4 октября до Джакарты наконец добрался ван Моок и занял губернаторский дворец. В тот же день с новой партией английских десантников прибыли и первые голландские части, переброшенные из Европы. Для голландских и английских солдат все было просто: индонезийцы, захватившие власть, сотрудничали во время войны с японцами, теперь тех и других необходимо разоружить.
Сукарно понял, что молодая республика должна защищаться сама - никто не придет к ней на помощь. Поэтому 5 октября был опубликован президентский декрет о создании Национальной армии Индонезии, костяк которой должны были составить части ПЕТА. Этот декрет запоздал на полтора месяца - если бы подобное предложение молодых радикалов было принято в середине августа, правительство могло бы уже сделать немало для создания собственных вооруженных сил. Теперь же оказалось, что армия плохо вооружена, слабо организована, и, хотя численность ее была велика, армией как таковой она еще не стала. К тому же и отряды ПЕТА далеко не все сохранились в первозданном виде - при распадении японской оккупационной машины многие солдаты, которые были мобилизованы насильно, покинули батальоны ПЕТА и разошлись по домам.
Таким образом, времени для создания вооруженных сил, которые могли бы защитить республику, не оставалось. У союзников с окончанием войны высвободилось достаточно войск, которые можно было бросить на "наведение порядка" в Индонезии. Голландские власти отказывались вступать в какие-либо контакты с правительством республики и в то же время лихорадочно нащупывали связи с политиками, на которых можно было бы опереться. Обвиняя Сукарно и Хатту в коллаборационизме, они старались подорвать позиции руководства республики.
В последних числах октября наступил кризис. Понимая, что для дальнейшего контроля над страной необходимо овладеть морской базой в Сурабае, англичане 25 октября высадили там войска. Одним из первых их действий была замена индонезийских флагов английскими и введение военного положения. Однако на требование сдать оружие индонезийские отряды ответили отказом, и начались бои, длившиеся с перерывами целый месяц. Обороной Сурабаи начался новый этап в истории молодой Индонезийской республики - война за независимость.
Захват летом 1944 г. американскими войсками Марианских островов, заметно ухудшивший стратегическое положение Японии, создал целый ряд новых возможностей для союзников. Изучив обстановку, американский Комитет начальников штабов пришел к выводу, что после высадки на о-ве Лейте в самом центре Филиппин и отвлечения к этому пункту основных японских сил должен быть нанесен удар по Тайваню. Это был смелый план: в случае его успешного осуществления война немедленно переносилась к берегам Японии, а японские войска в Китае и Юго-Восточной Азии отрезались от метрополии. Однако против этого плана выступил генерал Макартур, считавший необходимым сначала овладеть Филиппинскими островами. Возвращение на Филиппины освободителем от японцев было для Макартура делом престижа - он обещал, что вернется, когда улетал с Батаана, оставляя свою армию сражаться в безнадежной битве, и он должен был вернуться. "Филиппины, - писал он в Вашингтон, - это американская территория, где наши лишенные поддержки части были уничтожены врагом. Практически все 17 миллионов филиппинцев остаются верными Соединенным Штатам и терпят невероятные угнетения и страдания из-за того, что мы не смогли оказать им защиты и поддержки. Мы обязаны выполнить наше великое моральное обязательство... Более того, если Соединенные Штаты сознательно пройдут мимо Филиппин, оставив наших военнопленных, интернированных лиц и лояльных филиппинцев во вражеских руках, даже не попытавшись спасти их, мы нанесем глубочайшую психологическую травму и признаем правдивость японской пропаганды, утверждающей, что мы покинули Филиппины на произвол судьбы и не намерены проливать кровь американцев ради их освобождения".
Генерал Маршалл в ответном послании настойчиво рекомендовал Макартуру не позволять, "чтобы личные чувства и вопросы филиппинской политики" застилали основную цель - выиграть войну с Японией. Маршалл пытался убедить Макартура, что высадка на Тайване призвана ускорить падение Японии и отнюдь не означает предательства по отношению к Филиппинам. Однако Макартур не сдался - он обратился прямо к президенту США, хорошо понимая, что соображения внутренней политики (Рузвельт как раз в те дни был выдвинут кандидатом в президенты на четвертый срок) резко усиливают его позицию. Уединившись с президентом на борту крейсера "Балтимор", он смог преодолеть сопротивление верховного командования. Высадка на Лейте с последующими десантами на Минданао и Лусон и маршем на Манилу была назначена на 20 декабря 1944 г. Началась подготовка к самой грандиозной из десантных операций на Тихом океане.
