Так как наиболее вероятным объектом американской высадки были все же Филиппины, решено было именно там дать последний и решительный бой. При этом сразу же обнаружилось принципиальное противоречие между ставкой и командованием на Филиппинах. Последнее намеревалось дать решительное сражение на о-ве Лусон, разветвленная дорожная сеть которого позволяла быстро перебрасывать подкрепления в любую точку. Ставка же была уверена в том, что сражение будет выиграно еще до высадки с помощью авиации и флота, — голые цифры числа самолетов и кораблей внушали уверенность в том, что, собрав все силы, можно будет добиться решительного превосходства над американцами. Более того, явно занизив возможности американцев, японская ставка предположила, что десант на Минданао последует в январе 1945 г., а на Лусон — не ранее марта.
Подготовка к высадке на Лейте проходила по всему Тихому океану. Ее целью было разрушить коммуникации японских войск и уничтожить их авиацию не только на Филиппинах, но и на других японских базах, которые после падения Сайпана были в пределах досягаемости. 6 сентября 1944 г. начались налеты на о-ва Палау, расположенные в 550 милях к востоку от Минданао, 9 и 10 сентября подвергся массированным налетам сам Минданао, затем последовали атаки на Окинаву и Тайвань. В воздушные бои над Тайванем, начавшиеся 12 сентября, были впервые вовлечены японские истребители, базировавшиеся в самой Японии. За три дня этих боев 2-й воздушный флот Японии был разгромлен, потеряв более 300 самолетов. Поэтому неудивительно, что когда маршал Тераути, под номинальным руководством которого находились войска на Филиппинах, старался уверить подчиненных, что воздушный флот выполнит свою задачу, генерал-лейтенант Курода заметил: «Концепция победы в воздухе сама по себе замечательна. Но нельзя воевать одной только концепцией. Словами не потопишь американские корабли, и это становится ясно, когда начинаешь сравнивать нашу и американскую авиацию».
Командующий армией, которая должна была защищать Минданао и соседние острова, генерал-лейтенант Судзуки ранее других японских командиров предположил, что высадка состоится на о-ве Лейте, громадная бухта которого, могла вместить любое число десантных судов, а расположение острова в центре архипелага позволяло затем в случае успеха выбирать наиболее удобные цели. Он даже перебазировал часть своих войск к бухте, но дальнейшему укреплению японских позиций воспрепятствовали свои же собственные паникеры. 10 сентября наблюдательный пункт в бухте Давао на юге Минданао сообщил, что началась высадка американского десанта, во главе которого движутся тысячи танков-амфибий. Прежде чем удалось сообразить, что перепуганные наблюдатели приняли за танки буруны в бухте, резервная дивизия была уже переброшена на юг Минданао, оголив таким образом Лейте.
Указанный эпизод весьма характерен для обстановки, царившей в эти дни в японской армии, которой все больше овладевала истерия. Выражалась она в многочисленных формах — и в самоубийственных атаках «камикадзе», и в роковой обреченности бессмысленных сражений «до последнего человека», и в нелогичных метаниях командования, бесцельно перебрасывавшего свои дивизии. Выражением этой истерии была и слепая вера в самые дикие слухи, которая может быть сравнима с такой же верой гитлеровцев в последние дни войны, надеявшихся то на «секретное оружие», то на армию Венка, которая должна освободить окруженный Берлин. Точно так же в Токио, когда в битве над Тайванем был разгромлен 2-й японский воздушный флот, поверили в сообщения о великой победе японской авиации, уничтожившей американские воздушные силы.
