После того как спасавшийся бегством император взял на борт своих женщин из Мелидиона, он поплыл вверх по Босфору в Челу, что находится на берегу Черного моря, где потребовал корабль, чтобы отправиться на нем в Россию. Он и его люди отправились в путь, но неблагоприятные ветры вновь и вновь возвращали их к берегу; наконец прибыли преследователи, посланные Исааком. Каким-то образом Андроника схватили и затолкали связанного в маленькую лодку вместе с двумя женщинами. По его просьбе они вместе стали молить о пощаде, но пленившие их были неумолимы. Его привезли назад в Константинополь и заключили в башню Анемас возле Влахернского дворца, которая была излюбленной тюрьмой для высокопоставленных преступников.
Горожане не утратили вкуса к кровопролитию, который сам Андроник пробудил в них. Вот почему, даже если бы Исаак принял какое-то иное решение, обстоятельства его прихода к власти вынуждали его позволить толпе уничтожить своего былого кумира и спасителя. Сначала Андроника привели во дворец, закованного в цепи, так что знать, которую он беспощадно преследовал, могла лично отомстить ему. В присутствии Исаака его избили, ему выбили зубы и вырвали волосы, и поучаствовать в расправе мог каждый, кто проходил мимо. Никита Хониат утверждает, что женщины, чьих мужей он убил, были особенно жестоки. С отрубленной рукой его отправили назад в тюрьму, где оставили без еды, воды и ухода на несколько дней. Затем он был ослеплен на один глаз и посажен на спину шелудивого верблюда; в таком виде его провезли по городу, одетого лишь в набедренную повязку. Люди давали выход своему гневу без ограничений: он получал удары дубинок, в него летели камни, вертела протыкали его ребра; на него лили фекалии, мочу и кипяток под оскорбительные выкрики толпы. На Ипподроме его подвесили за ноги между двумя колоннами, но он все еще сохранял мужество и терпел все нападки, лишь восклицая: «Господи, помилуй!» и «Для чего ты ломаешь раздавленный тростник?». Затем очевидцы сделали объектом издевательств его гениталии, а один из них проткнул ему внутренности мечом через рот. Двое солдат-латинян проверяли остроту лезвий своего оружия, по очереди втыкая его в висящее тело. В муках Андроник пытался пить кровь со своего запястья, пока не умер наконец – страшное зрелище, закончившееся так, как он жил.
Несколько дней тело висело посреди Ипподрома, а затем было выброшено под своды зрительской трибуны. Исаак II не разрешил похоронить его в церкви Сорока Севастийских мучеников, как изначально хотел Андроник, так как он не считал себя виновным в его смерти и полагал, что просто поступает справедливо, отказывая в захоронении по христианскому обычаю. Какие-то милосердные люди отвезли тело в Эфоросский монастырь, который находился на территории или неподалеку от бань Зевксиппа сразу за Ипподромом. Тело было оставлено «в очень низком месте» рядом с монастырем, наверное, в одной из подземных камер бывших бань, где его все еще можно было увидеть в то время, когда об этом писал Никита Хониат.
Политика Алексея протосеваста – реального правителя империи в период после смерти Мануила до резни латинян – и политика Андроника сильно различались. Протосеваст стремился взять власть в свои руки. Он не допускал к ней дворцовую знать и константинопольских чиновников и при этом позволял крупным земельным магнатам в провинциях делать все, что они хотят. В столице он опирался на итальянские торговые колонии. Союз экономически угнетенного народа, знати и чиновников его сместил. Пришедший ему на смену Андроник молодые годы своей жизни провел в оппозиции основной ветви Комнинов. Встав во главе государства, Андроник порвал с дворцовой знатью и начал программу реформ, нацеленных на уничтожение власти городской знати и в равной степени сельских землевладельцев. В управлении государством он полагался главным образом на чиновников-профессионалов, которые служили еще Мануилу. Число истинно «новых людей», которых он привел к власти в своей администрации, было невелико, и большинство из них он использовал для выполнения кровавых заданий по искоренению Комнинов и преследования аристократов, нежели в управленческой рутине. По имеющимся в настоящее время источникам информации, реформы Андроника можно изучить лишь частично. Он стремился облагодетельствовать те группы людей, на которые он опирался: фермеров, ремесленников и купцов, сняв с них какую-то часть бремени, и чиновников, расширив их власть (особенно в провинциях за счет крупных землевладельцев). Очевидно, он не обладал проницательностью и не видел тех изъянов, которыми была пронизана имперская администрация, и у него не было плана реформ, основанных на принципах благоразумного управления. Когда его помощники предлагали меры, казавшиеся благотворными, по крайней мере в глазах митрополита Афинского, центральная администрация отменяла их по причине финансовой нецелесообразности. Так как ни одна из предложенных налоговых реформ не была претворена в жизнь в Элладе, тамошняя система налогообложения оставалась неизменной со времен правления Алексея протосеваста, который поддерживал крупных землевладельцев за счет мелких. По экономической необходимости Андроник вернул в Константинополь латинян, из-за чего лишился во многом поддержки народа. Как только наступление норманнов пошатнуло уверенность толпы в его лидерстве, понадобилась лишь искра, чтобы против него поднялся простой народ. Поднятый на трон благодаря поддержке населения, Андроник пал с него, когда пренебрег предрассудками масс.