Исаак мог с большей степенью уверенности полагаться на чиновничество, нежели знать. Его мать Ефросинья Кастамонитисса была родом из семьи чиновника. Исаак поспешил поставить ее брата Феодора Кастамонита ответственным за финансовые дела империи. Все посты гражданской администрации были переданы представителям чиновнического класса, доказавшим свою преданность режиму.
На момент своего вступления на престол Исаак пользовался огромной популярностью в Вифинии, где он впервые оказал сопротивление Андронику. Ему удалось обратить это себе на пользу, так как немедленно после его коронации толпы народа потекли в столицу «из городов на востоке» (очевидно, из городов Вифинии), чтобы увидеть человека, убившего тирана. Из их числа Исаак набрал солдат – и ветеранов, и юнцов, – которые укрепили его армию, противостоявшую норманнским захватчикам. Позднее, когда норманнский флот атаковал прибрежные районы Вифинии неподалеку от Никомидии, на помощь регулярному войску пришел импровизированный флот, состоявший из вооруженных рыбацких шхун, укомплектованных и экипированных горожанами. Такая помощь имела огромную ценность для Исаака в тот момент.
Армия при новой власти играла ключевую роль. Исаак рано понял, что добившийся успеха полководец так же опасен, как и одержавший победу враг, поэтому он сначала опирался на аристократов, ослепленных Андроником, неспособных занять императорский трон. Неудача этого эксперимента заставила его во многих случаях брать командование на себя; в другие же моменты армии возглавляли члены его семьи. Сразу же после своей коронации Исаак поддержал солдат, выделив армии четыре тысячи фунтов золота, и потом он платил им так хорошо, как позволяли ему его возможности. В то время как наемники составляли существенную часть его вооруженных сил, Исаак, очевидно, продолжил политику Мануила, набирая рекрутов в армию из числа византийцев. Тем не менее армия была наименее надежной опорой Исаака на протяжении всего его правления, и содействие войск заговору знати привело к его свержению.
Как только с норманнским вторжением было покончено, Исаак пожелал создать узы между своей новой династией и иностранными правителями. Сам он был вдовцом, так что немедленно принялся искать себе подходящую жену. Случай представился, когда посольство из Венгрии, отправленное, вероятно, еще тогда, когда правил Андроник, достигло Константинополя, чтобы попросить руки вдовы Андроника Лапард а Феодоры Комнины – племянницы Мануила I. Новый император не мог позволить наследнице, столь тесно связанной с бывшими правителями, покинуть свои владения, поэтому синод под руководством патриарха Василия Каматира отказал Феодоре в разрешении покинуть монастырь. Причиной было то, что, в отличие от других женщин благородного происхождения, освобожденных в это время, она была вдовой, которая, оставаясь в монастыре после смерти своего мужа, молча приняла религиозную жизнь. Однако послам Исаак сделал альтернативное предложение: он женится на дочери Белы. Вероятно, прошли какие-то переговоры, и, наверное, в 1186 г. Маргарита Венгерская, которой еще не исполнилось десяти лет, была привезена в Византию, где получила новое имя Мария. Она вышла замуж за Исаака, по поводу чего были устроены пышные и дорогостоящие празднества. В результате дипломатический и военный союз с Венгрией оказался весьма ценным для Исаака в оставшееся время его царствования.
Аналогичным образом Исаак стремился связать себя с другими правителями, которые могли оказать ему помощь. Сербский Стефан Неманя после смерти Мануила стал фактически независимым, и его власть теперь была отчасти признана Византией. В период между 1185 и 1187 гг. Исаак выдал замуж одну из дочерей своего брата Алексея Евдокию за сына Немани Стефана (позднее получившего прозвище Первый коронованный). Исаак рассчитывал умиротворить сербов и снова подчинить их влиянию Византии.