Лига борьбы за независимость Вьетнама, известная больше как Вьетминь, была организована в мае 1941 г. На ее учредительном съезде были представлены как лидеры вьетнамских коммунистов, в том числе Хо Ши Мин и Во Нгуен Зиап, так и представители тайных организаций "спасения родины". Вьетнамские патриоты в отличие от националистов других стран Юго-Восточной Азии не задумывались, на чьей стороне участвовать в войне. Французские колониальные хозяева оказались в одном лагере с японскими завоевателями, и борьба должна была вестись как против старых, так и против новых колонизаторов.
В первые годы оккупации вьетнамские партизаны, избегая открытых столкновений с японскими и французскими карательными отрядами, постепенно расширяли зону своих действий и накапливали силы, давая приют в отрядах молодежи, бежавшей от трудовой повинности и голода. Оружия у партизан еще почти не было, однако все растущая поддержка населения создавала предпосылки их успехов в будущем.
Положение во Вьетнаме находилось под постоянным наблюдением чунцинского правительства. Китайцы были заинтересованы в создании антияпонского сопротивления во Французском Индокитае, но хотели, чтобы это сопротивление было связано с Гоминьданом и проводило его линию. Основной опорой гоминьдановцев стала Вьетнамская революционная лига, объединявшая в основном эмигрантов из Вьетнама, обосновавшихся в Южном Китае. Лига имела свои, хоть и немногочисленные (в общей сложности до полутора тысяч человек) военные подразделения, входившие в гоминьдановскую армию. Вьетнамские эмигранты в Китае весьма ревниво следили за усилением Вьетминя и всячески старались подорвать его влияние. Так, есть все основания полагать, что именно по наущению руководства Лиги гоминьдановцы арестовали в конце 1941 г. нескольких находившихся в это время в Китае руководителей Вьетминя, в том числе и Хо Ши Мина. Устранив соперников, лидеры Лиги полагали, что смогут взять в руки руководство вьетнамским национально-освободительным движением, однако этого не произошло. Более того, не имевшая четкой программы действий и, в общем, оторванная от событий во Вьетнаме Лига с каждым месяцем все более теряла поддержку в своей стране, и содержание ее стало обузой для гоминьдановцев. Следствием разочарования в Лиге было то, что в начале 1943 г. гоминьдановцы выпустили из тюрьмы лидеров Вьетминя и впредь поддерживали с ними связи.
О существовании Вьетминя знала и американская разведка. Через своего агента Гордона, бывшего представителя компании "Тексако" в Тонкине, она пыталась наладить с ними связи, обещая поддержку в деле достижения независимости.
В отличие от американцев и гоминьдановцев, которые в своих интересах в той или иной степени поддерживали стремление вьетнамцев к независимости, те силы в самой Франции, к союзу с которыми в борьбе против японцев стремились вьетнамские патриоты, т. е. движение "Свободная Франция", ни на какое сотрудничество идти не намеревались и призывы Вьетминя к совместной борьбе с вишистами и японцами попросту игнорировали. Позиция французского эмигрантского правительства в вопросе об Индокитае была даже более непримиримой, чем позиции их союзников по отношению к Бирме и Индонезии. В этой непримиримости уже таился будущий военный конфликт между странами Индокитая и Францией.
Французские протектораты Лаос и Камбоджа стали, как и Вьетнам, жертвами войны еще до ее начала. В 1941-1945 гг. они оказались в стороне от основных событий. Тот факт, что Франция выбыла из игры на самом первом этапе сражений, спас эти государства от боевых действий на их территориях (не считая войны с Таиландом) как в первый год военных действий, так и в 1945 г. Вместе с тем, когда Япония, желая приструнить французов и задобрить важного для будущих военных акций союзника - Таиланд, решила подарить последнему часть камбоджийских и лаосских земель, никто не счел нужным хотя бы посоветоваться с их формальными владетелями - королем Камбоджи и королем Луангпрабанга. Местную администрацию лишь уведомили, чтобы она убрала оттуда своих чиновников и сборщиков налогов.