В этой обстановке острова на подходе к Филиппинам с такой неожиданной легкостью перешли в руки американцев, что американское командование перенесло высадку на Лейте на 20 октября. В ходе подготовки к высадке 12 октября последовали два крупных налета на Лусон и Тайвань. Японцам удалось поднять в воздух 230 истребителей, но превосходство американцев в технике и мастерстве пилотов было столь велико, что в воздушных боях практически все японские истребители были сбиты. По выражению командовавшего этим боем японского вице-адмирала Фукудоме, японские истребители были схожи с яйцами, «которые кидали о каменную стенку». Попытка японских бомбардировщиков ночью уничтожить американские корабли у Тайваня также не увенчалась успехом. Однако желание победить и отсутствие боевого опыта у пилотов-новобранцев привели к тому, что возвратившиеся бомбардировщики сообщили о крупнейшей победе в истории Японии. Атак как американский флот, выполнив свою задачу, ушел от Тайваня и обнаружить его не удалось, японское командование предпочло поверить в столь желанную победу. В результате 16 октября, всего за четыре дня до начала высадки американских войск на Филиппинах, в Токио было опубликовано официальное коммюнике, в котором сообщалось, что в результате грандиозной победы у берегов Тайваня потоплено 11 вражеских авианосцев, два линкора и т. д. В коммюнике признавалось, что 312 японских самолетов не вернулись с задания, но эти потери казались столь незначительными по сравнению с потерями американского флота, что император объявил о проведении специального торжества.
17-19 октября небольшие десанты американцев заняли несколько островков в бухте Лейте и установили там маяки для флотилии вторжения. Японское командование получило сообщения находившихся на этих островках постов о том, что они подверглись нападению, но, будучи убеждено, что после разгрома американского флота у Тайваня опасность для Филиппин ликвидирована, восприняло их как очередные проявления паники. К тому же над бухтой навис густой туман, и японские самолеты не смогли установить, есть ли в том районе противник.
19 октября американская армада в составе 420 транспортов и 157 военных кораблей вошла в бухту Лейте и тяжелые морские орудия начали громить прибрежные позиции японцев. Одновременно американские самолеты добивали остатки японской авиации на Лейте и Минданао. Канонада продолжалась и на рассвете 20 октября, когда почти без помех первые транспорты достигли берега. Американский и филиппинский солдат установили на берегу флаги США и Филиппин.
Генерал Макартур спустился в катер и направился к транспорту «Джон Ленд», на борту которого из США привезли президента Филиппин Осменью (он занял этот пост после смерти Кесона) и генерала Карлоса Ромуло. «Карлос, мой мальчик! закричал генерал, поднимаясь по трапу. — Вот мы и дома!" Президент Осменья вежливо улыбался. Для него участие в предстоящей церемонии не было столь желанным, как для Макартура. Менее всего он хотел быть привезенным в обозе победителя. Лишь после личного обращения президента Рузвельта Осменья согласился на такой шаг.
Вскоре торжественная толпа сановников и генералов, окруженных множеством репортеров, спустилась на изрытый снарядами пляж. Слышалась артиллерийская канонада — это американские десантники выбивали японцев из провинциального центра Таклобан. Макартур присел на поваленное дерево и, спросив президента: «Как вам нравится дома?", не дожидаясь ответа, продолжал: «Как только мы возьмем Таклобан, я передам вам филиппинскую администрацию. Наверное, это случится скоро — события развиваются по нашему плану».
Город был взят на следующий день, а 22 октября состоялся запланированный торжественный митинг. На митинге со ступеней провинциального дворца под далекий шум канонады Макартур объявил ликующим филиппинцам: «Я вернулся!" Свидетели этого события утверждают, что генерал находился в состоянии эйфории. Он передал власть над освобожденными территориями престарелому президенту. После этого американцы расселись по джипам и умчались делать историю дальше, а всеми забытый президент Филиппин остался стоять на ступенях. Какой-то молодой американский офицер, задержавшийся на площади, предложил подвезти его в своем джипе. Президент согласился и отправился искать себе место для ночлега.
Когда масштабы американского вторжения на Филиппины уже не вызывали никаких сомнений, в Токио решили немедленно бросить к архипелагу все имеющиеся у империи морские силы. Местом сражения была избрана бухта Лейте, в которой было решено запереть, как в ловушке, и уничтожить американский флот и транспорты с войсками. Очевидно, этот план имел бы смысл, если бы его осуществление началось на несколько дней раньше. В сложившейся же ситуации, даже если бы японскому флоту удалось прорваться в бухту, эффект от такой победы был бы невелик. Транспорты уже выгрузили войска и снаряжение, а боевые корабли, выполнив свою задачу, вышли из бухты и заняли позиции для отражения возможного японского нападения.