Выбор императора, который, по словам Никиты Хониата, был подсказан ему Богородицей во сне, пал на монаха монастыря Рождества Пресвятой Богородицы по имени Леонтий. На тот момент император смирился с победой самых непримиримых представителей церкви, но старался приумножить силу проимператорской партии и через семь месяцев низложил Леонтия или принял его вынужденную отставку. Досифей снова воцарился в патриаршем дворце с помощью солдат, вероятно, еще до июня 1189 г. Во время прохождения крестового похода Барбароссы патриарх призывал народ оказывать сопротивление латинянам и даже обещал прощение за убийство крестоносцев; своей силой внушения или пророчества он укрепил в Исааке страх того, что германцы нападут и разграбят Константинополь. Когда с Фридрихом был заключен мир, крестоносцы заставили Досифея подписать договор и дать клятву выполнять его.
Тем временем в церкви продолжалась фракционная борьба, по мере того как сопротивление патриарху нарастало; неисполнение его недавних предсказаний, возможно, также дискредитировало его в глазах императора. В 1191 г. Исаак счел, что продолжающиеся разногласия зашли слишком далеко, и 3 сентября император заявил в присутствии
собравшихся придворных и священнослужителей, что ради мира и спокойствия в церкви он желает обсудить сплетни, циркулирующие вокруг неканонического перевода Досифея с Иерусалимского на константинопольский патриарший престол. Собравшиеся митрополиты и официальные лица патриархата высказали свои мнения, которые сводились к недовольству пребыванием Досифея на его должности. Исаак немедленно приказал своей охране удалить Досифея из патриаршего дворца и доставить во дворец иерусалимского патриарха Марка Катафлора. 10 сентября Досифей официально отрекся от обеих епархий, заявив, что делает это, чтобы умиротворить фракции, на которые разделилась церковь. Он простил всех своих очернителей и противников, за исключением тех, которые обвиняли его в неортодоксальности, что указывает на накал борьбы.
Теперь Исаак избрал патриархом Георгия Ксифилина великого скевофилакса – бывшего посланника Алексея протосеваста к Андронику Комнину в Халкидон как компромиссного кандидата, удовлетворительного для всех. При вступлении на патриарший престол он провел собрание высшего духовенства, на котором они заявили, что принимают выбор императора и полностью его разделяют. Его правление в 1191–1198 гг. было мирным; фракционные распри из-за Досифея закончились. И хотя Исаак осуществил свое исключительное право императора выбора патриархов, он понял, что в конечном счете кандидаты на этот пост должны быть приемлемыми для всех сторон ради мира и спокойствия в церковной организации.
Император действительно был глубоко озабочен должным порядком в белом духовенстве. В сентябре 1186 г. он получил жалобу от митрополита города Кизика, который утверждал, что служащие патриархии неоднократно не предоставляли заблаговременно предварительные уведомления о выборах, особенно выборах митрополитов. Когда император выяснил, что это правда, он аннулировал результаты пяти таких выборов и приказал, чтобы в будущем извещения о них выходили своевременно. Спустя неделю Исаак узнал, что некоторые недавно назначенные митрополиты и архиепископы не отправили своих жен в дальние монастыри, как предписано канонами; и им было приказано немедленно сделать это под страхом лишения должности. В 1189 г. Исаак опубликовал новый список иерархии митрополитов, в котором епископства Ниша, Аргоса и Ипайпы были переведены в ранг митрополитских епархий. В апреле 1193 г. император был вынужден издать хрисовул (тип византийских императорских грамот, отличавшийся от других видов грамот большей торжественностью оформления. – Пер.), чтобы старые митрополиты не могли продолжать осуществлять юрисдикцию в ранее подчиненных им епархиях, а теперь поднятых до уровня митрополитских. Исаак не был излишне щедр с белой церковью: лишь выделение земли епископу можно отнести к годам его правления; но он все же принял меры к обеспечению того, чтобы собственность умерших епископов оставалась в руках церкви.