Императорский штаб в Токио в те дни также старался угадать, где будет нанесен следующий удар. Рассматривались различные варианты, в том числе высадку на Филиппинах, на Тайване и даже на Окинаве (последний вариант рассматривали и американцы). Комплекс действий по отражению высадки был торжественно наименован "Се-Го" (Операция "Победа"), однако всем было ясно, что ни о какой победе речи уже быть не может.
Так как наиболее вероятным объектом американской высадки были все же Филиппины, решено было именно там дать последний и решительный бой. При этом сразу же обнаружилось принципиальное противоречие между ставкой и командованием на Филиппинах. Последнее намеревалось дать решительное сражение на о-ве Лусон, разветвленная дорожная сеть которого позволяла быстро перебрасывать подкрепления в любую точку. Ставка же была уверена в том, что сражение будет выиграно еще до высадки с помощью авиации и флота, - голые цифры числа самолетов и кораблей внушали уверенность в том, что, собрав все силы, можно будет добиться решительного превосходства над американцами. Более того, явно занизив возможности американцев, японская ставка предположила, что десант на Минданао последует в январе 1945 г., а на Лусон - не ранее марта.
Подготовка к высадке на Лейте проходила по всему Тихому океану. Ее целью было разрушить коммуникации японских войск и уничтожить их авиацию не только на Филиппинах, но и на других японских базах, которые после падения Сайпана были в пределах досягаемости. 6 сентября 1944 г. начались налеты на о-ва Палау, расположенные в 550 милях к востоку от Минданао, 9 и 10 сентября подвергся массированным налетам сам Минданао, затем последовали атаки на Окинаву и Тайвань. В воздушные бои над Тайванем, начавшиеся 12 сентября, были впервые вовлечены японские истребители, базировавшиеся в самой Японии. За три дня этих боев 2-й воздушный флот Японии был разгромлен, потеряв более 300 самолетов. Поэтому неудивительно, что когда маршал Тераути, под номинальным руководством которого находились войска на Филиппинах, старался уверить подчиненных, что воздушный флот выполнит свою задачу, генерал-лейтенант Курода заметил: "Концепция победы в воздухе сама по себе замечательна. Но нельзя воевать одной только концепцией. Словами не потопишь американские корабли, и это становится ясно, когда начинаешь сравнивать нашу и американскую авиацию".
Командующий армией, которая должна была защищать Минданао и соседние острова, генерал-лейтенант Судзуки ранее других японских командиров предположил, что высадка состоится на о-ве Лейте, громадная бухта которого, могла вместить любое число десантных судов, а расположение острова в центре архипелага позволяло затем в случае успеха выбирать наиболее удобные цели. Он даже перебазировал часть своих войск к бухте, но дальнейшему укреплению японских позиций воспрепятствовали свои же собственные паникеры. 10 сентября наблюдательный пункт в бухте Давао на юге Минданао сообщил, что началась высадка американского десанта, во главе которого движутся тысячи танков-амфибий. Прежде чем удалось сообразить, что перепуганные наблюдатели приняли за танки буруны в бухте, резервная дивизия была уже переброшена на юг Минданао, оголив таким образом Лейте.
Указанный эпизод весьма характерен для обстановки, царившей в эти дни в японской армии, которой все больше овладевала истерия. Выражалась она в многочисленных формах - и в самоубийственных атаках "камикадзе", и в роковой обреченности бессмысленных сражений "до последнего человека", и в нелогичных метаниях командования, бесцельно перебрасывавшего свои дивизии. Выражением этой истерии была и слепая вера в самые дикие слухи, которая может быть сравнима с такой же верой гитлеровцев в последние дни войны, надеявшихся то на "секретное оружие", то на армию Венка, которая должна освободить окруженный Берлин. Точно так же в Токио, когда в битве над Тайванем был разгромлен 2-й японский воздушный флот, поверили в сообщения о великой победе японской авиации, уничтожившей американские воздушные силы.