Иными словами история любого языка требует индивидуального подхода - поскольку это для каждого народа самостоятельный процесс.
Генетические связи японского языка до конца не выяснены. Выделяются два слоя лексики, один из которых имеет параллели в алтайских языках, другой в австронезийских языках; вероятнее, исконен алтайский слой. Грамматическая система сходна с алтайской, но отличается большой флективностью. Система имени агглютинативна. Фонологическая система близка к австронезийской - в начале слова недопустимы стечения согласных. Существует множество глагольных аффиксов. Такова на сегодняшний день официальная научная точка зрения.
Зачатки лингвистических представлений в Японии относятся к VIII веку, когда были созданы древнейшие и крупные литературные памятники, написанные китайскими иероглифами. С IX века существуют национальные системы слогового письма - кана. Под индийским влиянием возникла алфавитная таблица каны — годзюон, отражающая развитие представления фонетической системы.
Знакомство европейцев с японским языком относится к концу XVI века, когда в Японии появились португальские миссионеры. Они же создали первые словари и описали грамматику японского языка. Из-за долгого отсутствия контактов с Японией изучение японского языка в Европе возобновилось лишь в XIX веке (У.Дж.Астон, Х.Чемберлен), в частности в Германии (И. Хофман, Р. Ланге) и т.д.
Р.Э. Миллеру принадлежат исследования о родственных связях японского языка с алтайскими языками. В современной алтаистике в состав урало-алтайских языков включают иногда японский и корейский. С.А. Старостин и Э.Г. Азербаев признают генетическое родство японского и алтайских языков.
В тюркологии производились сравнительные исследования фонетики и морфологии японского и тюркского языков Э.Г. Азербаевым, который рассматривает японо-тюркские взаимосвязи как отношения между двумя самостоятельными ветвями алтайской семьи.
К.С. Кадыраджиев считает, что тюркские и японо-корейские языки являются близкородственными. В частности, японский, рюкюсский и корейский языки составляют отдельную подгруппу тюркских языков. По мнению К.С. Кадыраджиева в тюркском и японском языках присутствуют такие специфично тюркские элементы и явления, которые отсутствуют в других алтайских языках и происхождение которых связано с развитием общего пратюркского языка (К.С. Кадыраджиев, д.р., с.19).
Современная алтайская семья языков включает в свой состав тюркские, монгольские, тунгусо-маньчжурские, корейские и японские языки. Во многих исследованиях родство алтайских языков признается (Поливанов), впрочем есть и противники такого взгляда (Дёрфер, Щербак).
Изучение японского языка в нашей стране сталкивается со многими трудностями, основная причина которых - отсутствие в России переводов многих материалов, связанных с историей и лексикографией японского языка. Тем не менее эти вопросы продолжают изучаться и ставиться во многих российских и зарубежных исследованиях: А.Боллер, И.Розни сопоставили японский язык с финским и турецкими языками. М.Рясенен проводил исследования связи японского языка и фольклора с урало-алтайскими, Мураяма изучал проблемы японистики и алтаистики и исследовал монгольские и японские связи, Одзава «урало-алтайский слой японского языка», Н.А.Сыромятников японско-тюркские, японско-монгольские и японско-тунгусо-маньчжурские параллели, К.С.Кадыраджиев написал сравнительно-историческую грамматику японского и тюркских языков.
Необходимо отметить в самой Японии изучение алтайских и тюркских языков постепенно расширяется.
В настоящее время в японистике ставятся такие вопросы как алтайская лингвистика, сравнение алтайской и тюркской лексики, этимология ряда японских терминов имеющих связь с алтайскими основами; термины родства как лексическая система в тюркском, корейском и японских языках, отношение японского языка к рюкюскому, корейскому и алтайским языкам и т. д.
Стоит отметить имена японских ученых, которые внесли большой вклад в изучение алтаистики: Мицухаси, Мори, Мураяма, Номура, Одзава, Осада, Сибада Нобуо.
Несмотря на многие исследования, ученые не пришли к единому мнению происхождения японского языка. На данный момент существуют три основные гипотезы происхождения японского языка:
1. Малайско-индонезийская (Рамстедт, Поливанов)
2. Урало-алтайская (Хаттори, Сыромятников)
3. Изолированный отдельный язык (Фельдман). Предпочтение все же отдается урало-алтайской теории. По всей видимости нужно согласиться с историком Эгами Номио, который писал «Чем глубже мы заглядываем в историю, тем яснее и теснее оказываются связи Японии с азиатским материком».