Добившись возвращения императрицы, Константин Месопотамский оказался на вершине власти и в результате загордился и стал беспечным. До сих пор будучи довольным своим титулом каниклейоса, хранителя императорской чернильницы – kanikleion, имевшей вид маленькой собачки (canicula, лат.), и церковной должностью чтеца, он теперь согласился подняться по карьерной лестнице от чтеца до дьякона. Сам патриарх Георгий Ксифилин провел эту церемонию и своей властью даровал ему более высокое положение среди дьяконов. Император дал ему знаменитую церковь Богородицы во Влахернском дворце. Приблизительно в это же время он, очевидно, получил должность сакеллария в аппарате патриархата. И хотя законы запрещали такое совмещение гражданской и церковной должностей, патриарха легко убедили даровать такое разрешение любимцу фортуны. Месопотамский ощущал, что может управлять церковью своей левой рукой, а государством – правой, и Михаил Хониат выразил свое восхищение тем, как хорошо он это делал. Он продолжал занимать место рядом с императором, но также пристальное внимание обращал на то, что происходит в патриаршем синоде. Вскоре после того, как он стал дьяконом – в конце весны или начале лета 1197 г., – в Фессалониках освободилось место митрополита, и он был назначен на этот пост.
Никита Хониат пишет, что теперь Месопотамский занимал такое высокое положение, что мог лишь упасть. Летом 1197 г. император собирался выступить в свой второй поход против Хрисоса, засевшего в Просаконе. И хотя новый митрополит боялся выпустить Алексея из виду в это время, он счел своим долгом нанести мимолетный визит в Фессалоники. Какой бы короткой ни была эта поездка, его враги воспользовались возможностью добраться до ушей императора. Во главе с Михаилом Стрифном, чье алчное управление флотом раскритиковал Месопотамский, они легко оказали влияние на императора, и в начале лета тот был лишен своей гражданской должности. Патриарх Ксифилин, действуя то ли из ненависти к павшему министру, то ли по приказу императора, выдвинул канонические обвинения против Месопотамского. Синод отклонил некоторые из второстепенных жалоб и использовал серьезные, которые дали достаточно оправданий для лишения его священного сана. Его братья, которых он продвигал по службе, потеряли свою власть вместе с ним. Месопотамский отправился в ссылку, возможно, в Западную Европу. В неустановленное время, возможно после 1204 г., он был восстановлен в своей должности в епархии Фессалоник.
Его место занял Феодор Эйреникос (Ириник), названный каниклейосом в ноябре 1197 г. О нем отзывались, как о человеке с обходительными манерами, искусном в риторике и не лишенном проницательности. Михаил Хониат называет его всемогущим, более великим, чем те, которых в древности называли «глаза и уши короля». Очевидно, у него был сослуживец, который страдал от постоянного кашля и удовлетворял свою алчность самыми низкими способами, но Никита Хониат не уточняет его имя. Постоянно помня о судьбе своего предшественника, Эйреникос вел себя чрезвычайно сдержанно: он стремился угодить придворной знати, которая желала получать прибыль от своих должностей, при этом боясь своего личного падения, он отвергал реформы, необходимые для спасения империи. На оставшийся срок правления Алексея управление государством находилось в руках жадных и безответственных людей.
Самый известный случай недобросовестного ведения дел связан с флотом. Михаил Стрифн, который своим назначением великим дукой (адмиралом) был обязан своей родственной связи с императрицей, очевидно, находился на этой должности на протяжении всего правления Алексея. По словам Никиты Хониата, он продавал корабли, гвозди, якоря, канаты и паруса, опустошал арсеналы боевых кораблей. В 1196 г. еще существовал флот из тридцати кораблей, готовый дать отпор пирату Гаффорио; но после его уничтожения императору приходилось просить морской помощи у пизанцев, и ко времени начала Четвертого крестового похода в его распоряжении были в лучшем случае двадцать прогнивших и источенных червями плавучих посудин. Верно, что строительству препятствовали имперские лесники, которые, чтобы защитить дичь, отказывались разрешать вырубку леса для нужд флота. Однако основную долю вины следует возложить на Стрифна. Константин Месопотамский обвинял его в корыстолюбии, ограблении государства и крупных денежных растратах, но Стрифн удержался на своем посту, чтобы свергнуть своего противника.