Из придворной знати, которая почти целиком так или иначе состояла в родственных отношениях с императором, лишь несколько человек играли значительную роль в администрации, да и те в основном в армии. Алексей Врана и двоюродный брат Исаака Константин Ангел Дука предали его, но протостратор Мануил Камиц – сын тетки Исаака Марии Ангелины верно служил ему, участвуя в главных войнах во время его правления. Отсутствие успехов часто характеризовало усилия полководцев знатного происхождения, таких как Иоанн Кантакузин кесарь, Алексей Комнин Ватац и Иоанн Контостефан. Среди новичков в военном командовании был Василий Ватац, который, как утверждают, был неясного происхождения и не являлся близким родственником бывшего великого доместика Иоанна Комнина Ватаца. Василий отличался верностью и храбростью и был женат на двоюродной сестре императора; среди его сыновей был будущий император Никеи Иоанн III Дука Ватац. Наконец, был еще Андроник Роджериос – сын Иоанна Роджера кесаря, доверенное лицо и начальник императорской охраны.
Вне военной сферы Исаак отказывал аристократам в сколько-нибудь значительной роли; он следовал традиции Комнинов держать их при дворе для усиления собственного величия. В начале своего правления сострадание Исаака вызвал незаконнорожденный сын Мануила Алексей Комнин, бывший ранее протостратором, которого Андроник приказал ослепить и бросить в темницу. И хотя его инцестный брак с дочерью бывшего императора Ириной был расторгнут, сам Алексей был возвращен ко двору и удостоен звания кесаря. Но так как для его содержания были выделены недостаточные средства, он удалился от двора и стал жить уединенно в городе Драме. Когда клеветники при дворе стали утверждать, что он был вовлечен в мнимый заговор против Андроника Комнина Бриенниоса, император осудил его на заключение в монастыре. Через три месяца Исаак понял свою ошибку, и Алексею были возвращены все награды и незапятнанная репутация. Среди других представителей знати выделялись сыновья севастократора Иоанна (Ангела) Дуки, других дядей и братьев Исаака, и такие отпрыски Комнинов, как Иоанн Аксух Комнин – сын протостратора Алексея Аксуха при Мануиле I. Список заложников, переданных Барбароссе в 1190 г., и перечень аристократов, присутствовавших вместе с Исааком на синоде, проходившем в сентябре 1191 г., дают нам некоторое представление о великолепии императорского двора, однако немногие из этих людей, по-видимому, имели какие-то власть или влияние.
Вместо того чтобы во всем полагаться на знать, Исаак искал поддержки у чиновничества; он даже сохранил некоторую преемственность с администрацией Андроника I. И хотя Феодор Хумн больше не возглавлял финансовую сферу, он все же сохранил за собой важное место в этом департаменте: генуэзцы и пизанцы считали его отчасти виновным в финансовых взысканиях, которые были наложены на них после вступления Исаака на престол. Приблизительно в 1189 г. Хумн был ответственным за тюремное заключение генуэзца Саймона Мусона, который якобы плохо организовал перевозку мусульманского посольства в Константинополь. Позднее, возможно в 1193 г., Хумн появляется в летописи с титулом хартулария конюшен в качестве командующего армией, воюющей с пафлагонцем лже-Алексеем II. У него имелся опыт ведения военных действий, так как он воевал с норманнами при Андронике I.
Более важное место занимал дядя Исаака по материнской линии Теодор Кастамонит, который в реальности стал во главе гражданской администрации с титулом великого логофета (более пышное название бывшего логофета управления). Кастамонит был талантливый гражданский служащий, особенно опытный в налогообложении, и Исаак передал руководство гражданскими делами в его руки. Ничего важного нельзя было сделать без его согласия; вокруг него каждый день толпились заискивающие перед ним сенаторы и представители знати. Исаак восхищался им и позволял ему быть фактически соимператором: Кастамонит носил пурпурные одежды и подписывал документы пурпурными чернилами. Для генуэзских и пизанских купцов он превзошел Хумна как притеснитель, взимая с них таможенные пошлины в полном объеме. Он страдал от подагры, и его должны были носить с места на место; однажды в середине правления Исаака его сразил апоплексический удар, когда он услышал, что его приветствовали как «деспота и императора», когда его проносили по рыночной площади; вскоре после этого он умер.