Таким образом, Алексей III сумел не сдать своих позиций в борьбе с короткими и плохо продуманными мятежами недовольных Контостефанов и Иоанна Комнина. Придворная знать и крупные землевладельцы, которые неоднократно бунтовали против Исаака II, были удовлетворены своим выдвиженцем. Жители столицы, которые были с Исааком в таких тяжелых ситуациях, как восстание Враны, по-видимому, невзлюбили Алексея III, во время правления которого Никита Хониат не упоминает ни о каких работах на общественное благо, ни об особых привилегиях в противовес щедрости Исаака. Тем не менее те, кто был недоволен, нуждались в руководстве и четкой цели. Наверное, Алексей Дука Мурзуфл надеялся сколотить из них фракцию, в которую их объединила бы общая ненависть к латинянам, но это ему не удалось, возможно, из-за нехватки времени. После 1201 г. в столице было спокойно, быть может, благодаря впечатлению, которое произвели победы императора.
В то время как поддержка Алексея III внутри страны оказалась достаточной, чтобы противостоять этим вызовам, он едва держался на плаву в делах с иностранными государствами. Почти сразу же, как он сел на трон, он столкнулся с затруднительной проблемой. В 1191 г. Кипр был захвачен Ричардом Львиное Сердце, который бросил в тюрьму тирана Исаака Комнина. Теперь Амори де Лузиньян освободил его, наверное, в надежде на то, что Исаак создаст проблемы внутри Византийской империи, тем самым мешая ее любым дальнейшим попыткам вновь обрести Кипр. Исаак Комнин немедленно начал писать письма императору и особенно императрице Ефросинье, с которой он состоял в родстве. Исаак был задет, когда Алексей не принял его посланцев как представителей равного ему соимператора и заявил, что умеет править сам и не нуждается в том, чтобы правили им. Было ясно, что если Алексей допустит его в Константинополь, то будут проблемы. Затем Исаак обратился к различным турецким правителям в Малой Азии, предлагая им на выбор имперские провинции, если они сделают его императором. Но даже они знали его слишком хорошо, чтобы рассматривать его предложения. Вскоре после этого он умер, отравленный, по слухам, по приказу Алексея III.
В это же время император столкнулся с огромным множеством других опасностей, чтобы преодолеть которые ему нужно было трудиться больше, чем Геркулес или Давид, как пишет Никита Хониат в одной из своих речей. Стремясь подкупить германцев на Западе, он искал поддержки у таких относительно малозначимых государств, как Армения и постсаладинский Египет, но все его внимание сосредоточилось на двойной проблеме – валахо-болгарской и сельджукской агрессии.
На момент своего свержения Исаак Ангел собирался возглавить поход против валахо-болгарских мятежников, для которого он набрал новую армию и договорился о помощи венгерского войска в надежде компенсировать жестокое поражение Византии в Аркадиополе. Когда Исаак был свергнут, его императрица-венгерка Маргарита-Мария, вероятно, была отправлена в монастырь, и союз с Венгрией закончился. Распустив войска, которые рады были освободиться от тяжелого похода, Алексей не обратил внимания на опустошения, осуществляемые валахами и их союзниками-куманами. Однако, как только он крепко взял Константинополь в свои руки, он стал искать постоянного мира с валахо-болгарами. Петр и Асень не отвергали его условия сразу же, а ставили свои невыполнимые и позорные условия для Византии, и конфликт продолжался.
Осенью 1195 г., в то время как Алексей Ангел был занят в Малой Азии, валахо-болгары вторглись в регион вокруг Серреса, расположенный к северу-востоку от Фессалоник на южных склонах Родопских гор. Они разгромили византийцев и схватили правителя Алексея Аспиета, после чего император послал на помощь армию спасения под командованием своего зятя Исаака Комнина севастократора, у которого ранее был небольшой опыт войны с валахами. Сначала, по словам Никиты Хониата, враг испугался и нового императора, и его полководца. Когда Исаак узнал, что валахи опустошают долину в низовьях реки Стримона (Струмы) вокруг Амфиполя, он со всей возможной скоростью выступил из Серреса, чтобы перехватить их. Но он так спешил вперед, что и его пехотинцы, и кони были совершенно измучены, и, вместо того чтобы сразиться с врагом, он попал в засаду. Его армия была разгромлена, а уцелевшие солдаты бежали в Серрес со всех ног. Сам Исаак был схвачен куманом, который безуспешно пытался скрыть личность своего пленника. Севастократор был отвезен в Тырново – тогдашнюю столицу валахо-болгар, где приблизительно следующей весной он умер в кандалах.