По отношению к монастырям Исаак едва ли был более щедр, чем к епископам. В январе 1186 г. он подтвердил дар Алексея I монастырю Святого Иоанна на острове Патмос, что позволило монахам отправлять суда по всей империи для закупок провизии или перевозки любых грузов без выплаты обычной десятипроцентной пошлины при условии, что корабли были установленного (небольшого) размера или чуть больше и что монахи будут не более одного раза в год ходить на них в Константинополь. Другие монастыри получили сравнимые с этим дары в форме освобождения крестьян от налогов или земель. Патриарху Георгию Ксифилину оставалось лишь нанести значимый удар по монастырям. Многие монастыри, называемые ставропигиальными, были выведены из-под власти епископов и митрополитов, в епархиях которых они находились и которые напрямую подчинялись патриарху. Освобождение их от налогов стало распространяться на все их владения, но 27 сентября 1191 г. Ксифилин учел сопротивление белого духовенства такому положению дел и издал указ, что отныне любая часовня или церковь, возведенные на ставропигиальной земле, должны подчиняться местному епископу, у которого должно было быть право назначать священников. 8 января 1192 г. патриарх и синод расширили это регулирование, которое теперь могло применяться ко всем таким церквям, построенным до выхода недавнего указа. Таким образом ставропигиальные монастыри утратили отчасти свою независимость от белого духовенства. Тем не менее монахи остались среди самых крупных и привилегированных землевладельцев, а освобождение их от налогов и их привилегии серьезно препятствовали росту государственных доходов.
Пока Исаак Ангел твердой рукой устанавливал порядок выборов патриарха и дисциплину в рядах духовенства, он так же энергично занимался церковной собственностью. На момент восстания Враны Исаак уже успел заложить монастырям императорскую серебряную посуду в обмен на золото для найма войск, но по окончании военных действий он вновь ею завладел, не побеспокоившись возвратить золото. Никита Хониат обвиняет императора в открытом святотатстве: по его словам, Исаак изъял из церквей священные сосуды, вазы, предназначенные для императорских гробниц, и даже большие чаши, используемые для исполнения священных таинств, и увез их для украшения собственного стола. Аналогичным образом он удалил драгоценные камни с крестов и переплетов Священных Писаний и приказал изготовить из них ожерелья и воротники для императорских одежд. По словам историка, когда его упрекнули в этом, Исаак резко отреагировал и назвал упрекавших его людей глупцами. Разве они не знают, спросил он, что все, что делает император, законно и что разделение между Богом и императором не тотально или абсолютно? Он поставил в пример Константина Великого, который, чтобы убедить язычников в их глупости, прикрепил один из гвоздей с Креста Господня к уздечке своего коня, а другой – к своему шлему. И хотя Исаак таким образом обобрал церковь, он мыслил достаточно здраво, чтобы не трогать вопросы вероучения: несмотря на настоятельные уговоры, он на неопределенный срок отложил любые действия, связанные со значением фразы: «Мой Отец более велик, чем я», вокруг которой в годы правления Мануила кипели горячие дебаты.
По отношению к некоторым привилегированным монастырям, общественным зданиям и жителям Константинополя Исаак был щедрым благотворителем. Церкви и монастыри были отреставрированы с широким использованием мозаик. Исаак был особенно предан Богородице и архангелу Михаилу, образ которых появляется на многих его монетах и для которых была заново отстроена церковь в Анаплусе на берегу Босфора; для нее сюда были привезены мрамор и мозаики из императорских дворцов. Для этого храма он приобрел особенно святую икону Христа из крепости Монемвасия, увез бронзовые двери из Халки и приказал снять украшения и вывезти священные сосуды из Неи – церкви Василия I, расположенной на территории Большого дворца. Аналогичным образом он опустошил церковь Святого Георгия в Манганском монастыре, велел снести многочисленные храмы, стоявшие в развалинах вдоль побережья, и сровнять с землей многие огромные дома в Константинополе вместе со зданием, в котором размещалось казначейство (геникон). В противовес по его приказу были воздвигнуты великолепные бани, залы для пиршеств и много других построек вдоль побережья Мраморного моря, для которых он продлил сушу в море. Для защиты, а также проживания он построил башню на стенах рядом с Влахернским дворцом. По традиции Комнинов, он основал несколько заведений общественной благотворительности. Дом Исаака севастократора рядом с Большим дворцом у Мраморного моря был превращен в гостиницу со столами, кроватями и конюшней; в этой гостинице могла проживать сотня постояльцев на протяжении многих дней безо всякой платы. Дворец, построенный Андроником I неподалеку от церкви Сорока Севастийских мучеников, и здание, ранее занимаемое великими друнгариями, были превращены в больницы, где прикладывались все усилия для обеспечения медицинского ухода. Император оказывал помощь одиноким вдовам и оплачивал свадебные расходы молодых женщин. Когда северная часть города (вероятно, Галата) была уничтожена пожаром, он немедленно пришел на помощь в преодолении последствий бедствия: дал денег тем, кто потерял свои дома и имущество. По словам Никиты Хониата, за время своего правления император раздал пятьсот фунтов золота жителям Константинополя. Исаак желал сохранить благосклонное к себе отношение людей, но, возможно, им двигало и чувство сострадания к своим нищим подданным.