В провинциях Исаак Ангел не был фаворитом правящего класса – земельных магнатов. Как представитель придворной знати и покровитель чиновников, он противостоял землевладельцам, которые выражали свое неодобрение в единогласной поддержке восстания Враны. После него император брал правителей для провинций из рядов своих собственных родственников или чиновничества. Никита Хониат обвиняет Исаака в том, что он продавал провинции, как зеленщики продают фрукты, но он также признает, что император назначал на некоторые должности людей, ничего не заплативших за них. Такие люди, по словам историка, не были вынуждены утаивать все доходы, которые они получали, а сберегали их долю для государственной казны. О провинциальных правителях Исаака мы знаем слишком мало, чтобы делать обобщения. Правителя Анхиалоса в 1186–1187 гг. Константина Стифата Никита Хониат называет необычно добрым и мягким человеком; но его принудили присоединиться к восстанию Враны. Андроник Комнин Бриенний был ложно обвинен в составлении заговора с целью мятежа, но ничего не известно о его деятельности в качестве правителя Фессалоник. Василий Ватац, дука и сборщик налогов в феме Миласса и Меланудион на азиатском побережье к югу от Милета, был родственником Исаака и, вероятно, по этой причине получил свою должность бесплатно. Он был компетентным и честным чиновником. С другой стороны, Василий Хризоберг – сборщик налогов в Смирне – в 1194 г. был выходцем из известного чиновнического столичного рода, и он, возможно, купил свою должность. Брат Исаака Алексей оказался трусливым и некомпетентным правителем Фракийской фемы, находившейся в западно-центральной части Малой Азии, но вскоре он был заменен на более сведущего Василия Ватаца. Долину Меандра неоднократно опустошали турецкие набеги, а вот Вифиния и Кария подверглись нападениям по крайней мере по разу. И хотя Фракия и Македония, вероятно, находились в жалком состоянии, разграбляемые по очереди норманнами, германцами, валахо-болгарами и сербами, Константин Ангел нашел значительное число прониаров из хороших семей вокруг Филиппополя и Беройи в 1193 г. Во время правления Исаака валахо-болгары появлялись здесь только для того, чтобы разграбить, а не оккупировать земли, однако они, вероятно, угоняли тысячи пленных через Балканские горы. Вдобавок побережье и острова опустошали генуэзские и пизанские пираты. Ясно, что, какие бы административные меры ни предпринимал Исаак или каковы бы ни были качества посланных им правителей, провинции жестоко страдали в годы его правления. Сам император знал об их бедах, но приписывал их гневу Божьему, направленному на сторонников Враны.
В отношении управления Элладой и особенно Аттикой в речах и письмах Михаила Хониата содержится некоторая информация, но неубедительного характера. В начале правления Исаака митрополит Афинский написал несколько писем к своим друзьям среди высокопоставленных чиновников, в которых в общих чертах изобразил состояние, в котором пребывала Аттика, умолял продолжить практику, введенную при Андронике I, и надеялся на смягчение определенных злоупотреблений. Димитрия Торника он особенно просил об исправлении системы налогообложения, чтобы поставить Афины на равную основу с соседними регионами. Он хотел, чтобы Торник отменил приближающийся приезд пары субпреторов (чиновников, которые неизменно причиняли ущерб городу тем, что взимали чрезмерные налоги). Вместо этого он надеялся на то, что претор сам приедет в Афины в ходе своего обычного объезда в любое удобное ему время. Результаты трудно оценить; но, когда в конце лета 1187 г. митрополит прибыл в столицу, он обратился к императору с панегириком, в котором он не удовольствовался привычными неопределенными восхвалениями администрации Исаака, а включил в него пересказ с цитатами письма, которое император посылал провинциальным правителям, приказывая им вести себя честно и воздерживаться от алчности. По выражению Михаила, города, услышавшие «ангельские трубы», воспрянули из мертвых к новой жизни. Несмотря на такое преувеличение, после этого сетования Михаила несколько утихли. Во время правления Исаака единственная проблема, которая усугубилась, это была проблема пиратов, которые однажды серьезно ранили племянника Михаила. Они оккупировали остров Эгину, изгнав с него или сделав пиратами большинство его жителей. Однако делать выводы из молчания Михаила рискованно, так как митрополит, возможно, решил скрыть часть своей переписки или просто престать писать бесполезные жалобы.