Еще когда Кастамонит умирал, император назначил нового руководителя гражданской администрации – молодого человека, едва закончившего образование. Его соперник Никита Хониат сначала отказывается назвать его, но позднее указывает, что это был Константин Месопотамский. Его гражданская должность называлась «хранитель пурпурных чернил императора», благодаря которой к нему прислушивался император. На этих личных отношениях он основал свою власть, сочетая ловкость и хитрость с реальными управленческими способностями. Ему даже удалось изолировать императора от влияния других людей: выход Исаака из военных кампаний в 1193 и 1194 гг., возможно, связан с вступлением в должность Месопотамского. Как бы ни была велика власть Кастамонита, власть его преемника (если верить Никите Хониату) превзошла ее. Благодаря в основном этим двум министрам придворной знати не удавалось влиять на Исаака.
Еще одной важной персоной в администрации Исаака был Димитрий Торник, карьерный путь которого был весьма разнообразным. При Андронике I его чуть не убила толпа за то, что осмелился возражать императору. При восшествии на престол Исаака он стал чиновником казначейства и на короткое время даже логофетом казначейства. Но приблизительно в 1188 г. он потерял все свои должности, о чем сильно сокрушался его друг Михаил Хониат. Однако к сентябрю 1191 г. (вслед за Василием Каматиром [не бывшим патриархом, а его тезкой], Иоанном Дука Каматиром и Константином Торником) Димитрий стал логофетом дрома – пост, который он занимал все оставшееся время правления Исаака. Отличившись в ряде успешных переговоров, Димитрий, вероятно, нес ответственность за более реалистичный курс имперской политики, который был взят в 1191 г. и завершился ликвидацией разрыва отношений, последовавшего за геноцидом латинян. В длинном списке других управленцев при Исааке Ангеле значится много имен, но лишь малая их часть достойна упоминания. Димитрий Дримис, который правил Элладой при Андронике I, продолжил служить государству, но на относительно малой должности судьи велума и протасикрита (начальник императорской канцелярии. – Пер.). Михаил Стрифн, которому было суждено сыграть ведущую роль в годы правления Алексея III, был высокопоставленным сборщиком налогов, на действия которого жаловались генуэзцы. Многие чиновники, такие как великий друнгарий Григорий Антиох, достались Исааку от администрации Мануила. Естественно, что тут присутствовала доля семейственности: Константин Кастамонит был важным чиновником Морского совета, в то время как Иоанн Кастамонит – митрополитом Халкидона. Стремление семей (в силу специальной подготовки) сохранить монополию на должности в чиновническом аппарате, возможно, объясняет эти назначения. В конце концов, хотя Никиту Хониата и обошел Месопотамский, в годы правления Исаака он начал подниматься с должности простого секретаря императора на высший уровень бюрократии.
Посланцы императора за границей были разнообразными: от чиновников, стоявших на вершине служебной лестницы, до латинян, проживающих в империи или просто путешествующих по ней. Для важных переговоров с Барбароссой перед Третьим крестовым походом в Нюрнберг поехал сам логофет дрома Иоанн Каматир Дука. Еще до того, как Константин Месопотамский достиг сколько-нибудь реальной власти, он был отправлен посланником в Геную, где поставил своего хозяина в неловкое положение, выйдя за границы своего поручения. В 1195 г. эпарх Константинополя Евматий Филокал был послан на Сицилию, чтобы задобрить Генриха VI. На другом конце этой шкалы находятся такие личности, как вассальный рыцарь империи Пипино Пизанец и брат Хью Испанец, которые в 1192 г. вместе с не названным по имени византийским чиновником выступали в роли посланников на Кипре. Якоб Пизанец, Питер Англичанин и Петр Пандоло из Генуи возили сообщения соответственно в Пизу, Геную и Венецию.
Для самого Исаака Ангела самой важной и интересной отраслью администрации была церковь, которую по византийской традиции он рассматривал как государственный департамент. И в ее дела он с готовностью погрузился. Его необоснованное, пусть и необходимое, низложение Василия Каматира стало предвестником его авторитарных отношений с константинопольским патриархатом. Заменой Василия Каматира по выбору Исаака стал Никита Мунтан, старец с прекрасным характером, который ранее был сакелларием в Святой Софии. Однако у самодержца были другие намерения в отношении Константинопольской епархии. Прежде чем стать императором, он был глубоко привязан к монаху Студийского монастыря, который предсказал ему восхождение на трон и продолжал держать разум императора во власти суеверий. Этому человеку по имени Досифей, сыну венецианца, Исаак уже дал титул патриарха Иерусалимского, а теперь он принял решение получить для него Константинопольский патриархат. Однако, зная, что этот выбор будет крайне непопулярным, он прибег к хитрой уловке, чтобы осуществить свое желание. Величайшим каноническим юристом того времени был Феодор Вальсамон, законный патриарх Антиохии, который, как и Досифей, проживал в Константинополе. Исаак обратился к нему, намекнув, что ему желательно, чтобы он пересел с антиохийского престола на константинопольский, и предложил, чтобы Вальсамон нашел каноническое основание для такого перевода. И канонист подготовил список имевших место ранее аналогичных переводов, которые должны были послужить прецедентом – обычный способ оправдания таких изменений. Когда Мунтан отрекся от патриаршего престола, вероятно, в 1188 г., этот документ был представлен Святейшему синоду. Митрополиты и епископы одобрили его в принципе, ожидая, что кандидатом императора является Вальсамон. Когда же Исаак назвал Досифея, они были ошеломлены. Досифей был посажен на патриарший престол с большой помпой, но вскоре у него появилась оппозиция, и через девять дней недовольный император был вынужден уступить и заменить Досифея кем-то более угодным синоду.