Среди членов администрации существовало яростное соперничество: соперничество между Константином Трипсихом и Агиохристофоритом уже было упомянуто (Трипсих был уничтожен, когда мнимый друг передал императору несколько обычных или сказанных им в состоянии алкогольного опьянения слов).
Когда Андроник только пришел к власти – во время его регентства самое большое влияние имел начальник императорских секретарей Михаил Агиотеодорит. После смерти его преемником стал Феодор Маврозом, который вскоре был заменен на Стефана Агиохристофорита, ставшего правой рукой Андроника. Эту последовательность фаворитов можно выявить по некоторым ремаркам Евстафия Солунского.
И хотя император позволял своим подчиненным вести борьбу между собой и закулисно клеветать друг на друга, он осуществлял строгий контроль за всеми их общественными действиями, требуя не только повиновения своей воле, но и безупречного соответствия принятым нормам поведения. Однажды крестьяне пришли к императору пожаловаться на то, что во время поездки по сельской местности Феодор Дадиврин провел у них ночь и забрал все, что нужно было ему и его свите, не заплатив. Император удостоверился в правдивости жалобы и сурово наказал чиновника.
Такое подавление жадности и коррумпированности чиновников было важной частью программы Андроника. Не только высших чиновников в Константинополе обязывали строго соблюдать общественную мораль, но и правителям провинций, а особенно местным сборщикам налогов и мелким управляющим было запрещено совершать такие действия, как было принято повсеместно во время правления Мануила. Не следовало допускать, чтобы магнаты притесняли крестьян, а налоги должны были быть отрегулированы к большей степени равенства между богатыми и бедными: возможно, даже больше в пользу бедных за счет богатых. Сбор налогов следовало осуществлять на законном основании без дополнительных сборов и пошлин или неоднократных проверок облагаемой налогом собственности. Мотив, стоящий за этой программой позитивных реформ, все еще вызывает сомнения. План Андроника искоренить знать, очевидно, имел своей целью обеспечить спокойное правление своему сыну, и Никита Хониат заявляет, что он начал свои административные реформы по этой же причине. Лишь современный ему панегирист Михаил Хониат приписывает императору более альтруистические намерения. В свете Источниковых данных следует признать следование собственной выгоде руководящим принципом Андроника. Тем не менее, если бы он смог осуществить свою программу, он более чем заслужил бы благодарность своего народа.
Основой успеха его реформ была налоговая политика. Никита Хониат повествует, что император действительно сократил число налоговых оценок (которые проводились за счет налогоплательщика). Люди платили только справедливый налог, тогда как сборщики налогов должны были делать возврат, если они отняли необходимое для жизни, и подвергались жестокому наказанию, если взимали больше предписанной суммы. То, что Андроник распространил некоторые льготы на города, как сообщает Никита Хониат, могут подтвердить высказывания Михаила Хониата об Афинах и Центральной Греции: митрополит заявляет, что во время правления Алексея II (очевидно, пока Андроник все контролировал, так как едва ли таких действий можно было ожидать от Алексея протосеваста) Афины были освобождены от уплаты налогов. К сожалению, как посетовал Михаил, освобождение от налогов так же применялось и к таким процветающим городам, как Коринф и Эврип (на острове Эвбея), так что сравнительное положение Афин осталось прежним. Михаил, разумеется, хотел особых милостей для своей паствы. Когда Никифор Просух (первый из преторов [правителей] Андроника в Элладе) прибыл в Афины, он немедленно подготовил новый реестр облагаемого налогами имущества, который позволил бы городу в полной мере извлечь пользу из дарованного императором освобождения от налогов. И все же, когда этот реестр был послан в Константинополь для официального одобрения, Феодор Хумн отказался его зарегистрировать; очевидно, он счел, что это слишком дорого обойдется казне. По словам Михаила Хониата, этим отказом Хумн вернул освобождение от налогов тем, кто имел возможность их платить, очевидно имея в виду более богатые города, которые затмили Афины. Следующий правитель Андроника Димитрий Дримис тоже пытался скорректировать неравное распределение освобождений от уплаты налогов, но ввиду смерти императора это перераспределение не состоялось. Особенно пострадал район Аттики по сравнению со своими соседями, так как в Аттике маленькие фермерские хозяйства измерялись для налогообложения невыгодным для них образом. Там было меньше единиц (например, квадратных ярдов) в законном стандарте (например, акре), чем в прилегающих районах. Таким образом, если налоги вычислялись в зависимости от количества акров, то получалось, что ферма в Аттике обладает большим количеством акров, чем аналогичное хозяйство в другом регионе. В конце правления Андроника Михаил Хониат хотел лишь того, чтобы был принят налоговый реестр Просуха, осуществлено перераспределение налогового бремени, как того хотел Дримис, и положен конец разному измерению площадей в Аттике и соседних регионах. Добрые намерения правителей, назначенных Андроником, были отменены предписаниями центральной администрации.