Политика императора в сельской местности была направлена на разрушение власти магнатов; общими фразами говорится о том, что он наказал их за жадность и изгнал их с властных постов, а на их место прислал чиновников из столицы. Он был неумолим в своих суждениях против богатых людей, которые угнетали своих соседей. Вскоре после обретения им власти декабрьским указом 1182 г. он отменил «простагму» (приказ – грен.) Мануила, в которой аристократам и стратиотам (воины, набиравшиеся из свободных крестьян, обязанные служить в ополчении фемы. – Пер.) запрещалось продавать свои земли кому-либо, за исключением представителей их собственных классов. (Стратиотов – бывших крестьян теперь можно было сравнить с западными рыцарями среднего достатка, которые были собственниками земель, доходы с которых могли обеспечить им покупку коня и доспехов.) Эта мера была направлена на уменьшение территориальной базы власти магнатов. Однако требовалось немало времени, чтобы такой указ возымел свое действие, и ничего не свидетельствует о каком-либо сокращении владений магнатов за короткое время царствования Андроника.
В Константинополе император казнил, ослеплял или заключал в застенки представителей знати по малейшему поводу. Над теми, кому он позволил жить в принадлежавших им дворцах (таким как Исаак Ангел, его дядя Иоанн [Ангел] Дука и сыновья Иоанна), Андроник установил контроль. Семейные группы, такие как вышеупомянутое семейство Ангелов, были связаны воедино клятвой верности существующей власти, согласно которой, если один из них совершает акт предательства, пострадают все остальные. Так, когда Андроник счел, что Давид Комнин предательски сдал Фессалоники викингам, он бросил в тюрьму мать и брата Давида. Указ об объявлении вне закона от августа – сентября 1185 г., который грозил казнью всем, кто находился в тюрьме, и всем их друзьям и родственникам, возможно, был последней попыткой применения этого принципа. Принудительная дача клятвы была поразительно успешной, так как после бегства Ангелов больше не было заговоров аристократов против Андроника.
Многие видные деятели бежали за границу. Евстафий упоминает членов семей Малеинов, Даласенов и Кладонов среди других знатных людей, которые бежали из страны; некоторые присылали людей из своей свиты в качестве своих представителей. Самым выдающимся беглецом был Алексей Комнин виночерпий – сын старшего брата Алексея протосеваста Иоанна, у которого имелись серьезные наследственные притязания на византийский трон. Аристократы уезжали к султану Коньи, которые давали клятву защищать сына Мануила Комнина, и к князю и патриарху Антиохии и королю Иерусалима, которые тоже давали аналогичные клятвы. На Западе они стремились к папе римскому, королю Франции и германскому императору, герцогу Монферратскому, королю Венгрии и другим монархам, но особенно к королю Сицилии. Будущий император Алексей Ангел нашел себе убежище у Саладина. К ним присоединялись купцы-латиняне, гражданские служащие и наемники, которых Андроник изгнал и совместные усилия которых в конечном счете и способствовали крушению его власти.
Хотя Андроник в целом враждебно относился к представителям семьи Комнинов, однажды он проявил себя даже слишком щедрым. Исаак Дука Комнин был сыном дочери Исаака севастократора – брата Мануила I; его тетей со стороны матери была Феодора Комнина, возлюбленная Андроника. В последние годы жизни Мануила Исаак был отправлен на Сицилию правителем, но после 1180 г. его захватили в плен армяне. На протяжении нескольких лет он томился в заточении, пока, вероятно, в 1184 г. Андроник и тамплиеры не выкупили его из плена. Андроника побудили к этому мольбы его любимой Феодоры, а также просьбы двух своих знатных приверженцев – Константина Макродуки и Андроника Дуки, которые, возможно, состояли в родстве с Исааком Комнином. Возможно, он также хотел прибрать к рукам значимого представителя рода Комнинов и потенциального руководителя восстания или нападения на него самого. Оказавшись на свободе, Исаак Комнин боялся возвращаться в Константинополь и использовал присланные ему средства, чтобы перебраться на Кипр, где он представил поддельные письма с назначением его правителем острова. Как только его приняли на Кипре, он объявил о своей независимости от Константинополя и стал таким же тираном, как и сам Андроник. Он даже взял себе титул василевс и, возможно, назначил патриарха, который и короновал его. Таким образом, территориальный распад империи Комнинов продолжался как на востоке, так и на Балканах.