и епископу Пизанскому, были возобновлены. И хотя пошлина, очевидно, осталась без изменений, окончательный договор был благоприятным для Пизы. Город теперь обладал неофициальным превосходством на византийском рынке и достиг пика своего коммерческого процветания. Однако это господство было недолговечным, так как успех Венеции в Четвертом крестовом походе и разрастание торговой империи Генуи оставили тосканский порт позади.