Из Родосто император отправился в Кипселу, находившуюся у устья реки Марицы в Южной Фракии, где провел смотр своей армии и разбил лагерь, чтобы дождаться в нем дополнительных войск. Однажды, вероятно 8 апреля, он решил поехать поохотиться в цветущей долине у реки. Его брат, которого он позвал с собой на охоту, отказался его сопровождать, отговорившись нездоровьем, и Исаак поехал всего лишь с несколькими спутниками. Заговорщики сочли момент удачным и собрались в лагере. Они подождали, пока Исаак удалится на расстояние больше полукилометра, и затем привели Алексея в императорскую палатку и провозгласили его императором. На крики собралась вся армия вместе со слугами и советниками Исаака – чиновниками, которые сопровождали его в походе. Так как солдаты были согласны на эти изменения, все остальные были вынуждены поддержать переворот. Тем временем Исаак услышал крики и издалека увидел большое скопление людей, а его слуги принесли ему весть о том, что происходит в лагере. Призвав себе на помощь Иисуса Христа и Богородицу, Исаак хотел совершить нападение на лагерь, но остановился, увидев, что ни один из его спутников не следует за ним. Поэтому он обратился в бегство, переправился через реку Марицу и бежал на запад по главной дороге. Преследователи мчались за ним по пятам, а Алексей, возможно, послал гонцов вперед морем, так как в небольшом порту Макре Исаак был схвачен человеком по имени Пантевген и передан людям его брата. В монастыре в Вере между Макре и Кипселой свергнутый император был ослеплен; позднее он был перевезен во дворец неподалеку от Золотого Рога в Константинополе.
Об Исааке и его достижениях существуют два различных мнения его современников. С одной стороны, просители, обращавшиеся к нему или его друзьям, чрезмерно льстивы: Михаил Хониат в своих письмах и панегирике Исааку потрясен (но не поражен до онемения) величием его первого великого подвига – убийства тирана; такое деяние демонстрирует благоговение императора перед Богом, но не правителями. Он сочетает в себе силу Давида и мужественность с мудростью и образованностью Соломона, и от него текут реки благодеяний и исходят яркие лучи справедливости, которые благословляют и обогащают города провинций. Образованность и военные доблести объединяются в его образе Ангела – просители не устают обыгрывать его фамилию. Никита Хониат в своих речах присоединяется к хору, и аналогичные ноты звучат у Сергия Колибаса, Иоанна Каматира, Евстафия Солунского, Григория Антиоха, Георгия Торника, Иоанна Сиропулоса и других. Победы Исаака виртуозно украшаются, а его поражения обходятся вниманием.
В противовес ораторам Никита Хониат в своей «Истории», написанной после 1204 г., ведет кампанию систематического очернения. Он ни разу не описывает индивидуальность Исаака, разве что в самые неблагоприятные моменты: когда мятежный Врана осаждал столицу, Исаак в отчаянии прибег к молитвам и религиозным обрядам, обращенным к различным святым и другим отшельникам; и во время наступления Фридриха Барбароссы Исаак был жертвой чередующихся приступов безрассудства и страха и полностью доверял пророчествам Досифея. В другие моменты повествование Никиты Хониата скудное с редкими упоминаниями императора. Он обвиняет правителей этого периода в целом, включая Исаака, в пренебрежении государственными делами и утверждает, что они раньше времени возвращались из военных походов, чтобы предаваться удовольствиям в своих дворцах, расположенных на побережье Мраморного моря. В конечном счете Никита минимизирует или обходит молчанием большинство успехов, достигнутых Исааком II. Так как версия ораторов представляет собой излишнюю крайность, то изображенный Никитой в «Истории» характер был признан повсеместно; истина лежит где-то посредине.
То, что Исаак не был совершенно праздным человеком, нерадивым к делам или невоинственным, можно доказать, изучив его правление. Император лично принимал участие в военных походах в 1186 г. (против норманнов в Дурресе), летом 1187 г. (первая война с валахами), осенью 1187 г. (вторая война с валахами), летом 1188 г. (третья война с валахами), в начале лета 1189 г. (против мятежника Манкафы), летом 1190 г. (четвертая война с валахами), поздней осенью и зимой 1190 г. (война с сербами и поход на Белград), в начале весны 1191 г. (пятая война с валахами), поздней осенью 1192 г. (против турок) и, наконец, начал еще один поход против валахов весной 1195 г. В последней части правления происходит отход императора от военной деятельности отчасти из-за его веры в компетенцию полководцев Константина Дуки Ангела и Василия Ватаца, а отчасти под влиянием Константина Месопотамского, который стремился изолировать Исаака от текущих государственных дел. И все же традиция Комнинов, когда император лично возглавлял армию на поле боя, сохранялась. Полководческое искусство Исаака никогда не было вдохновленным, но он не испытывал недостатка в толике успеха для сравнения с поражениями, которые выдвигает на первый план Никита Хониат. Если он бежал от такой полной катастрофы, как разгром в Средна-Гора, его быстрый анализ ситуации и импульсивная безрассудность превратили почти поражение в победу у Лардеи.