Когда в 1201 г. пизанский корабль привез принца Алексея в Италию, тот сначала нанес визит Филиппу Швабскому, а затем поехал в Рим, где попытался заручиться помощью Иннокентия III, подробно описав ему все несчастья, которые ему пришлось перенести. Он попросил, чтобы папа осудил того, кто держал его в неволе, но Иннокентий отослал молодого человека с неблагоприятным для него ответом, и Алексей возвратился ко двору Филиппа. После взятия Зары в 1202 г. предложение принца Алексея направить экспедицию на Константинополь было вынесено на суд рыцарей, которые отправили к Иннокентию III депутацию с целью получить одобрение этого плана.
В Риме это посольство столкнулось с другим посольством – от Алексея III. Теперь подверглась испытанию крепость союза между папой и императором Восточной империи, так как в Заре посланники принца сказали крестоносцам, что он исполнит две давние цели папы римского: византийцы, как он пообещал, примут активное участие в отвоевании Святой земли; как правитель империи, он осуществит объединение двух церквей. Разве мог папа отказаться от таких привлекательных предложений?
В поддержку своего дела посланники императора воззвали к идеализму и политическому здравому смыслу папы римского. Они попросили Иннокентия предотвратить нападение на христианское государство армии, собранной для крестового похода против неверных. Как заявил император, принц Алексей ни в коем случае не был законным наследником: единственными вескими основаниями для права наследования в Византии были избрание представителями аристократии или рождение в императорской семье во время правления отца; а принц Алексей не был «порфирородным». В завершение Алексей III попросил папу не поддерживать Филиппа Швабского, чьи тесные отношения с принцем Алексеем и связь с крестовым походом были очевидны всем. Император указал на традиционное противостояние Гогенштауфенов и Ватикана и заметил, что Филипп был отлучен от церкви как духовное лицо, так как променял свои одежды священника на меч. В аргументах Алексея III отсутствовали всякие предложения воссоединения или помощи Палестине.
Ответ Иннокентия III византийскому императору 16 ноября 1202 г. подвел итог аргументам обеих сторон. Папа сообщил, что многие советники убеждали его одобрить просьбу крестоносцев ради воссоединения церквей, и напомнил Алексею, что лишь неустанные усилия папы помешали Филиппу Швабскому заполучить Сицилию и напасть на Восточную империю. Далее папа заявил, что Константинополь не заслуживает того, чтобы его спасать: после смерти Мануила в отношении раскола были сказаны лишь слова, и не было никаких дел. В заключение Иннокентий косвенно дал понять Алексею, что он оказал помощь византийским послам и выступил против плана крестоносцев, но пожелал знать немедленно, какие конкретно меры принимает император для продвижения идеи объединения церквей. Папа римский решил придерживаться существующего политического союза, несмотря на соблазнительные предложения от принца Алексея. Благодаря тому что Византийская империя все еще выглядела внешне крепкой, он не хотел ставить на успех крестового похода; он также боялся расширения власти Гогенштауфенов.
Союз Византии и Ватикана, старательно возведенный на фундаменте своекорыстия и затянувшегося обмана, выдержал самую строгую проверку; но стены Константинополя оказались менее прочными. У Алексея III не было времени отвечать на требования Иннокентия действовать, так как в июне 1203 г. в Босфоре появился флот крестоносцев. Быстрое крушение оборонительных сооружений привело принца Алексея на трон Византии в качестве Алексея IV в роли соимператора ослепленного Исаака II, единственной опорой которых было войско крестоносцев. В качестве жеста примирения с латинянами новый правитель написал 25 августа 1203 г. Иннокентию III письмо с выражением подчинения римскому престолу и обещанием в максимально короткие сроки осуществить воссоединение двух церквей. В сопроводительном письме крестоносцы заявляли, что он обязался пожизненно содержать пятьсот рыцарей в Святой земле. Таким непредвиденным образом путем свержения союзника Иннокентия III в Византии поступили предложения о помощи крестовому походу и воссоединении церквей, которого он так давно желал. Но неудачливому Алексею IV не хватило власти, чтобы исполнить свои обещания; его смерть в 1204 г. и последующий захват Константинополя латинянами открыли новую главу в отношениях между Ватиканом и Византией.
Между 1180 и 1203 гг. диалог между Восточной империей и Римом характеризовался напряжением между религиозным идеализмом и практическими политическими интересами. Правление Генриха VI показало Византии и папе римскому опасность, которую представлял собой союз Германии и Сицилии и для Востока, и для папских территорий и духовной независимости. Ведя переговоры с папой о союзе, Византийская империя хотела помешать такому воссоединению. С другой стороны, у пап римских имелись дополнительные цели в отношении Византии. Чтобы сшить разорванное одеяние Христа и распространить шире свою власть, они стремились вернуть раскольническую Православную церковь в единое лоно. Император и его патриарх разделяли нелюбовь своих подданных к латинской церкви и главенству папы, но под сильным нажимом они были готовы продолжить дискуссии с Римом, чтобы добиться политических преимуществ. Папская власть также стремилась поддержать латинские государства в Сирии и возвратить Иерусалим. Тот факт, что Византийская империя могла оказать помощь крестовым походам и действительно была жизненно необходима для их успеха, являлся аксиомой папской политики; но в реальности императоры Восточной империи не имели ни сил, ни заинтересованности в оказании помощи государствам крестоносцев. До самого бегства принца Алексея все преимущества такого союза были на стороне Византии, а после отклонения от своего курса Четвертого крестового похода события стали развиваться слишком быстро, чтобы папа мог извлечь выгоду из сложившейся ситуации.