В мае 1993 года была организована Комиссия МООНРЗС по идентификации, которая начала работу лишь через год в августе 1994-го. В 1997 году тогдашний генеральный секретарь ООН Бутрос Бутрос Гали назначил своим представителем в Западной Сахаре бывшего госсекретаря США Джеймса Бейкера. Он подспудно начал готовить стороны к тому, чтобы обсуждать на переговорах не референдум, ставший камнем преткновения, а, скорее, идею предоставления Западной Сахаре статуса автономии в рамках Марокко. Но Фронт ПОЛИСАРИО и Алжир категорически возражают против автономии как единственного выхода из ситуации и продолжают настаивать на законном праве западносахарцев на самоопределение и независимость.
За год прошло несколько раундов переговоров, в результате которых были подписаны Хьюстонские соглашения, определившие правила репатриации, обмена военнопленными, идентификации лиц, допущенных к участию в референдуме, порядок дислокации войск. К декабрю 1998 года был в целом составлен список лиц, допущенных к участию в референдуме: 147,2 тысячи человек. Но референдум, назначенный на 1999 год, так и не состоялся, во многом из-за многочисленнных — более 80 тысяч — обжалований списка лиц, получивших право участвовать в голосовании, поступивших в первую очередь от Марокко. Дата референдума переносилась несколько раз, но воз и ныне там.
В 2003 году Джеймс Бейкер выдвинул очередной план урегулирования проблемы, названный Plan Baker II. План предусматривает как конечное решение конфликта проведение референдума по вопросу о самоопределении, но вводит пятилетний переходный период, в течение которого Западная Сахара в качестве автономии будет находиться под марокканским суверенитетом. На время автономии проводятся выборы, избирается исполнительный совет с широкими полномочиями, но вопросы государственного флага, валюты, таможни, внешней и внутренней политики, полиции и правосудия переходят в ведение Рабата. План был встречен обеими сторонами враждебно: Рабат считает, что это означает фактическое признание за сахарцами права на самоопределение и потерю Марокко этой территории, руководство Фронта ПОЛИСАРИО — что переходный период автономии может затянуться на десятилетия, напряженность спадет, международное сообщество забудет о проблеме Западной Сахары и в конечном итоге сахарцы вновь окажутся под марроканским игом. Западные страны, в том числе и Испания, в целом поддерживают план Бейкера, поскольку видят в нем возможность сохранить стабильность в регионе, что является главной задачей Запада в этом вопросе.
Таким образом, многолетние усилия и попытки международного сообщества в лице, в первую очередь, ООН найти выход из сахарского тупика пока успехом не увенчались.
Но в последнее время в тупиковой ситуации вокруг Западной Сахары наметились изменения, к сожалению, не в сторону удовлетворения многолетних устремлений сахарцев получить независимость и осуществить свое право на самоопределение. Рабат все настойчивее говорит об автономии как единственном решении конфликта, обещая предоставить сахарцам самые широкие права и полномочия, но в пределах королевства. К этому варианту склоняются и те, кто до последнего времени был если не гарантом, то надеждой народа Западной Сахары, — Испания и ООН.
В середине января 2006 года Рабат в официальном письме генсеку ООН Кофи Аннану заявил, что намерен предложить в апреле новый план по предоставлению расширенной автономии Западной Сахаре (кстати, план так и не был обнародован). Согласно марокканской прессе, это «не тактический маневр для того, чтобы потянуть время, а реалистичный и демократичный план, который позволит ООН найти выход из тупикового конфликта». Детали плана пока остаются в тайне, но неоднократно в марокканской прессе звучали «пояснения»: широчайшая автономия, предусматривающая сохранение и уважение всех политических, экономических, социальных, культурных прав западносахарцев (возможно, настолько максимально широкая, что Рабату останется лишь право решать вопросы государственных герба и флага и армия), и не менее широкая конституционная реформа в самом Марокко, предусматривающая децентрализацию власти и изменение адошнистративного устройства королевства (включая так называемые южные провинции, то есть оккупированную территорию Западной Сахары). Понятно, что это жест в сторону Запада, обеспокоенного ситуацией в самом Марокко, не отличающейся демократичностью. Некоторые западные страны, в первую очередь США, склоняются к тому, чтобы поддержать марокканский план по «расширенной автономии», требуя взамен от Марокко обещания провести в королевстве демократические реформы, включая принятие новой конституции и нового административного устройства страны. Рабатом делаются многочисленные ссылки на федеральное (как в Германии) или автономное (как в Испании) устройство ряда европейских стран, на создание подобия United Kingdom of Morocco или «федерального королевства». Активно обсуждается, какие именно территории стоит включать в зону «расширенной автономии»: только так называемую Западную Сахару (Сегиет эль-Хамра и Уэд Эддахаб) или же расширить эту зону до Уэд Нун и Сиди Ифни, «чтобы охватить всю Сахару, колонизированную ранее Испанией, и все племена».