Провозглашение независимости Индонезии создало неожиданный и неприятный для западных союзников прецедент. Так как английские войска были заняты подготовкой к высадке в Сингапуре и боевыми действиями в Восточной Бирме, немедленный десант в Индонезии был малореален. Конечно, Сингапур и Малайя для англичан были куда более важной и нужной целью, чем голландские владения. К тому же, хотя формально Южная армия маршала Тераути капитулировала, реакция японцев в Индонезии была непредсказуемой: английское командование уже сталкивалось со случаями, когда японские части даже по получении приказа о капитуляции продолжали сопротивление.
Не имея возможности ввести свои войска в страну немедленно, лорд Маунтбеттен счел за лучшее послать маршалу Тераути телеграмму, в которой возлагал ответственность за поддержание порядка в Индонезии до прихода туда союзных войск на японские войска. Одновременно Маунтбеттен направил в индонезийскую столицу миссию адмирала Петерсона, которая должна была проследить, чтобы японцы не капитулировали перед «самозванцами». Прибыв в Джакарту 15 сентября на крейсере «Кэмберленд», Петерсон, к своему удивлению, обнаружил, что Республика Индонезия уже существует, причем не только в Джакарте, но и в провинциях, где действует гражданская администрация. Созданы министерства и ведомства и даже гражданская полиция.
Адмирала Петерсона больше всего волновала судьба Сурабаи — крупнейшей морской базы и порта, нормальная работа которого была необходима для беспрепятственной высадки английских войск. Однако заставить японский гарнизон Сурабаи продержаться до подхода англичан не удалось: японцы наотрез отказывались сражаться и к концу сентября сдались индонезийским отрядам. Английское командование сделало выговор японскому коменданту, но Сурабаю этим, разумеется, вернуть не удалось.
29 сентября первый английский десант наконец высадился в Джакарте. Десант был невелик и не имел полномочий бороться с индонезийцами. Его командир генерал-лейтенант Кристисон сделал официальное заявление, что десант прибыл для того, чтобы разоружить японцев. В то же время Кристисон от имени Великобритании признал правительство Индонезии де-факто. Сукарно, выступая 2 октября, обратился к индонезийцам с просьбой сохранять спокойствие. Если цели англичан таковы, как официально объявлено, то индонезийское правительство им препятствовать не будет.
Но все было не так просто. Петерсон все еще оставался на Яве. По должности он был выше генерала Кристисона и дезавуировал его, заявив, что признание Кристисона не означает признания правительства в Джакарте Великобританией. Он добавил, что английские войска будут поддерживать в стране порядок до тех пор, пока не начнет функционировать законное правительство Нидерландской Индии.
4 октября до Джакарты наконец добрался ван Моок и занял губернаторский дворец. В тот же день с новой партией английских десантников прибыли и первые голландские части, переброшенные из Европы. Для голландских и английских солдат все было просто: индонезийцы, захватившие власть, сотрудничали во время войны с японцами, теперь тех и других необходимо разоружить.
Сукарно понял, что молодая республика должна защищаться сама — никто не придет к ней на помощь. Поэтому 5 октября был опубликован президентский декрет о создании Национальной армии Индонезии, костяк которой должны были составить части ПЕТА. Этот декрет запоздал на полтора месяца — если бы подобное предложение молодых радикалов было принято в середине августа, правительство могло бы уже сделать немало для создания собственных вооруженных сил. Теперь же оказалось, что армия плохо вооружена, слабо организована, и, хотя численность ее была велика, армией как таковой она еще не стала. К тому же и отряды ПЕТА далеко не все сохранились в первозданном виде — при распадении японской оккупационной машины многие солдаты, которые были мобилизованы насильно, покинули батальоны ПЕТА и разошлись по домам.
Таким образом, времени для создания вооруженных сил, которые могли бы защитить республику, не оставалось. У союзников с окончанием войны высвободилось достаточно войск, которые можно было бросить на «наведение порядка» в Индонезии. Голландские власти отказывались вступать в какие-либо контакты с правительством республики и в то же время лихорадочно нащупывали связи с политиками, на которых можно было бы опереться. Обвиняя Сукарно и Хатту в коллаборационизме, они старались подорвать позиции руководства республики.
В последних числах октября наступил кризис. Понимая, что для дальнейшего контроля над страной необходимо овладеть морской базой в Сурабае, англичане 25 октября высадили там войска. Одним из первых их действий была замена индонезийских флагов английскими и введение военного положения. Однако на требование сдать оружие индонезийские отряды ответили отказом, и начались бои, длившиеся с перерывами целый месяц. Обороной Сурабаи начался новый этап в истории молодой Индонезийской республики — война за независимость.
Захват летом 1944 г. американскими войсками Марианских островов, заметно ухудшивший стратегическое положение Японии, создал целый ряд новых возможностей для союзников. Изучив обстановку, американский Комитет начальников штабов пришел к выводу, что после высадки на о-ве Лейте в самом центре Филиппин и отвлечения к этому пункту основных японских сил должен быть нанесен удар по Тайваню. Это был смелый план: в случае его успешного осуществления война немедленно переносилась к берегам Японии, а японские войска в Китае и Юго-Восточной Азии отрезались от метрополии. Однако против этого плана выступил генерал Макартур, считавший необходимым сначала овладеть Филиппинскими островами. Возвращение на Филиппины освободителем от японцев было для Макартура делом престижа — он обещал, что вернется, когда улетал с Батаана, оставляя свою армию сражаться в безнадежной битве, и он должен был вернуться. «Филиппины, — писал он в Вашингтон, — это американская территория, где наши лишенные поддержки части были уничтожены врагом. Практически все 17 миллионов филиппинцев остаются верными Соединенным Штатам и терпят невероятные угнетения и страдания из-за того, что мы не смогли оказать им защиты и поддержки. Мы обязаны выполнить наше великое моральное обязательство... Более того, если Соединенные Штаты сознательно пройдут мимо Филиппин, оставив наших военнопленных, интернированных лиц и лояльных филиппинцев во вражеских руках, даже не попытавшись спасти их, мы нанесем глубочайшую психологическую травму и признаем правдивость японской пропаганды, утверждающей, что мы покинули Филиппины на произвол судьбы и не намерены проливать кровь американцев ради их освобождения».
Генерал Маршалл в ответном послании настойчиво рекомендовал Макартуру не позволять, «чтобы личные чувства и вопросы филиппинской политики» застилали основную цель — выиграть войну с Японией. Маршалл пытался убедить Макартура, что высадка на Тайване призвана ускорить падение Японии и отнюдь не означает предательства по отношению к Филиппинам. Однако Макартур не сдался — он обратился прямо к президенту США, хорошо понимая, что соображения внутренней политики (Рузвельт как раз в те дни был выдвинут кандидатом в президенты на четвертый срок) резко усиливают его позицию. Уединившись с президентом на борту крейсера «Балтимор», он смог преодолеть сопротивление верховного командования. Высадка на Лейте с последующими десантами на Минданао и Лусон и маршем на Манилу была назначена на 20 декабря 1944 г. Началась подготовка к самой грандиозной из десантных операций на Тихом океане.
Императорский штаб в Токио в те дни также старался угадать, где будет нанесен следующий удар. Рассматривались различные варианты, в том числе высадку на Филиппинах, на Тайване и даже на Окинаве (последний вариант рассматривали и американцы). Комплекс действий по отражению высадки был торжественно наименован «Се-Го» (Операция «Победа"), однако всем было ясно, что ни о какой победе речи уже быть не может.