В отечественной алтаистике родство японского и алтайских языков признается, хотя относительно японско-тюркских взаимосвязей отмечается, что они весьма отдаленные (Азербаев).
По мнению К.С.Кадыраджиева решение проблемы родства японского и алтайских языков заключается в определении его характера. Следует ответить на вопрос: родство на уровне ветви или семьи?
Современные исследователи, признавая родство японского и тюркских языков, имеют в виду именно родство семейное, на уровне взаимоотношения, например, между алтайскими и уральскими. С.К.Кадыраджиев полагает, «указанные языки (япон., кор.) могут быть объединены в одну ветвь с тюркскими языками, но не включаются в состав других известных алтайских или уральских ветвей, так как корейский и японский язык обладают общими специфическими чертами с тюркскими языками в фонетике, морфологии и лексике отсутствующими в других ветвях урало-алтайской семьи.
Многими исследователями давно высказана мысль о миграции японцев на острова с материка.
Древнейшим населением Японии являются племена айнов, язык которых совершенно отличается от современного японского языка.
Предполагается, что вслед за айнами появляются индонезийские племена. В неолите возникает культура яёй в I веке до н.э. На рубеже 11-111 века н.э. культура яёй сменяется культурой кофун (курганов).
Эпоху курганов принято делить на два равных периода: ранней курганной культуры (с конца III в. до третьей четверти IV в.) и поздней курганной культурой (с последней четверти IV до второй половины VII в.).
При этом, как отмечает Н.Н.Лисовой: «Между этими периодами наблюдается настолько значительные идеологические и художественные различия, что едва ли они могут представлять единую линию развития» (Н.Н. Лисовой, ук.р., с.274).
Необходимо также, отметить влияние материкового Китая на духовную культуру (буддизм, конфуцианство), проникновение китайское письменности и идеологии в Японию и Корею.
К примеру только в корейском языке 75 процентов китайских слов («Вопросы языкознания», №5, 1957 г., с.67). Не избежал этого влияния и японский язык. Но связь эта не генетическая, а результат многовекового контакта.
В то же время никакой общности корневого состава в слое исконно японской лексики и никакого сходства в грамматическом строе между японским и китайскими языками не существует.
Установлено всестороннее сходство корейского и японского языков (типологическое). Корневая общность прослежена до 300 слов (Сусуму).
В монгольских языках выявлено около 250 общих корней с японским языком (Мураяма).
В работах Н.А. Сыромятникова приводится более 120 японско-тюркских параллелей.
К.С. Кадыраджиев установил более широкие связи между японским и алтайскими языками.
Очень интересен вывод X. Идзуми, который пишет: «Японский язык, вернее его основа, вряд ли сформировались на какой-то части материка, протояпонский язык, очевидно, пришёл на острова, когда здесь наверное уже были в ходу, в особенности в западной части, языки южного происхождения. При этом японский, заняв господствующее положение по отношению к этим языкам, ассимилировал их и сам при этом претерпел изменения».
С. Оно полагает, что «наиболее велика вероятность одинакового происхождения корейского и вообще алтайских языков. Вместе с тем, в лексике, заметны включения из аустрических языков».
Как мы видим ученые пока не пришли к единому мнению: это генетическое родство или сопоставимо с теорией Г.Шухарда о языковом смешении. На примере монгольского языка, где множество слов являются просто древнейшими заимствованиями из пратюркского и тюркских диалектов, а в тунгусо-манчьжурских языках - как последующие их заимствования из монгольского языка.
Гипотезу о родстве тюркского и японского языков нельзя считать полностью доказанной из-за отсутствия достаточно объемно реконструированной системы праязыка, способной объяснить все структурные и материальные различия и схождения, но нельзя считать ее и несостоятельной, ввиду множества совпадений, в том числе и с карачаево-балкарским языком.
По-видимому, следует различать следы древнейшего культурного родства языков и поздние заимствования. Сходство, не только в корнях но и в некоторых формах грамматики, вряд ли может быть результатом случайности.
Н.И. Фельдман полагает, что высказывания о миграции предков японцев с материка принадлежат историкам, а археологи представили ее только в порядке гипотезы.