Феодально-бюрократическая верхушка королевств, достаточно давно и тесно привязанная к французской колониальной империи и в принципе лояльная по отношению к Франции, была оскорблена. Преданность Франции обернулась двойным оскорблением - не только грабежом как таковым, но и формой, в которой этот грабеж был произведен. К тому же, не дожидаясь приказов из Токио, в протекторатах уже появились японские дельцы и японские военные, которые не скрывали того, что истинные господа здесь они, а не французы. Король Лоаса Сисаванг Вонг объявил о своем намерении отречься от престола. Возмущение охватило и немногочисленную национальную интеллигенцию и буржуазию.
Для того чтобы объяснить позицию Франции и найти общий язык с правителями протекторатов, генерал-губернатор Индокитая адмирал Деку в конце марта нанес им визиты. Положение главы французской администрации было не менее унизительным, чем положение королей. Он цеплялся за клочки французского господства в Индокитае, понимая, что, если он не пожертвует тем, что требуют японцы, французов вообще отодвинут от власти, а самому ему дальнейшие месяцы или даже годы придется в лучшем случае провести в концлагере. Взывая к пониманию и обещая, что Франция, как только ее положение в мире изменится к лучшему, отблагодарит протектораты за терпение, Деку обещал еще до этого компенсировать территориальные потери королевств и подписать с ними новый договор о протекторате, который заменит конвенцию 1917 г. и даст королевствам значительно большую автономию, чем до войны.
29 августа 1941 г. был подписан договор между королем Лаоса и правительством Франции. В качестве компенсации за потерянные земли королевство Луангпрабанг получило три другие лаосские провинции, королевский совет был преобразован в совет министров (что никак не изменило его состава - он состоял из родственников короля и придворных высокого ранга) и французское правительство увеличило на 60 % ежегодную дотацию королю. Аналогичный договор был подписан с Камбоджей. Попытки Франции удержать на своей стороне феодальную верхушку и чиновничество этих стран были более успешными, чем ее политика во Вьетнаме, так как угроза Лаосу и Камбодже со стороны Таиланда была не пустым звуком и защитить их от дальнейших посягательств могли лишь французы,, какими бы слабыми их позиции в то время ни казались. Поэтому в годы войны французы выступали как сторонники местного патриотизма, как щит против притязаний Таиланда. Французские чиновники получили указания создавать молодежные и иные патриотические организации, опираясь на "приличных" молодых людей, получивших образование во Франции, для "пробуждения национального духа и осуществления морального объединения страны".
Политика французской администрации оказала определенное влияние на дальнейшие судьбы этих стран. С одной стороны, была укреплена профранцузская прослойка местных обществ, с другой - дан толчок росту национализма и стремлению к независимости.
Оккупировав большую часть Камбоджи и Южный Лаос, японцы способствовали развалу экономики этих стран, ломая, как и повсюду в регионе, привычные связи и в то же время ничего не давая взамен. Даже в относительно слабо затронутой войной Камбодже за время войны объем сельскохозяйственного производства упал на 30 %. Лишь на севере Лаоса, куда японские гарнизоны не были введены до 1945 г., французские власти оставались практически единовластными хозяевами. Но и здесь не обошлось без перемен в экономике, причем весьма своеобразных. Для того чтобы как-то поддержать рушащееся здание финансовой системы колонии и получить средства для содержания армии и административного аппарата, французы решили стимулировать расширение плантаций под опиумным маком. Для привлечения крестьян были резко подняты закупочные цены. Это привело к тому, что опиумный мак стал основной культурой на севере Лаоса, вытеснив культуры продовольственные - рис и кукурузу. Горные районы стали зависеть от поставок продовольствия извне, и в то же время население их включилось в систему мировой контрабандной торговли опиумом, центром которой Лаос оставался и в течение ряда послевоенных лет.