Так как теперь не оставалось никакой альтернативы принятию Андроника в качестве законного регента империи, патриарх Феодосий прибыл в Халкидон, чтобы выразить ему свое повиновение. Андроник приветствовал его с уважением как единственного истинного и благочестивого сторонника юного Алексея II. Однако еще умирающий Мануил предупреждал патриарха о характере и намерениях Андроника, и он сразу же получил этому подтверждение. Патриарх сказал: «Я раньше лишь слышал о тебе, а теперь я вижу и отчетливо узнаю (тебя)». Андроник уловил двойной смысл и ответил: «Узри сильного армянина». Когда Андроник похвалил патриарха за его заботу об императоре, Феодосий ответил, что он действительно ранее заботился о мальчике, но с того момента, когда Андроник взял власть, он стал считать Алексея II погибшим. Андроник потребовал объяснить, что это значит, но патриарх побоялся открыто обвинить его в планировании убийства и просто переложил свою ответственность за воспитание мальчика на мятежника.
Пока Андроник находился в Халкидоне, делами в городе заправляли его друзья и доверенные лица. Когда все было подготовлено, он пересек пролив. Император и императрица-мать были отосланы во дворец в Мангане, где Андроник попытался наладить с ними контакт и выразил свое почтение императору, однако к Марии-Зене отнесся с пренебрежением. Затем Андроник разбил свой лагерь в пригороде Филопатионе, прежде чем войти в сам город, где к нему присоединились все представители знати. Однажды ночью возле его палатки был схвачен нищий, которого горожане заподозрили в колдовстве с целью навредить Андронику и стихийно сожгли его, чтобы угодить новому регенту. Наконец, он официально вошел в город и сначала отправился к могиле Мануила в монастыре Иисуса Пантократора. Людям показалось, что там он плакал; но, по слухам, он на самом деле изрыгал оскорбления над могилой своего врага, давая выход своей ненависти ко всей семье Мануила. Андроник проживал по очереди в частных особняках видных аристократов, забрав у них бразды правления и заново знакомясь с богатством и властью их владельцев, ведь он жил вдали от столицы много лет. В конце концов он поселился в House Michaelitzes в Патриаршем дворце, сделав его центром своей деятельности.
На Троицу 16 мая 1182 г. Андроник заново короновал Алексея II в Святой Софии. На церемонии регент встал на колени перед императором и на реликвии – Истинном Кресте поклялся поддерживать и защищать его. Для пущего эффекта он отнес Алексея II из храма во дворец на руках. Император получил разрешение продолжать свои занятия, в том числе охотой, но он был окружен охраной, преданной Андронику; особенно тщательно следили за тем, чтобы к императору не приближались никакие люди, враждебные новой власти.
Сам Андроник контролировал администрацию. Так как он желал расширить партию верных ему людей, он в первую очередь наградил своих сторонников. Пафлагонцы и другие, сослужившие ему хорошую службу, получили почести и подарки, а самые высокие должности перешли к его сыновьям и главным сподвижникам. Большое количество влиятельных людей, включая большинство крупных чиновников, перешли на его сторону. Он подготовил себе путь с помощью пропагандистской кампании, когда шел с войском на столицу: ничего не желал крупный чиновник больше, чем того, чтобы власть (как провозглашал Андроник) снова оказалась в руках центрального правительства, и тогда провинциальные землевладельцы больше не будут поступать по-своему. Евстафий утверждает, что лишь несколько человек сторонились нового регента; даже добрые христиане не увидели ловушки, которые он расставлял.
Подчинение оппозиции новой власти было такой же насущной необходимостью для Андроника, как и рост рядов его приверженцев. Иоанн Комнин Ватац, великий доместик и правитель Филадельфии, уже был готов выступить против Андроника. Он активно побуждал своих сторонников в азиатских городах бороться с фракциями, которые поддерживали там Андроника. Началась гражданская война, победа в которой явно склонялась на сторону Андроника. Вскоре после укрепления своих позиций в Константинополе (вероятно, летом 1182 г.) Андроник послал войско в Филадельфию под командованием Андроника Лапарда. Этот полководец, недавно вернувшийся из ссылки, был участником заговора Марии Порфирородной. Его войско было достаточно велико, чтобы осадить город. Ватац был слишком стар и болен, чтобы энергично командовать своей армией, а его двое сыновей не смогли ничего поделать с Лапардом, поэтому Ватац приказал доставить себя на вершину холма, с которого он руководил сражением, и разгромил войска противника. Однако спустя несколько дней он умер, и жители Филадельфии, которые чувствовали свою изоляцию и, наверное, находились под влиянием проандрониковских элементов, отправили регенту прошение о прощении. Двое сыновей Ватаца были вынуждены бежать сначала к султану Коньи, а затем на Сицилию. Однако на пути к этому острову их корабль прибыл на Крит; там их узнал какой-то солдат-франк, и их бросили в тюрьму, а впоследствии ослепили по приказу Андроника. На тот момент Малая Азия была разгромлена.