Как только последний испанский солдат покинул территорию уже бывшей «заморской» провинции, земли были заняты марокканскими и мавританскими войсками. 27 февраля 1976 года лидеры Фронта ПОЛИСАРИО, не без согласия своего покровителя — Алжира, провозгласили Сахарскую арабскую демократическую республику (САДР). Первым республику признал Алжир, что вызвало волну негодования Марокко и Мавритании, разорвавших с Алжиром дипломатические отношения.
Противостояние Марокко и Алжира по вопросу Западной Сахары и по сей день остается одной из основ проблемы и причин ее нерешенности. Алжир непреклонно стоит на позициях обязательного предоставления сахарцам независимости и признания их права на самоопределение. Все эти годы Алжир явно и тайно поддерживает повстанцев из Фронта ПОЛИСАРИО, предоставляя свою территорию не только для лагерей беженцев, но и для партизанских баз и штаб-квартиры Фронта.
Сахарские повстанцы начали партизанскую войну против оккупантов и в конце концов вынудили Мавританию уйти с занятых земель. В 1979 году Нуакшот вывел свои войска из южной части Западной Сахары и официально отказался от каких-либо территориальных притязаний. Но освобожденные земли тут же были заняты марокканцами. Оккупация территории была фактически завершена. Со временем сюда переселились десятки тысяч марокканцев, которые теперь претендуют на равное с коренным населением право участия в референдуме по вопросу о самоопределении.
Перманентная война между марокканскими войсками и сахарскими повстанцами продолжалась с переменным успехом до 1991 года, когда уставшие от военных действий стороны, при посредничестве ООН, заключили перемирие. Тогда же была учреждена MINURSO (МООНРЗС) — Миссия ООН по проведению референдума в Западной Сахаре (принципиальное согласие на референдум Марокко и Фронт ПОЛИСАРИО дали еще в середине 80-х). К тому времени САДР уже была признана более чем 50 государствами и рядом международных организаций (на сегодня САДР признали более 80 стран, но среди них нет ни одной европейской, если не считать Албании), в том числе Организацией африканского единства (ОАЕ), членом которой САДР стала в 1984 году (тогда же в знак протеста Марокко вышел из ОАЕ). Первоначально референдум в Западной Сахаре должен был проводиться в январе 1992 года. Но этому не суждено было сбыться. И теперь, видимо, уже никогда.
ООН предпринимала не одну попытку урегулирования конфликта, предлагала сторонам не один план по примирению, назначала не одну дату проведения референдума, не раз продлевала мандат миссии, но все безрезультатно. Основные положения этих планов сводятся к признанию права сахарцев на самоопределение и независимость, отказу сторон от вооруженного решения конфликта, организации и проведению среди жителей территории референдума по этому вопросу, который и должен решить судьбу Западной Сахары.
И здесь возникают первые непреодолимые проблемы. Как определить круг тех, кто имеет право принять участие в референдуме? Последняя перепись населения проводилась испанской колониальной администрацией в Западной Сахаре в начале 1974 года. По тем данным, на территории проживало 73,5 тысячи человек. Сегодня, по разным подсчетам, сахарцев более 300 тысяч. Часть из них живет в Марокко, часть — в странах Западной Европы, в том числе в Испании, часть (более 170 тысяч) — в четырех лагерях беженцев на территории приграничного района Тиндуф в Алжире, часть осталась жить на оккупированной марокканцами территории (более 120 тысяч). Но точное их количество не знает никто. Многие гуманитарные организации (Human Rights Watch, Международная Амнистия, Всемирная организация против пыгок) не раз выступали против невыносимых условий, в которых проживают сахарцы «под марокканцами»: преследования, пытки, исчезновения, нарушения элементарных прав. С другой стороны, на территории самой Западной Сахары ныне проживает значительное число марокканских поселенцев (предположительно 130 тысяч), переселившихся туда после «Зеленого марша» и считающих себя полноправными жителями этих земель.