Встревоженный планом папы немедленно созвать церковный собор, Алексей написал Иннокентию в начале 1200 г., заявив, что он должен проходить в Восточной империи, где в древности уже проходили четыре подобных собора. Затем, чтобы поднять другой вопрос и не дать вопросу о воссоединении дойти до критической точки, император вспомнил слова апостола Петра о повиновении светским властям, которые, по его предположению, означали, что светская власть стоит над духовной. Несмотря на то что Иннокентий III рассматривал этот вопрос как отвлекающий маневр, он снизошел до того, чтобы изложить императору подробное опровержение такого толкования. И хотя духовная и светская власти были независимы друг от друга каждая в своей сфере, по его утверждению, духовная власть стоит выше по достоинству, как душа занимает более высокое положение в теле. Таким образом, папа римский как глава духовной власти несет обязанность и ответственность за то, чтобы поправлять королей и императоров; а светский правитель, обладатель меча, может осуществлять свою власть только над теми, кто носит мечи, но не над духовенством. Письмо Иннокентия, по-видимому, не сохранилось полностью, потому что в нем недостает обсуждения места проведения предложенного церковного собора и связанных с этим проблем.
Политический союз между Ватиканом и Восточной империей достиг равновесия, которое могло нарушить лишь появление новых факторов. Папа помешал императору присоединиться к своим противникам в Западной Европе, в то время как Алексей помог сорвать объединение Германии и Италии, столь опасное для Византии, и предотвратил возможную поддержку папой Ирины Ангелины и Филиппа Швабского на Востоке. Действительно, Иннокентий III не сумел уговорить византийцев принять активное участие в возвращении Святой земли, но мог польстить себе в том, что уберег Кипр от нападения их флота. Ситуация по вопросу воссоединения удовлетворила византийцев, которые ответили на предложения и требования папы обещаниями относительно будущего и подняли вопросы вероучения, чтобы отсрочить реальные действия. Иннокентий все больше гневался на эти прозрачные уловки и спросил у императора, почему тот не может подражать своему предшественнику Мануилу в преданности Святому престолу на словах и в делах.
Новый фактор, которому было суждено нарушить равновесие, достигнутое с таким трудом, не заставил себя долго ждать. В 1201 г. бегство из Константинополя старшего сына Исаака II подействовало как брошенный на склон горы камешек, повлекший за собой лавину.
На Западе принца Алексея ожидала ситуация, которая уже была готова для достижения его целей. Он нашел поддержку у своего зятя Филиппа Швабского, движимого не только своими личными отношениями, но и желанием нанести удар по Ватикану руками своего союзника Алексея III. (Из своего заточения свергнутый Исаак общался с Филиппом.) Филипп, по непроверенным данным, оказал помощь одному изгнанному византийскому аристократу, который возвратился в Восточную империю, чтобы раздувать революцию, но, в конце концов, был схвачен и задушен. Теперь Филипп был слишком занят в Германии, чтобы принимать участие в свержении Алексея III, но среди его друзей был Бонифаций Монферратский, имевший крепкие семейные связи и с Гогенштауфенами, и с Византией и уже избранный командующим нового крестового похода, собиравшегося как раз в то время, когда прибыл принц Алексей.