Если справиться с Андроником Лапардом оказалось легко, то с мятежниками в Вифинии все было не так просто. Как уже говорилось ранее, их восстание началось в сентябре 1183 г. и послужило Андронику оправданием надеть императорский пурпур. Почву для восстания следует искать в сопротивлении провинциальных магнатов и местных чиновников плану реформ Андроника. В Никее восстание возглавили Феодор Кантакузин и Исаак Ангел; в Бурсе – Феодор Ангел и двое менее известных людей Лев Синесий и Михаил Лахан, которые, возможно, были должностными лицами при прежней власти. Братья Ангелы недавно возвратились из Сирии, куда они бежали с отцом; другой их брат, Константин, незадолго до этого был брошен в тюрьму, возможно, после своего необдуманного возвращения в Константинополь. Зимой 1183/84 г. Андроник оставил бунтовщиков в покое, хотя все же написал «глупцу» Синесию и «бездельнику» Лахану, чтобы они прекратили либо бунтовать, либо жить, «так как причинение нам вреда и ваше существование не угодны Богу и неприемлемы для нас, Его слуги». Той же зимой город Лопадион, находившийся на берегу реки Риндакос, присоединился к восставшим.
Как только вторжение венгров перестало представлять угрозу, Алексей Врана повел свою армию из Европы на помощь Андронику для нападения на Вифинию. Сначала Врана был отправлен в Лопадион; он захватил его, а затем присоединился к Андронику, осаждавшему Никею. Этот город со множеством недовольных солдат и наемников-турок держался стойко; особый гнев у Андроника вызывали его жители, которые со стен города выкрикивали в его адрес грубые оскорбления. Когда с помощью дерзких вылазок жителям города удалось уничтожить осадные машины Андроника, тот прибег к военной хитрости. Из Константинополя была привезена мать Ангелов Евфросинья Кастамонитисса и привязана к верхней части кожуха тарана. Осажденные пришли в ужас, но не в смятение, перебили солдат у тарана точными попаданиями метательных снарядов спасли женщину и сожгли таран. Андроник был обескуражен и разбранил своих людей за неповоротливость.
Однажды Феодор Кантакузин следил за проезжавшим мимо городских стен Андроником и совершил вылазку из восточных ворот, чтобы напасть на него напрямую. Но нападение Кантакузина было столь стремительным, что его конь упал, а сам он вылетел из седла и был мгновенно убит пехотинцами Андроника. Кантакузин был душой обороны города, и его смерть привела жителей в крайнее отчаяние. Исаак Ангел был настроен заключить мир, и архиепископ вывел процессию, состоявшую из женщин, детей и представителей духовенства, молить о пощаде. Андроник пощадил население, но казнил или отправил в ссылку многих знатных людей, а турецких наемников он приказал посадить на колья и поставить их вокруг города. Исаак Ангел был отправлен назад в Константинополь целым и невредимым, получив разрешение мирно жить в своем родовом особняке. Позднее Михаил Хониат похвалил его за то, что он смягчил гнев жестокого Андроника и спас городское население.
Немедленно началась осада Бурсы. По повелению Андроника в город были выпущены стрелы с письмами, в которых горожанам было обещано прощение, если они отдадут ему на расправу своих лидеров. Произошло много сражений, но капитуляция считалась неизбежной, так как защитникам города не удалось уничтожить осадные машины императора. В конце концов отчаявшиеся солдаты оставили стены города, и в него ринулись императорские войска. Так как не было заключено никакого перемирия, Андроник не чувствовал себя обязанным сдерживать свою ярость. Синесий, Лахан и сорок других лидеров восстания были повешены, другие были брошены в ямы умирать, а большая часть населения попала в тюрьму. Феодор Ангел был ослеплен, посажен на осла и отправлен скитаться в чужих краях; лишь милость кочевников-туркоманов спасла его от смерти. Теперь Андроник направился в Лопадион, взятый ранее Враной, где также дал волю мщению: тамошний епископ был ослеплен за то, что не предотвратил восстание. Андроник покинул Вифинию, оставив за собой фруктовые деревья, увешанные страшным урожаем.
Противостояние Андроника придворной знати, проявлявшееся еще при жизни Алексея II, теперь стало главной темой государственной политики. Он всегда находился в конфликте со знатными семьями, которые группировались вокруг Мануила, и он поднялся до вершины власти на волне народного восстания в Константинополе против этого класса. По всей империи он поощрял народ поддерживать свою власть, и его реформы были задуманы для пользы низших классов. У Евстафия сохранился пересказ речи Андроника, обращенной к его сыновьям и их женам; и хотя выражения, вероятно, недостоверные, они все же представляют его политику так, как ее понимали в народе. Сыновья – даже отважный Иоанн – были напуганы тем политическим курсом, который взял Андроник; но император сказал им, что, когда он умрет, лишь они одни будут великими и под их властью будет находиться народ, состоящий из мясников, пекарей, производителей благовоний и им подобных, которыми легко управлять; когда нет титанов, они смогут править пигмеями. Действия Андроника мотивировались ненавистью к аристократам и стремлением укрепить власть его семьи.