Несколько запоздало император послал спасательную армию под командованием молодого человека по имени Андроник Дука, которой легко дали отпор туркоманы эмира Арсанеса. В конце лета или осенью 1196 г. Алексей оказался вынужденным лично идти защищать Вифинию от большого числа кочевников, разбивших лагерь вдоль реки Батис неподалеку от Дорилеума. Он продемонстрировал свою силу до Никеи и Бурсы и, возможно, послал туркоманам дары; спустя месяц он вернулся в Константинополь.
Причиной, объяснявшей столь вялую реакцию Алексея на нападение Кей-Хосрова, было то, что события в Конье склонялись в его пользу. Многочисленные сыновья Кылыч-Арслана II не переставая ссорились по поводу своих владений, и молодой Кей-Хосров – отчасти потому, что у него была мать-христианка, – не имел среди них авторитета. После смерти Кылыч-Арслана в августе 1192 г. удача и таланты владыки Токата Рукн ад-Дин Сулеймана II привели к неуклонному росту его владений. В 1197 г., несмотря на победы Кей-Хосрова над Алексеем, Рукн ад-Дин потребовал, чтобы его брат оставил ему Конью, или начнется война. Мол од ой человек, очевидно покинутый своими приверженцами, сдался, бежал и вскоре появился при византийском дворе – убежище изгнанных принцев. Когда Алексей III (который, видимо, имел отличные отношения с Рукн ад-Дином) отказался помогать Кей-Хосрову, тот возвратился в Малую Азию, чтобы там искать помощи, возможно, у туркоманов. Снова получив отпор от Рукн ад-Дина, он отправился в Киликийскую Армению и Северную Сирию. Так и не получив военной помощи, он наконец возвратился в Константинополь, где женился на дочери византийского аристократа из рода Маврозомов, с которой жил до осады 1203 г. Лишь в 1205 г. Кей-Хосров вновь оказался на своем троне в Конье.
Алексей и Рукн ад-Дин поддерживали мир несколько лет, пока последний был занят борьбой со своими братьями. Только в 1200 г. ряд инцидентов привел к разрыву их отношений. Во-первых, поднял восстание правитель фемы Миласса и Меланудион (около устья Меандра) Михаил Дука – незаконнорожденный сын Иоанна (Ангела) Дуки севастократора. Будучи изгнанным из империи, он бежал в Конью, где Рукн ад-Дин, как уже не раз делали сельджуки, дал ему войско, чтобы опустошить берега Меандра. В это время Алексей III вызвал раздражение султана парочкой коварных ударов. Когда однажды торговое судно потерпело крушение в Черном море у Керасунта, император послал Константина Франгопулоса с галерой формально посмотреть, что можно спасти, но на самом деле с поручением грабить корабли, торгующие с Аминсосом – портом, недавно попавшим в руки турок. Этот шаг имел своей целью прекратить торговлю с Аминсосом и обогатить имперскую казну долей награбленного. Этот пират вскоре включил в сферу своих интересов все корабли на Черном море и убил многих своих пленных. Император цинично отказался принимать во внимание жалобы византийских купцов, при этом наполняя свои карманы деньгами от продажи их товаров. Но турецкие купцы обратились к Рукн ад-Дину, и тот потребовал от императора компенсацию. Когда Алексей снял с себя всю ответственность за действия своих подданных, султан повторно потребовал пятьдесят фунтов серебра и прекратил обсуждение условий соглашения, о котором в то время велись переговоры. Алексей поручил некоему Хасисиосу убить султана, но тот был схвачен, а письмо с оговоренными полномочиями – обнаружено. Если Алексей чувствовал себя оскорбленным помощью сельджуков Михаилу Дуке, то Рукн ад-Дин был вдвойне оскорблен византийцами.
При обычных обстоятельствах началась бы полномасштабная война, но у обеих сторон было слишком много других дел, чтобы вступать в серьезный конфликт. Осенью 1200 г. император выступил в поход, чтобы еще раз продемонстрировать свою силу в Вифинии, но не пошел дальше терм в Пифии (очевидно, современный Чекирге неподалеку от Бурсы). Он послал Рукн ад-Дину письмо, призывая султана, согласно автору Евфимию Торнику, заключить мир, или ему придется испытать тяготы войны. Прибыли турецкие послы, которые, по отзывам сенаторов, простерлись ниц у ног Алексея и заключили мирный договор. Полное молчание византийских источников относительно его положений наводит на мысль о том, что договор был неблагоприятным для Византии, но он все же установил мир до конца правления Алексея. Однако Рукн ад-Дин использовал эту возможность, чтобы укрепить Конийский султанат, и сместил Мухий адДина с поста правителя Анкары. Это повторное объединение наследства Кылыч-Арслана II не предвещало ничего хорошего для будущих правителей Византии.