В 1879 г. алтайскими языками, в том числе и японским, начал заниматься немецкий ученый Генрих Винклер. Касаясь сопоставления лексического материала, ученый отобрал по алтайским языкам 400 основных слов и из них около 100 слов сопоставил на уровне первичных основ или корней. В тех случаях, когда в языках эти основные элементы совпадают и слова отличаются лишь прочими дифференциальными элементами, можно говорить о внутреннем родстве первичных элементов. Он считал это доказательством родства языков в отдаленном прошлом.
Г. Винклер признавал наличие ранних и глубоких расхождений между алтайскими языками, объясняющихся тем, что: «каждая ветвь алтайских языков во всех пунктах грамматики шла своей дорогой». Отметим, что Винклер, учитывая сохранность алтайских языков, скептически относился к идее реконструкции алтайского праязыка, подобно реконструированию индоевропейского праязыка, произведенному А. Шлейхером. Это наблюдается и в работах Д. Шинора, который отказался от реконструкции и предпочел сравнить настоящие суффиксы живого языка без привлечения гипотетических типов, которые увеличивают связанный с сопоставлениями риск. К этому выводу пришел и советский тюрколог А. Н. Самойлович: «Живые диалекты могут обладать большей архаичностью, чем литературные памятники весьма старых языков той же семьи» (А. Н. Самойлович «Турецкие числительные». Стр. 138). Г. Винклер не сомневался, что японский язык по своему внутреннему строю является абсолютно алтайским.
Касаясь истории алтаистики, стоит отметить работу австрийского ученого И. Грунцеля, который составил первый очерк сравнительной грамматики алтайских языков, он так же не сомневался, что японский язык входит в алтайскую семью. Этого мнения придерживался и основатель сравнительно-исторического метода Расмус Раек, основным доказательством считая общность грамматического строя алтайских языков.
Французский востоковед Ж. П. Абель-Ремюза при изучении родства языков, в отличие от Р. Раска, считал, что более верным признаком является общность корней и слов, обозначающих самые важные понятия (степени родства, продукты питания, явления природы и т. д.). Такие слова, по его мнению, в алтайских языках почти не совпадают, а сравнение грамматики указывает на родство. Абель-Ремюза пришел к заключению, что все их родство состоит в аналогии грамматических признаков. На основании этого он установил некоторые общие признаки алтайских языков: агглютинация, стабильность корня, последовательность присоединения морфем, особенности спряжения глагола, место сказуемого, порядок определяемого и определения и т. п. Однако в этих языках встречаются второстепенные понятия, связанные с религией, торговлей и т. д., что свидетельствует об их заимствованиях, переходе из одного языка в другой в результате многосторонних контактов (войны, торговля, политические связи).
Это было одним из первых указаний на типологическое сходство алтайских языков, лексические связи между которыми были объяснены взаимным заимствованием слов.
Можно также указать на исследование Г. Кельгрена, в котором автор исследовал «внутренние законы» алтайских языков с целью выявления древнего родства и пришел к выводу, «что разделение этих языков произошло очень давно, когда грамматика была слабо развита, бедна формами».
Здесь же можно упомянуть немецкого ученого, синолога В. Шотта, который считал, что языки, имеющие общий лексический материал и общие грамматические формы, предстают как дивергирующие ветви одного корня. В своих возражениях Абель-Ремюза, он писал, что несовпадение слов, выражающих самые необходимые понятия, еще не свидетельствуют об отсутствии близкого родства между языками; так, в родственных индоевропейских языках некоторые термины родства, названия частей тела, явлений природы, наименования продуктов питания и т. п. не всегда совпадают (в качестве примера он приводил слова со значениями «сын», «дочь», «сестра», «жена», «небо», «земля», «солнце», «голова», «рот», «камень», «дерево» и т. п.). Поэтому следует, допуская динамику значений и фонетические переходы, сопоставлять не понятия и их обозначения, а искать в языках соответствия во всем их лексическом составе, особенно на уровне корней. Это положение, высказанное уже более полутора веков тому назад, не утратило своей актуальности на сегодняшний момент, поскольку аналитические выражения базируются на сопоставлении подобных слов. В. Шотт «Проблема общности алтайских языков», г. Ленинград, 1971г.). Вообще В. Шотт категорически возражал против допущения, что родство алтайских языков могло возникнуть в результате длительных контактов алтайских народов: «Совершенно невозможно, чтобы данные обстоятельства обусловили родство языков, которые до этого были неродственными». В историко-лингвистических исследованиях В. Шотт широко сопоставлял лексику алтайских языков, включая японский язык.