1 декабря (18 ноября) поздно вечером состоялось расширенное заседание Исполкома Могилевского совета рабочих и солдатских депутатов. В ночь на 2 декабря (на 19 ноября) Исполком признал власть Совнаркома РСФСР. Власть в городе и контроль над Ставкой перешли в руки Военно-революционного комитета (ВРК), созданного из представителей могилевского гарнизона и Западного фронта. ВРК объявил себя высшей властью в Могилеве.
2 декабря (19 ноября) приказом Могилевского ВРК № 8 генерал Н. Н. Духонин был взят под домашний арест, с исполнением служебных обязанностей до вступления в должность нового Верховного главнокомандующего — прапорщика Н. В. Крыленко.
Но перед этим генерал Духонин успел послать приказ в город Быхов об освобождении находившихся там под арестом участников мятежа в августе 1917 года: генералов Л. Г. Корнилова, А. И. Деникина, других генералов и офицеров. Они с четырьмя эскадронами текинцев (бывшим конвоем главковерха Корнилова, а после — охраной его тюрьмы, здания женской гимназии) сельскими дорогами стремительно прошли в Украину, а оттуда железнодорожным эшелоном уехали на Дон. Таким образом, Духонин спас Корнилова и его соратников от самосуда матросов и красногвардейцев.
Утром 3 декабря (20 ноября) 1917 года Крыленко прямо с вокзала прибыл в помещение ВРК, где был встречен оркестром, исполнившим «Марсельезу». После этого он отправился в Ставку для фактического вступления в должность.
Вечером 3 декабря (20 ноября) в штабной вагон Крыленко привезли Духонина, якобы «для обеспечения его безопасности надежным караулом матросов с крейсера «Аврора»». По поводу дальнейших событий газета «Правда» (центральный орган партии большевиков) писала 5 декабря (22 ноября) 1917 года:
«Возбужденная толпа окружила вагон главноверха и потребовала выдачи Духонина. Крыленко с чинами своего штаба выехал на вокзал, решительно прорвался в вагон и произнес горячую речь против самосуда. Убежденная доводами толпа разошлась. Но через полчаса снова возбужденные группы матросов и солдат собрались около вагона, и вскоре многотысячная толпа, возбужденная известием о побеге Корнилова и других контрреволюционеров, стала осаждать вагон. Защищавшие своей грудью генерала Духонина с риском для жизни Крыленко и чины его личного штаба генерал Одинцов и матросы «Авроры» были смяты, обезоружены, оттеснены. Генерал Духонин вытащен разъяренной толпой и убит».
Так писала «Правда». А. Г. Лелевич сообщает другие подробности, ссылаясь на воспоминания железнодорожного служащего Евгения Прокопца, который в тот вечер был на вокзале:
«Когда я вышел на перрон, мне сразу бросился в глаза поезд, состоящий из классных вагонов. Перед ним волновалась толпа, залившая перрон. В толпе то тут, то там мелькали бурые папахи матросов. Говорили, что в одном из вагонов находится арестованный генерал Духонин. Раздавались угрожающие возгласы, требующие немедленного расстрела пленника. После одного такого восклицания группа матросов зарядила винтовки и подступила к вагону, в котором помещался Духонин. Однако стоящий у вагона матросский же караул не пустил их в вагон. Я обошел поезд и подошел к вагону с другой стороны. Здесь тоже волновалась громадная толпа. Обращало на себя внимание почти полное отсутствие так называемой «чистой публики». Толпу составляли крестьяне, матросы, солдаты, всё прибывавшие с воинской платформы.
И тут раздались восклицания, требующие расстрела Духонина. При этом ссылались на только что полученное известие о побеге Корнилова из Быхова. Товарищи, командующие караулом вагона, просили толпу ничего не предпринимать до приезда товарища Калинина и мичмана Павлова. Вскоре на площадке вагона появился молодой бритый человек в форме морского офицера — мичман Павлов. Он произнес несколько слов, пытаясь успокоить толпу. Далее на той же площадке появился тов. Крыленко, произнесший речь. Он говорил медленно, отчеканивая каждое слово, пытаясь успокоить толпу. Его речь была удивительно популярна, проста и понятна для всех. Он говорил, что Духонина надо отвезти для суда в Петроград, что самосуд будет носить характер простого убийства, пятнающего честь советской власти, что к Духонину они ворвутся только через его труп.
Толпа потребовала, чтобы ей показали Духонина. И вот рядом с тов. Крыленко появилась фигура со взъерошенными волосами, красным мясистым лицом и черными усами. Плачущим голосом Духонин начал: «Дорогие товарищи!» Но буря криков, свист, хохот толпы не дали ему продолжать. Тогда он снова исчез в вагоне. Ушел и товарищ Крыленко. Толпа начала расходиться.