Мало известно о внутреннем администрировании при Исааке и его сыне, кроме финансовых поборов. За пределами столицы их власть была ограничена. Известно только об одном деле, представленном на суд императора: монастырь Святого Павла на горе Латрос снова подал апелляцию против наследников Иоанна Карантена – местного землевладельца, который узурпировал часть монастырской собственности. Несмотря на предыдущие приказы императора, наследники не вернули поместье, о котором шла речь; Исаак Ангел еще раз приказал восстановить монахов в их правах.
Что касается церкви, то существовавший на тот момент патриарх сохранил за собой свое место. Алексей обещал привести Византию к повиновению папе римскому, поэтому он и патриарх выразили свое подчинение Иннокентию III, хотя ничто не говорит о том, что они пытались перетянуть на свою сторону иерархию или население: при столь шатком режиме, каким он был тогда, такие действия были бы авантюрой. Поверив, что главенство папской власти принято византийцами, крестоносцы обрадовались этой религиозной победе как компенсации за свой грех – нападение на христианский город. Папа римский в своем ответе Алексею IV отпустил ему все его прошлые грехи, порадовался тому, что тот принял власть Ватикана, и стал увещевать его выполнить свое обещание преобразовать церковь. В письме светским и церковным лидерам крестового похода папа побуждал их добиваться подлинного воссоединения церквей, требовать от патриарха публично признать свою общность с Римом и настаивать на том, чтобы тот поехал в Рим за паллием (паллий – белая наплечная накидка – часть облачения папы римского и архиепископов. – Пер.). Иннокентий, имевший больше опыта общения с византийцами, чем крестоносцы, был настроен менее оптимистично, чем они, в отношении успеха объединения.
Как уже говорилось, Алексей IV недолго оставался в городе. Чтобы защититься от враждебных фракций в столице и распространить свою власть за ее стенами, Алексей упросил крестоносцев остаться еще на год, и после долгих споров они согласились, что уже слишком поздно в этом году идти в Святую землю. Алексей утверждал, что большая часть империи не подчиняется ему и необходимо отправить экспедицию в соседние регионы, чтобы изгнать его дядю – бывшего императора и собрать доходы, чтобы оплатить его долги крестоносцам. На самом деле Алексей III уже покинул свое убежище в Девелтосе, поспешил в Адрианополь и провозгласил себя императором; такие действия не могли быть оставлены без внимания. Алексею IV были нужны латинские войска, но, чтобы получить их, нужно было предложить дополнительную плату: один только Бонифаций со своими приверженцами требовал 1600 фунтов золота. Генрих Фландрский и Хью Сент-Поль тоже сопровождали экспедицию, которая выступила в поход приблизительно в середине августа. Алексей III бежал от нее, и значимые люди и представители городов стали признавать Алексея IV своим правителем. Робер де Клари заявляет, что им сдались двадцать городов и сорок крепостей, а Виллардуэн пишет, что люди по обеим сторонам пролива заявили о своем повиновении. С финансовой точки зрения результаты были менее впечатляющими: Никита Хониат сообщает, что во фракийских городах было взято все, что у них было, а Генрих Фландрский остался настолько недоволен платой, что в Адрианополе вместе со своим отрядом повернул назад. По-видимому, Адрианополь и Кипсела были той границей, до которой дошли крестоносцы, и 11 ноября молодой император возвратился в Константинополь.