Брак с Маргаритой стал непосредственной причиной валахо-болгарского восстания. Ранее Исаак был вынужден отправлять все имевшиеся у него средства армии, воевавшей с норманнами, так что для того чтобы оплатить свадебные торжества он стал взимать особый налог. Эта мера была успешной в Анхиалосе и близлежавших городах на Черном море, но валахи на Балканах воспротивились, и на их недовольстве сыграли Петр и Асень – подстрекатели восстания. Эти два брата появились в Кипселле, что в Южной Фракии, раньше Исаака, вероятно, в 1186 г., когда он вел наступление на захваченный норманнами Дураццо (сейчас Дуррес в Албании. – Пер.) или возвращался после его завоевания. Они предложили, что будут служить в византийской армии в обмен на пронию – надел гористой земли, представлявшей маленькую ценность. Но им отказали в приеме на службу, а по приказу Иоанна (Ангела) Дуки Асень получил удар по лицу. Разгневанные братья возвратились домой, планируя немедленно поднять восстание, но валахи колебались, следовать ли им за этими лидерами. Тогда Петр и Асень возвели часовню, посвященную святому Димитрию, в которой они собрали провидцев и предсказателей. Этим прорицателям предложили объявить, что Бог желает свободы болгарам и валахам, и по этой причине святой Димитрий покинул Фессалоники и явился сюда, чтобы стать их божественным помощником. Недавний захват норманнами Фессалоник, так часто сохраняемой святым Димитрием, придавал убедительности такому заявлению. Сначала провидцы воздерживались от такого шага, но по мере того, как среди них распространялось неистовство, они начали призывать к оружию против византийцев и потребовали не щадить пленных. Спровоцированные таким образом люди стали совершать нападения на окрестную сельскую местность. Петр надел на себя корону и пурпурные сапоги, а его вооруженные люди вскоре захватили Преслав – столицу бывшей Болгарской империи. Оба шага послужили тому, чтобы связать это движение с традициями былого величия Болгарии. Для обеспечения успеха был необходим союз славян и романоговорящих народов.
Нападения валахов и болгар, осуществляемые из их горных крепостей, опустошали равнины, заставляя императора действовать. Вероятно, ближе ко второй половине 1186 г. он отправил армию под командованием севастократора Иоанна (Ангела) Дуки, чтобы унять мятежников, но после нескольких первых успехов Дука лишился поста командующего по подозрению в том, что он намеревался узурпировать трон. Его преемник зять Исаака кесарь Иоанн Кантакузин был не только слеп, но и храбр до безрассудства. Враг понимал, что не нужно встречаться с византийской армией на равнинной местности; кесарь же смело последовал за мятежниками в горы и там пренебрег укреплением своего лагеря. Однажды ночью его армия была застигнута врасплох и понесла тяжелое поражение, а гардероб Иоанна попал в руки врага. Чтобы поправить дело, император возвратил Алексея Врану из его вынужденной отставки. Тот взял на себя командование армией, усиленной теми пленниками-норманнами, которые выжили в суровых условиях плена. Весной 1187 г. великий полководец повел наступление на вражеские горы и построил укрепленный лагерь в не известном никому дотоле местечке под названием Черная Гора. Врана со своим войском, возможно, и совершил бы что-то против ускользающего врага, но предпочел возвратиться в Адрианополь и начать восстание, которое чуть не сбросило Исаака с его трона.
После поражения и смерти Враны Исаак понял, что ему самому придется руководить борьбой с мятежниками. Приблизительно в июне 1187 г. после тщетных попыток призвать к себе Конрада Монферратского он выступил в поход. Продвигаясь по враждебной территории, он обнаружил, что перевалы перекрыты укреплениями, но под благоприятным покровом ночи или тумана он проскользнул мимо них и захватил врасплох валахов и болгар. Его армия так хорошо их отделала, что Петр, Асень и их свита были рады бежать из страны со всей возможной скоростью. Но император не использовал свою победу, так как он решил, что множество укрепленных деревень и городов, угнездившихся на скалистых горах и утесах, слишком трудно победить поодиночке, и вернулся в столицу, оставив страну валахов и болгар от южных отрогов Балканских гор до берегов Дуная без византийских гарнизонов. Эта серьезная ошибка вызвала упрек у судьи Льва Монастериота, который, по словам Никиты Хониата, сообщил Исааку, что император Василий II (976— 1025 гг.) оставил письменный совет для такой ситуации. Если валахи когда-нибудь поднимут восстание, как писал Василий, в их стране следует разместить гарнизоны и держать их в узде.