В период между завершением дела лавры в июне 1196 г. и ноябрем 1197 г. император отменил все освобождения от корабельных податей по причине их чрезмерного количества и вреда, который они наносили государственным доходам. Однако в ноябре 1197 г. по просьбе настоятеля монастыря на Патмосе Алексей III возобновил все прошлые хрисовулы, гарантирующие освобождение от налогов на суда этому монастырю, и разрешил монахам иметь небольшое дополнительное судно. В июле 1199 г. Алексей даровал Хиландарскому монастырю право иметь судно средних размеров с полными торговыми привилегиями, хотя его торговля была ограничена побережьем, прилегающим к горе Афон. Попытка сократить, а затем и отменить торговые привилегии монастырей провалилась, потому что правительство было беспомощно перед их авторитетом и прочным положением.
В отличие от Исаака Алексей не мог пользоваться богатствами церкви, поэтому следовало искать другие источники денег, и, испытывая отчаянную нужду, император был вынужден прибегнуть к закулисным средствам. Константинопольские купцы-латиняне были подвергнуты незаконным поборам. Налоги на наследство стали настолько высокими, а методы их сбора настолько жесткими, что одна недавно овдовевшая женщина бежала с имуществом, которое смогла унести. Под незначительным предлогом Алексей захватывал товары византийцев и турок, торговавших с Конийским султанатом, а позднее спонсировал экспедицию Константина Франгопулоса в Черное море; он продавал с выгодой для казны все, что получал в результате своей кровожадной пиратской деятельности. Скаредность императора и его желание сохранить для себя конфискованное имущество довели Камицу до восстания. Такие приемы для достижения цели могли принести лишь весьма кратковременное облегчение, и, в конце концов, это бремя пало на крестьян, и без того испытывавших сильную нужду, за которых тщетно ходатайствовал Михаил Хониат.
Выгоды такого тяжелого налогообложения для государства трудно оценить. Огромная часть налогов, как утверждает митрополит Афинский, оставалась в руках сборщиков налогов, которые часто платили за свои должности авансом теми средствами, которые они наворовали на предыдущих постах. Благодаря доходам, которые все же доходили до столицы, император мог позволить себе провести ряд военных походов. Когда 31 июля 1201 г. толпа, следовавшая за узурпатором Иоанном Комнином, разграбила сокровищницу Большого дворца, говорили, что золото текло из него рекой. Таким образом, существовал резерв, но теперь он оседал в частных карманах. Большая часть доходов тратилась на роскошь: огромную свиту придворных, дорогие украшения, пригородные дворцы и пышные процессии. Налоги были высокими, хотя администрация не использовала свои доходы конструктивно.
Несмотря на неэффективное управление, крах власти Алексея произошел под внешним давлением: когда сбежавший принц Алексей достиг Италии, он обнаружил, что под руководством людей, которые давно уже имели претензии к Византии, собирается крестовый поход. Присутствие молодого Алексея, возможно, если не внушило им идею нападения на Константинополь, то, по крайней мере, укрепило тот план, который у них уже был. Завоевав Зару для Венеции, крестоносцы провели зиму 1202/03 г. на Корфу, где к ним присоединился принц Алексей, и в июне следующего года их флот достиг Босфора. Против мощи крестового похода Алексей III выстоять не мог.