Ничего не известно о церковной организации генуэзского квартала, но в пизанском церковь играла важную роль. В 1161 г. пизанцы предприняли тщетную попытку помешать Мануилу Комнину захватить их квартал путем перевода всех своих доходов правлению Пизанского собора. Приор пизанских церквей Святого Николая и Святого Петра хоть и был всего лишь представителем этой коллегии, являлся важной фигурой в своей общине. Он не только управлял большими доходами собора, получаемыми от аренды и в виде ежегодных даров императора, но и обладал полномочиями епископа. Эти последние права были оспорены в 1199 г. дьяконом Львом – легатом папы римского Иннокентия III, который действовал согласно его политике сокращения особых привилегий латинских церквей в Леванте. Приор Бененато провел дознание 11 февраля 1199 г. в присутствии Льва, папских посланников Альберта и Альбертина и других священнослужителей. Трое священников дали показания, что папа римский Александр III (1159–1181) даровал пизанскому приору епископальные полномочия, которые потеряли силу при Андронике. Бененато, очевидно, ездил в Рим в период между июнем 1199 и июлем 1200 г., чтобы просить о признании своих прав. Курия, по-видимому, ему отказала, возможно, потому, что его свидетелями были исключительно священнослужители.
9 июля 1200 г. приор возвратился в Константинополь, где в присутствии папских посланников, авторитетных членов пизанской колонии получил свидетельства многих мирян о том, что его предшественники (до геноцида латинян) имели полномочия проводить обряд конфирмации детей, рукополагать кандидатов на незначительные духовные должности, освящать новую алтарную мебель и носить епископальное одеяние. Свидетели подтвердили, что помнят, как они слушали, как всей пизанской колонии в церкви зачитывали привилегии, дарованные папой римским Александром. С этими дополнительными доказательствами Бененато снова отправился в Рим, где приблизительно в 1201 г. добился положительного решения по своему ходатайству. В перечнях папских документов упоминаются два утраченных ныне письма, в которых Иннокентий III даровал пизанскому приору все права его предшественника и приказал папскому наместнику в Константинополе не вмешиваться. Независимость церкви в Пизанском квартале была установлена.
Судьбы генуэзской и пизанской колоний в XII в. были продиктованы политикой Византии уравновешивания их против торговой мощи Венеции. В конце правления Мануила Комнина изгнание венецианцев из империи оставило двух их соперников на пике процветания, которое рухнуло в трагедии геноцида латинян. Лишь постепенно после падения Андроника Пиза и Генуя сумели вновь обрести свое положение в Константинополе. Им так и не удалось добиться того, чтобы пошлины на экспорт и импорт стали ниже четырех процентов, в то время как венецианцы были освобождены от выплаты всех пошлин. После вступления на престол Алексея III – врага Венеции сначала Пиза, а затем и Генуя обрели покровительство императора. Последнее десятилетие этого века было зенитом торгового процветания Пизы, но во времена Латинской империи звезда торговли и Пизы, и Генуи закатилась.
В то время как два западноевропейских итальянских города стремились расширить свои торговые привилегии в Византии и снискать расположение императора, им постоянно мешали беззаконные действия своих собственных граждан. Всегда живо было искушение прибегнуть к пиратству для удовлетворения личных обид или ради более быстрого получения доходов. Такие действия казались оправданными геноцидом латинян, после которого у тысяч людей вместе с их родственниками появилось желание отомстить и возместить свои финансовые потери: опустошение берегов и островов латинянами, спасавшимися бегством в 1182 г., подало пример на следующие десятилетия. К 1191 г. большинство Эгейских островов были необитаемы из-за пиратских грабежей, а другие стали пристанищами для самих пиратов. И хотя Пиза и Генуя отреклись от печально известных Грассо и Гаффорио, ситуация настолько ухудшилась, что ослабленная империя была вынуждена нанимать пиратов, чтобы бороться с пиратами. Против периодически повторяющихся крупных актов насилия у императора не было никаких средств, кроме временного прекращения действия привилегий общины и конфискации части ее богатств. Отношения Пизы и Генуи с Византией по этой причине несколько раз откатывались назад. Заносчивость и жадность отдельных людей достигли своего пика, когда двое видных пизанских граждан разрушили все хорошие перспективы для своего города тем, что способствовали бегству принца Алексея. Такие неоднократно повторявшиеся преступления против империи, единственно возможная реакция на которые со стороны Византии была такой же исключительно жесткой, обостряли торговые отношения Пизы и Генуи с Византией.