По возвращении императора с этих переговоров произошел ряд инцидентов, которые Никита Хониат счел достойными включения в свою «Историю». В конце года, когда император плыл на корабле из Вифинии, в заливе Астакенос вблизи Никомидии корабль попал в страшную бурю. Ветер дул со всех сторон и нагромождал одну волну на другую. По словам Торника, тогда наилучшим образом проявилось хладнокровие императора, так как посреди этого хаоса он один оставался спокойным, словом и личным примером вселяя мужество в сердца гребцов. Корабль благополучно достиг Принцевых островов и, когда шторм утих, отправился дальше в Халкидон. Император вместе со своей свитой отдохнул там некоторое время перед тем, как отважиться доплыть до столицы, где он отпраздновал свое возвращение турнирами и играми на Ипподроме. Из суеверия Алексей не хотел проводить первую неделю Великого поста в Большом дворце. Когда он спросил у астрологов, когда самый подходящий момент переехать во Влахернский дворец, они решили, что суббота перед Великим постом 3 февраля 1201 г. будет наименее неблагоприятной, особенно если переезд состоится до того, как дворца коснутся солнечные лучи. В назначенный день, когда корабль был готов, родственники императора собрались у его спальни с факелами для процессии. И то ли в результате толчка землетрясения, то ли из-за слабости конструкции пол императорской спальни проломился, и Алексей Палеолог вместе с группой других аристократов упал в образовавшийся провал. Сам император не получил повреждений, но один из евнухов погиб при падении; этим несчастливым происшествием завершился поход Алексея III против турок.
Алексей проявлял осмотрительность и такт по отношению к делам религии. В то время как настойчивое стремление Исаака Ангела назначать патриархов по собственному выбору неоднократно вызывало сопротивление, Алексей был осторожен, но при этом не менее деспотичен. Правящему патриарху Георгию II Ксифилину, который с неохотой принял нового императора, было позволено остаться на престоле. После его смерти 7 июля 1198 г. его преемником стал Иоанн X Каматир (5 августа 1198 г. – апрель/май 1206 г.), который пользовался двойным преимуществом, будучи уже высокопоставленным должностным лицом в патриаршем бюрократическом аппарате (чартофилаксом, отвечавшим за официальные документы и записи в Греческой православной церкви. – Пер.) и близким родственником императрицы. Алексей также имел возможность эффективно контролировать назначения в епископские епархии. Никита Хониат отмечает, что священнослужители, приданные патриархату, были в основном льстивыми слугами императора. Лишь в одном случае Алексей встретил сопротивление церкви: когда он попытался получить аламаникон («немецкий налог», введенный для того, чтобы заплатить императору Генриху VI дань в размере 1600 фунтов золота. – Пер.), церковнослужители столицы присоединились к сенаторам и членам ремесленных гильдий и отказались его платить. Тогда, чтобы удовлетворить требования германского императора, Алексей потребовал у церкви отдать ему золотые и серебряные украшения, не стоящие на алтаре или не используемые во время богослужений. Однако начались такие протесты, что он был вынужден отказаться от своих требований и искать другие источники. Исаак своевольно распоряжался церковной собственностью, но Алексей считал целесообразным воздержаться от этого, так как церковь могла оказать поддержку свергнутому Ангелу и его сыну.
К монастырям Алексей был более снисходителен, чем его предшественник. Только в одном случае он позволил Георгию Ксифилину продолжить сопротивление ставропигиальным («ставропигия» переводится как «установление креста»; этим термином обозначают статус, который присваивается некоторым православным монастырям. – Пер.) учреждениям. 24 февраля 1197 г. епископ Лимни Михаил предстал перед патриархом и синодом, чтобы пожаловаться на то, что в церквях и часовнях, построенных на землях, принадлежавших таким монастырям в его епархии, священники не упоминают его в своих молитвах и он не получает обычный каноникон – ежегодное пожертвование. Патриарх постановил, что монастырь и монастырская церковь подчиняются только ему самому, но епископ сохраняет свою пастырскую власть над другими церквями, построенными на ставропигиальных землях, и должен поминаться во время литургии и получать каноникон. В других случаях во время правления Алексея монастыри неоднократно получали в дар собственность и привилегии. В 1184 г. лавра Святого Афанасия на горе Афон подала жалобу на стратиотов (солдат) фемы Моглена и крестьян, принадлежавших местному епископу, которые не платили десятину, положенную к выплате в страду с земель, которые они получили от монастыря. В октябре 1196 г. император приказал сборщикам налогов в Берое (современная Вероя. – Пер.) и Моглене заставить непокорных заплатить налоги в двойном размере. В том же году некий Алексей Месопотамский, бывший в ссоре с монастырем Святого Павла на горе Латрос, обратился к патриарху с просьбой подтвердить, что этот монастырь находится в патриаршей юрисдикции. Но Ксифилин и судьи велума сошлись во мнениях с его настоятелем в том, что это «свободный» монастырь, подать иск на который можно только в имперском суде. Обширные привилегии были даны Хиланд арскому монастырю, расположенному на горе Афон, который Стефан Неманя (теперь он был монахом по имени Симеон) и его сын Савва собирались превратить в центр сербского монашества: Хиландарский монастырь получил освобождение от контроля со стороны «протоса» горы Афон – официального главы монашеского сообщества и права на ряд других разрушенных монастырей, церквей и их собственность.