Она действовала достаточно активно. Однако специфика войны на реках состоит в том, что речные суда способны лишь оказывать поддержку своим сухопутным войскам. Стратегического значения действия Западно-Двинской флотилии не имели. Флотилия была расформирована в ноябре 1920 года.
Днепровская флотилия (ДФ)
Активно действовала на Западном и Юго-Западном фронтах (Днепр в районе Киева и река Припять на Полесье).
Флотилию создали в марте 1919 года на базе отдельного отряда кораблей, входившего в состав Западного фронта — для борьбы с Добровольческой армией белых. В нее вошли 7 канонерок и 10 «бронепароходов» (те и другие — вооруженные колесные пароходы), 5 сторожевых судов, 6 бронекатеров, несколько тральщиков.
Командовали флотилией А. В. Полупанов (до сентября 1919 г.) и П. И. Смирнов (с сентября 1919 по декабрь 1920 г.).
В 1919 году часть судов ДФ вела бои с польской Пинской флотилией на Припяти и поддерживала части 12-й армии в районе Припяти. Весной 1920 года ДФ насчитывала до 40 единиц, в том числе 18 канонерок, 10 сторожевых кораблей, 4 бронекатера и другие. Большинство ее кораблей было вооружено двумя трехдюймовыми (76-мм) орудиями и четырьмя пулеметами. На некоторых были установлены 120-мм морские орудия.
Серьезной проблемой являлся недостаток личного состава и его недисциплинированность. Из старого состава флотилии, переданной командующему флотилией приказом от 8 сентября 1919 года, до 700 человек пришлось списать в штрафные батальоны за бандитизм и другие преступления. Командованию пришлось искать бывших моряков в армии, в гражданских учреждениях и среди населения Гомельской, Киевской и Черниговской губерний. Тем не менее, флотилия была укомплектована экипажами только к маю 1920 года. Десантный отряд должен был состоять из 500 штыков, 150 сабель и четырех 76-мм горных пушек, но имелось лишь 100 штыков и 10 сабель. Десантники якобы несли гарнизонную службу в Киеве, а на самом деле, как сообщали сотрудники особого отдела, «пьянствовали с проститутками».
Флотилия использовалась в боях против армии Деникина, участвовала в боях против антибольшевистских отрядов Богунского, Григорьева, Зеленого, Струка. Ее суда поддерживали сухопутные войска огнем, высаживали десанты. Моряки флотилии охраняли мосты, обеспечивали переправу войск.
С началом наступления поляков канонерки, бронепароходы, сторожевые суда и бронекатера действовали на Припяти и Березине. Они вели перестрелки с польскими батареями, перевозили войска, высаживали тактические десанты, поддерживали огнем свои части, действовавшие на берегу. Одним словом, вели будничную боевую работу, то добиваясь успехов, то терпя поражения. Стратегического значения действия флотилии не имели.
При подходе поляков к Киеву перед командованием флотилии встал вопрос: куда уводить корабли? Было два пути — на север и на юг. На север можно было уйти в Гомель на реке Сож или в Макошино на реке Десна. На юге хорошей базой был Екатеринослав (ныне Днепропетровск). Но командование флотилии опасалось захвата его войсками Врангеля.
В конце концов, командир флотилией П. И. Смирнов приказал разделить флотилию на три отряда: 1-й (Березинский), 2-й (Сожский) и 3-й (Южный). На Березине остались 3 канонерки, 2 сторожевика, один бронекатер. В Гомеле базировались 7 канонерок и пароходов, 3 тральщика, 2 бронекатера, десантный отряд. На юге (в районе Екатеринослава) — 8 канонерок и пароходов, 2 бронекатера, тральщик, сторожевик.
В мае 1920 года Красная Армия ушла из Киева на левый берег Днепра. Флотилия 6 мая ушла вверх по Днепру, к Лоеву. Благодаря огневой поддержке флотилии все атаки поляков на Лоев были отбиты. Тем не менее, по приказу командования 12-й армии Лоев был оставлен, а мост взорван. При этом его центральная ферма обрушилась и загородила фарватер. После подрыва моста флотилия вошла в Сож.
Перед началом наступления Красной Армии в июне 1920 года на Киевском направлении Днепровской флотилии была приказано поддерживать группировки 12-й армии. Одна из них должна была форсировать Днепр у Припяти и наступать на Коростень, другая — наступать по правому берегу на Васильков — Фастов. Однако на пути флотилии находился Лоевский мост, неудачно взорванный своими же саперами. Перед началом прорыва была произведена проверка разрушенного моста разведчиками, которые ночью пробрались к мосту и произвели обмеры. Оказалось, что суда могли пройти «в притирку».